Estratégias de montagem de transcriptoma em Bombyx mori Linnaeus 1758: abordagens guiadas por genoma versus de novo

Registro completo de metadados
MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorRosa, Renata da-
Autor(es): dc.contributorVilas Boas, Laurival Antônio-
Autor(es): dc.contributorPezenti, Larissa Forim-
Autor(es): dc.contributorSouza, Rogério Fernandes de-
Autor(es): dc.creatorRosa, Matheus Henrique de Oliveira-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-05-15T13:10:52Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-05-15T13:10:52Z-
Data de envio: dc.date.issued2024-09-13-
Data de envio: dc.date.issued2024-09-13-
Data de envio: dc.date.issued2024-05-10-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/17565-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/981689-
Descrição: dc.descriptionPara avaliar a eficácia na montagem de transcritos e as diferenças entre estratégias este estudo comparou dois métodos de montagem de transcriptoma: a montagem guiada e a montagem de novo, utilizando bibliotecas de RNA-seq de lagartas de Bombyx mori, criadas sob diferentes temperaturas (26°C e 34°C). Para isso foi empregado os montadores StringTie e Trinity, respectivamente. Foi avaliada a qualidade da montagem, a anotação de transcritos e proteínas, e conduzida análises de expressão diferencial e enriquecimento de vias metabólicas. Os resultados mostraram diferenças entre os métodos. A montagem de novo produziu um número maior de transcritos (73.743) quando comparada a montagem guiada por genoma (29.157), bem como identificou um número maior de proteínas ao utilizar bancos de dados de Lepidoptera do NCBI (19.081 contra 15.629) e do UniProt (18.693 e 15.400). Por outro lado, a montagem guiada, utilizando um banco de dados de B. mori disponível no NCBI, identificou um número maior de proteínas (13.726 contra 13.702) e demonstrou transcritos mais longos e completos. Ambos os métodos identificaram proteínas exclusivas, ou seja, conseguiram construir sequências que o outro método não conseguiu. Os resultados permitiram concluir que a escolha do método depende dos objetivos da pesquisa. Enquanto a montagem de novo pode ser mais adequada para descobrir novos transcritos, a montagem guiada pode ser preferível para obter transcritos mais completos. Além disso, uma abordagem híbrida pode ser vantajosa para aumentar a anotação do transcriptoma, uma vez que nesse estudo, a junção dos dados obtidos pelas duas montagens, mostrou uma melhoria em relação a quantidade de proteínas anotadas. Esses resultados fornecem insights para pesquisadores interessados em otimizar suas estratégias de montagem de transcriptoma.-
Descrição: dc.descriptionTo evaluate the effectiveness of transcript assembly and the differences between strategies, this study compared two transcriptome assembly methods: guided assembly and de novo assembly, using RNA-seq libraries from Bombyx mori caterpillars raised under different temperatures ( 26°C and 34°C). For this purpose, the StringTie and Trinity assemblers were used, respectively. The quality of the assembly, the annotation of transcripts and proteins were evaluated, and analyzes of differential expression and enrichment of metabolic pathways were conducted. The results showed differences between the methods. De novo assembly produced a greater number of transcripts (73,743) when compared to genome-guided assembly (29,157), as well as identifying a greater number of proteins when using Lepidoptera databases from NCBI (19,081 versus 15,629) and UniProt ( 18,693 and 15,400). On the other hand, guided assembly, using a B. mori database available at NCBI, identified a greater number of proteins (13,726 versus 13,702) and demonstrated longer and more complete transcripts. Both methods identified unique proteins, that is, they were able to construct sequences that the other method could not. The results allowed us to conclude that the choice of method depends on the research objectives. While de novo assembly may be more suitable for discovering new transcripts, guided assembly may be preferable for obtaining more complete transcripts. Furthermore, a hybrid approach can be advantageous to increase transcriptome annotation, since in this study, the combination of data obtained by the two assemblies showed an improvement in relation to the quantity of annotated proteins. These results provide insights for researchers interested in optimizing their transcriptome assembly strategies.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Relação: dc.relationGraduação - Ciências Biológicas-
Relação: dc.relationCCB - Departamento de Biologia Geral-
Relação: dc.relationUniversidade Estadual de Londrina - UEL-
Relação: dc.relationBacharelado-
Relação: dc.relationCurso Presencial-
Palavras-chave: dc.subjectComparação de montagem-
Palavras-chave: dc.subjectMontagem de novo-
Palavras-chave: dc.subjectMontagem guiada-
Palavras-chave: dc.subjectRNA-seq-
Palavras-chave: dc.subjectCiências Biológicas - Genética-
Palavras-chave: dc.subjectCiências Biológicas - Genética-
Palavras-chave: dc.subjectAssembly comparison.-
Palavras-chave: dc.subjectAssembly again.-
Palavras-chave: dc.subjectGuided assembly.-
Palavras-chave: dc.subjectRNA-seq-
Título: dc.titleEstratégias de montagem de transcriptoma em Bombyx mori Linnaeus 1758: abordagens guiadas por genoma versus de novo-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da UEL - RIUEL

Não existem arquivos associados a este item.