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Avaliação da importância ecológica e biotecnológica de 10 MAGs do filo Latescibacterota recuperados do microbioma de esponjas do recife Amazonas
Use este link compartilhar ou citar este material: http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/937285
Registro completo de metadados
| Metadados | Descrição | Idioma |
|---|---|---|
| Autor(es): dc.contributor | Krüger, Ricardo Henrique | - |
| Autor(es): dc.creator | Oliveira, Rafael da Silva | - |
| Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-03-18T17:52:09Z | - |
| Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-03-18T17:52:09Z | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2023-01-02 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2023-01-02 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2023-01-02 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2021 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | https://repositorio.unb.br/handle/10482/45425 | - |
| Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/937285 | - |
| Descrição: dc.description | Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Molecular, 2022. | - |
| Descrição: dc.description | As esponjas e seus organismos associados possuem grande importância no ambiente marinho, atuando em diversos processos ecológicos. Eles ainda são uma fonte relevante de compostos bioativos que podem ser explorados biotecnologicamente. O Recife Amazonas é uma região peculiar que abriga enorme diversidade de seres vivos. O local é marcado pela vazão de água e sedimentos vindos do Rio Amazonas, formando uma pluma de sedimentos que impacta parâmetros físico-químicos e os organismos habitantes. Tendo isso em mente, foi feita a análise, através de métodos de bioinformática, de aspectos genéticos e metabólicos de 10 MAGs oriundos da microbiota de esponjas do Recife Amazonas com o intuito de saber sobre as possíveis contribuições desses microrganismos para o ecossistema e o hospedeiro e sobre a possibilidade de uso biotecnológico. O projeto iniciou com a coleta de amostras de tecido de esponjas do recife, seguida pela extração e sequenciamento do DNA metagenômico. A partir dele, foram recuperados mais de 200 MAGs de boa qualidade, sendo escolhidos 10, com base em classificações preliminares, para análise mais detalhada. Em seguida, foram desenvolvidos os seguintes procedimentos in silico: determinação da qualidade dos genomas e da similaridade entre eles, definição da taxonomia, reconstrução metabólica e busca por compostos bioativos. Todos os MAGs apresentaram qualidade entre média e alta, com contaminação abaixo de 10% e completude acima de 70%. Valores de ANI e dDDH indicam que dois pares de MAGs provavelmente pertencem à mesma espécie. Além disso, os MAGs foram classificados no mesmo filo, Latescibacterota, e classe, UBA2968. A reconstrução metabólica demonstrou a presença de genes relacionados à heterotrofia, com processos aeróbicos e anaeróbicos para obtenção de energia. A identificação de genes envolvidos nas vias de biorremediação e nos ciclos do nitrogênio, enxofre e fósforo mostram possíveis contribuições para o recife. Genes ligados à síntese de nutrientes e outros produtos úteis, à desintoxicação de metais pesados, e à defesa química foram encontrados, indicando possíveis benefícios ao hospedeiro. Do ponto de vista biotecnológico, os MAGs contêm alguns genes ligados à produção de metabólitos secundários e que codificam enzimas de interesse comercial e industrial. Também foram identificados peptídeos bioativos que possuem diversas propriedades. Assim, esse trabalho mostrou possíveis papéis desses microrganismos no recife, possíveis benefícios às esponjas, além de formas de exploração biotecnológica. | - |
| Descrição: dc.description | Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal (FAP/DF); Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). | - |
| Descrição: dc.description | Sponges and their associated organisms have significant importance in the ocean due to their role in many ecological processes. They also are a relevant source of bioactive compounds which can be explored biotechnologically. The Amazon Reef is a peculiar area that hosts a huge diversity of species. This place is characterized by the leakage of water and sediments from the Amazon River, generating a plume of sediments that impacts physical-chemical parameters and living organisms. Having this in mind, an analysis of genetic and metabolic features of 10 MAGs derived from Amazon Reef sponges’ microbiome, through bioinformatics methods. The main objective was to show possible contributions these microorganisms might give to the ecosystem and its host and discover possible biotechnology uses. The project began with reef sponge tissue collection, followed by DNA extraction and sequencing. Over 200 MAGs of good quality were recovered from the metagenomic DNA. 10 of those MAGs were selected for more detailed analyses based on preliminary classifications. Then the following procedures were executed: definition of genomes quality and their similarity, taxonomic classification, metabolic reconstruction, and search for bioactive compounds. All MAGs presented quality between average and high. Contamination was lower than 10%, and completeness was higher than 10%. ANI and dDDH results indicate that two pairs of MAGs probably belong to the same species. Besides, MAGs were taxonomically assigned in the same phylum, Latescibacterota, and class, UBA2968. Metabolic reconstruction demonstrated the presence of genes related to heterotrophy with both aerobic and anaerobic processes for energy acquisition. Identification of genes involved in bioremediation pathways and nitrogen, sulfur, and phosphorus cycles show possible contributions to the reef. Genes related to the synthesis of essential nutrients and other useful products, heavy metals detox and chemical defense were also found, indicating possible benefits for the host. From a biotechnological point of view, MAGs have some genes linked to secondary metabolite production while others generate commercial and industrial enzymes. Biologically active peptides with distinct properties were identified as well. Therefore, this work shows possible roles for these microorganisms on the reef along with possible benefits for the sponges. They could also be biotechnologically explored in diverse ways. | - |
| Formato: dc.format | application/pdf | - |
| Direitos: dc.rights | Acesso Aberto | - |
| Direitos: dc.rights | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data. | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Bioinformática | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Metagenoma | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Microbioma | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Simbionte de esponjas | - |
| Título: dc.title | Avaliação da importância ecológica e biotecnológica de 10 MAGs do filo Latescibacterota recuperados do microbioma de esponjas do recife Amazonas | - |
| Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
| Aparece nas coleções: | Repositório Institucional – UNB - Rep. 1 | |
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