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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Pappas Júnior, Georgios Joannis | - |
Autor(es): dc.creator | Almeida, Felipe Marques de | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-03-18T17:42:41Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-03-18T17:42:41Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2025-01-15 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2025-01-15 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2025-01-15 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2024-08-23 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://repositorio.unb.br/handle/10482/51398 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/934122 | - |
Descrição: dc.description | Tese (doutorado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2024. | - |
Descrição: dc.description | Os avan¸cos nas tecnologias de sequenciamento de DNA remodelaram a genˆomica bacteriana, permitindo montagens em n´ıvel de cromossomo por uma fra¸c˜ao de custo e tempo. No entanto, a plena realiza¸c˜ao deste potencial depende de recursos computacionais para analisar os dados. Por isso, desenvolvemos trˆes pipelines eficientes e padronizados que compreendem o controle de qualidade de dados brutos de sequenciamento, montagem de genoma e extensa anota¸c˜ao gen´etica com relat´orios gr´aficos. Em particular, fornecemos um m´odulo de anota¸c˜ao especializado para bact´erias envolvidas em infec¸c˜oes relacionadas `a assistˆencia `a sa´ude (IRAS), que identifica genes de resistˆencia a antimicrobianos (ARG), fatores de virulˆencia, profagos e elementos integrativos. Somado a isso, desenvolveu-se uma aplica¸c˜ao web para integraliza¸c˜ao de todos os resultados do pipeline de anota¸c˜ao. Para demonstrar seu uso, sequenciamos e analisamos trˆes cepas de Klebsiella pneumoniae ST11 provenientes do Hospital Universit´ario de Bras´ılia. Detectamos a presen¸ca dos genes blaNDM-1, blaCTX-M-15, blaTEM-1 e blaOXA beta-lactamases nos trˆes isolados, bem como v´arios outros ARGs distribu´ıdos entre cromossomos e plasm´ıdeos. Al´em disso, tamb´em foram detectados genes de virulˆencia frequentemente relacionados a linhagens hiper virulentas, como Salmochelina. Por fim, realizamos uma an´alise genˆomica comparativa retrospectiva utilizando outras linhagens de CRKP isoladas de Bras´ılia e de outras localidades brasileiras. De modo geral, os resultados indicam que o fen´otipo de resistˆencia est´a mudando, com isolados recentes exibindo a coexistˆencia de m´ultiplas carbapenemases, e que elementos gen´eticos m´oveis podem estar desempenhando papel chave nessas observa¸c˜oes. Al´em disso, os resultados reiteram alertas quanto a emergˆencia de clones de alto risco apresentando a convergˆencia de genes de virulˆencia e resistˆencia, ressaltando a urgˆencia em adotar a vigilˆancia genˆomica de rotina para combater a dissemina¸c˜ao dessas caracter´ısticas de alto risco. | - |
Descrição: dc.description | Advances in DNA sequencing technologies have reshaped bacterial genomics, enabling chromosome-level assemblies at a fraction of the cost and time. However, the full realization of this potential depends on computational resources to analyze the data. Therefore, we have developed three efficient and standardized pipelines that comprise quality control of raw sequencing data, genome assembly, and extensive gene annotation with graphical reporting. In particular, we provide a specialized annotation module for bacteria involved in healthcare-associated infections (HAIs), which identifies antimicrobial resistance genes (ARGs), virulence factors, prophages, and integrative elements. In addition, we have developed a web application to integrate all the results of the annotation pipeline. To demonstrate its use, we sequenced and analyzed three Klebsiella pneumoniae ST11 strains from the University Hospital of Bras´ılia. We detected the presence of the blaNDM-1, blaCTX-M-15, blaTEM-1 and blaOXA beta-lactamase genes in the three isolates, as well as several other ARGs distributed between chromosomes and plasmids. In addition, virulence genes frequently associated with hypervirulent strains, such as Salmochelin, were also detected. Finally, we performed a retrospective comparative genomic analysis using other CRKP strains isolated from Bras´ılia and other Brazilian locations. Overall, the results indicate that the resistance phenotype is changing, with recent isolates exhibiting the coexistence of multiple carbapenemases, and that mobile genetic elements may be playing a key role in these observations. Furthermore, the results reiterate warnings regarding the emergence of high-risk clones presenting the convergence of virulence and resistance genes, highlighting the urgency of adopting routine genomic surveillance to combat the spread of these high-risk traits. | - |
Descrição: dc.description | Instituto de Ciências Biológicas (IB) | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Biologia Celular (IB CEL) | - |
Descrição: dc.description | Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Idioma: dc.language | pt_BR | - |
Direitos: dc.rights | Acesso Aberto | - |
Direitos: dc.rights | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.unb.br, www.ibict.br, www.ndltd.org sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra supracitada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data. | - |
Palavras-chave: dc.subject | Genômica bacteriana | - |
Palavras-chave: dc.subject | Patógenos | - |
Palavras-chave: dc.subject | Resistência a antibióticos | - |
Palavras-chave: dc.subject | Genômica comparativa | - |
Palavras-chave: dc.subject | Virulência | - |
Título: dc.title | Desenvolvimento de protocolos computacionais escalonáveis para a análise completa de genomas bacterianos e sua aplicação em um estudo comparativo e retrospectivo de cepas multirresistentes de Brasília | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional – UNB - Rep. 1 |
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