Atenção:
O eduCAPES é um repositório de objetos educacionais, não sendo responsável por materiais de terceiros submetidos na plataforma. O usuário assume ampla e total responsabilidade quanto à originalidade, à titularidade e ao conteúdo, citações de obras consultadas, referências e outros elementos que fazem parte do material que deseja submeter. Recomendamos que se reporte diretamente ao(s) autor(es), indicando qual parte do material foi considerada imprópria (cite página e parágrafo) e justificando sua denúncia.
Caso seja o autor original de algum material publicado indevidamente ou sem autorização, será necessário que se identifique informando nome completo, CPF e data de nascimento. Caso possua uma decisão judicial para retirada do material, solicitamos que informe o link de acesso ao documento, bem como quaisquer dados necessários ao acesso, no campo abaixo.
Todas as denúncias são sigilosas e sua identidade será preservada. Os campos nome e e-mail são de preenchimento opcional. Porém, ao deixar de informar seu e-mail, um possível retorno será inviabilizado e/ou sua denúncia poderá ser desconsiderada no caso de necessitar de informações complementares.
Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Neves, Felipe Piedade Gonçalves | - |
Autor(es): dc.contributor | http://lattes.cnpq.br/5289973921789746 | - |
Autor(es): dc.contributor | Souza, Aline Rosa Vianna de | - |
Autor(es): dc.contributor | http://lattes.cnpq.br/5570418094331112 | - |
Autor(es): dc.contributor | Oliveira, Bruno Francesco Rodrigues de | - |
Autor(es): dc.contributor | Silveira, Melise Chaves | - |
Autor(es): dc.contributor | http://lattes.cnpq.br/7940984641415806 | - |
Autor(es): dc.creator | Miranda, Filipe Martire de | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-01-03T11:41:58Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-01-03T11:41:58Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2024-11-10 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2024-11-10 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | https://app.uff.br/riuff/handle/1/35300 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/920077 | - |
Descrição: dc.description | Em 2010, foi introduzido no Plano Nacional de Imunização a vacina pneumocócica conjugada 10-valente (VPC10), a qual protege contra 10 sorotipos de Streptoccocus pneumoniae. Estudos realizados em 2014, na cidade de Niterói/RJ, reportaram uma queda na colonização infantil por sorotipos vacinais, mas um aumento por sorotipos não-vacinais, um fenômeno conhecido como serotype replacement. Dentre os sorotipos emergentes, destacou-se o 6C, cuja linhagem genética predominante era o ST386, possuindo multirresistência a antimicrobianos. Em 2019, um novo estudo, nos mesmos moldes, destacou a contínua prevalência do sorotipo 6C, porém sem indicar as linhagens genéticas circulantes. Este trabalho teve como objetivos identificar as linhagens genéticas do sorotipo 6C circulantes em 2019 e analisar o genoma completo de amostras da linhagem ST386 de Streptococcus pneumoniae após a introdução da vacina pneumocócica conjugada 10-valente no Brasil. As linhagens genéticas das 16 amostras do sorotipo 6C de 2019 foram identificadas pelo método do MLST. O sequenciamento de genoma completo foi feito através da plataforma Illumina, para todas as 15 amostras de 2014. A montagem, anotação e análise filogenômica foram realizadas através da plataforma BV-BRC. Os resistomas foram analisados pelo CARD, os virulomas pelo VFDB e os profagos pelo PHASTEST. Testes de hipótese bivariada foram realizados pelo site Vassarstats. O ST386 predominou em 2019, sendo encontrado em dez das 16 amostras do sorotipo 6C. Ao todo 15 amostras do CC386 de 2014 foram sequenciadas. Os resistomas apresentaram 7 genes de resistência, com destaque para o erm(B) e o tet(M). Os virulomas apresentaram 31 genes de virulência, com exceção de quatro amostras: três sem o gene cbpA e uma sem o gene piaA. Ao todo, foram identificadas vinte regiões de profago, representadas por três fagos distintos. Dos dois grupos identificados pela análise filogenômica (A e B), somente o primeiro apresentou amostras PCV2014, as quais foram distribuídas em dois subgrupos A1 e A2. Apenas o subgrupo A2 demonstrou associação a um fator clínico ou socioeconômico, no caso, a presença de doença respiratória crônica nos voluntários. Foi evidenciada a contínua prevalência da linhagem ST386 na colonização infantil, em Niterói. Apesar de pertencerem ao mesmo ST, as análises realizadas com as amostras de 2014 já apontam para um processo de diferenciação em curso. O monitoramento sistemático de sorotipos e linhagens genéticas predominantes continua imprescindível para avaliar os efeitos das vacinas pneumocócicas conjugadas na população | - |
Descrição: dc.description | Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior | - |
Descrição: dc.description | In 2010, the 10-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV10) was introduced into the National Immunization Program, which protects against 10 serotypes of Streptococcus pneumoniae. Studies performed in 2014 in Niterói/RJ reported a decrease in pediatric colonization by vaccine serotypes, but an increase by non-vaccine serotypes, a phenomenon known as serotype replacement. Among the emerging serotypes, 6C stood out as the prevalent one, represented predominantly by the genetic lineage ST386 and exhibiting multidrug- resistance to antimicrobial agents. In 2019, a similar study highlighted the continued prevalence of serotype 6C, but did not mention their genetic lineages. This study aimed to identify the genetic lineages of serotype 6C circulating in 2019 and perform a whole genome analyses of isolates from the ST386 lineage of Streptococcus pneumoniae after the introduction of the 10-valent pneumococcal conjugate vaccine in Brazil. Lineages of all 16 6C isolates from 2019 were determined by MLST. Whole genome sequencing was performed for the 2014 isolates, using the platform Illumina. Assembly, annotation, and phylogenetic analysis were conducted using the digital platform BV-BRC. Resistomes were analyzed using CARD, virulomes using VFDB, and prophage regions were determined by PHASTEST. Bivariate two-tailed analysis was performed using the Vassarstats website. In 2019, ST386 remained the predominant lineage among 6C isolates. Overall, 7 resistance genes were found in the resistome analysis of the 2014 6C/CC386 isolates, with emphasis on erm(B) and tet(M). Their virulome contained 31 virulence genes, except for four isolates, three of which lacked the cbpA while the last one lacked the piaA gene. PHASTEST identified 20 prophage regions, represented by three distinct phages. Of the two groups identified in the phylogenetic analysis (A and B), only the first contained PCV2014 isolates, whom were distributed among two subgroups, A1 and A2. Subgroup A2 alone was associated with a clinical or socioeconomic factor, namely the presence of chronic respiratory disease in volunteers. This study was able to show the continuous prevalence of the multidrug-resistant CC386 lineage in pediatric colonization in Niterói. Although belonging to the same ST, the analyses conducted with the 2014 isolates already indicate an ongoing differentiation process. The systematic surveillance of predominant serotypes and genetic lineages is invaluable to access the long term effects of the pneumococcal conjugate vaccines on the population. Our findings will help us further understand the evolutionary process of S. pneumoniae from the CC386 lineage in our environment | - |
Descrição: dc.description | 61 f. | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Idioma: dc.language | pt_BR | - |
Direitos: dc.rights | Open Access | - |
Direitos: dc.rights | CC-BY-SA | - |
Palavras-chave: dc.subject | Streptococcus pneumoniae | - |
Palavras-chave: dc.subject | Resistência a antimicrobianos | - |
Palavras-chave: dc.subject | Análise de genoma completo | - |
Palavras-chave: dc.subject | Epidemiologia molecular | - |
Palavras-chave: dc.subject | Streptococcus pneumoniae | - |
Palavras-chave: dc.subject | Resistência microbiana a medicamentos | - |
Palavras-chave: dc.subject | Estudo de associação genômica ampla | - |
Palavras-chave: dc.subject | Epidemiologia molecular | - |
Palavras-chave: dc.subject | Vacinas pneumocócicas | - |
Palavras-chave: dc.subject | Streptococcus pneumoniae | - |
Palavras-chave: dc.subject | Antibiotic resistance | - |
Palavras-chave: dc.subject | Whole genome analysis | - |
Palavras-chave: dc.subject | Molecular epidemiology | - |
Título: dc.title | Genômica de Streptococcus pneumoniae pertencentes à linhagem genética emergente 6C/CC386 após a introdução da vacina pneumocócica conjugada 10-valente no Brasil | - |
Tipo de arquivo: dc.type | Dissertação | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense - RiUFF |
O Portal eduCAPES é oferecido ao usuário, condicionado à aceitação dos termos, condições e avisos contidos aqui e sem modificações. A CAPES poderá modificar o conteúdo ou formato deste site ou acabar com a sua operação ou suas ferramentas a seu critério único e sem aviso prévio. Ao acessar este portal, você, usuário pessoa física ou jurídica, se declara compreender e aceitar as condições aqui estabelecidas, da seguinte forma: