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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Alves, Fábio Aguiar | - |
Autor(es): dc.contributor | Pereira, Renata Freire Alves | - |
Autor(es): dc.contributor | Dávila, Alberto Martín Rivera | - |
Autor(es): dc.contributor | Castro, Helena Carla | - |
Autor(es): dc.contributor | Neves, Felipe Piedade Gonçalves | - |
Autor(es): dc.contributor | Póvoa, Helvécio Cardoso Corrêa | - |
Autor(es): dc.contributor | Fonseca, Rodrigo Jardim Monteiro da | - |
Autor(es): dc.contributor | Pinheiro, Marcos Gabriel | - |
Autor(es): dc.creator | Pinheiro, Felipe Ramos | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-01-03T11:37:10Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-01-03T11:37:10Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2024-08-08 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2024-08-08 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | https://app.uff.br/riuff/handle/1/34011 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/919066 | - |
Descrição: dc.description | Introdução: Os pacientes diagnosticados com COVID-19, doença causada por SARS-CoV-2, podem apresentar comprometimento respiratório grave e, consequentemente, ser submetidos à ventilação mecânica. Estes pacientes apresentam-se vulneráveis ao desenvolvimento de infecções bacterianas. Staphylococcus aureus é considerado de alta prioridade no ambiente hospitalar pela possibilidade de gerar casos infecciosos graves, e por isso é de especial importância investigar os casos de coinfecção entre SARS-CoV-2 e S. aureus. Objetivo: Caracterizar fenotípica e genotipicamente as amostras de S. aureus coletadas de pacientes e profissionais de saúde internados no Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), e observar as possíveis diferenças clínicas e moleculares entre elas. Metodologia: As amostras clínicas obtidas entre maio de 2020 e abril de 2021 foram submetidas ao RT-qPCR para identificação do SARS-CoV-2. A identificação das espécies bacterianas foi realizada pelo sistema automatizado Phoenix BD ou pelo MALDI-TOF. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram feitos pela técnica de disco-difusão em ágar, O sequenciamento do genoma completo das amostras foi feito em na plataforma NextSeq 2000 (Illumina). As análises das sequências foram realizadas através da plataforma CABGen em parceria com a Fiocruz. Análises adicionais para detecção da proteína A (spaTyper), do SCCmec (sptaphopia-SCCmec), do gene ACME foram desenvolvidas em parceria com a Fiocruz e a busca por genes de resistência na base de dados pelo CARD-RGI. Resultados e discussão: Um total de 597 espécimes clínicos apresentou crescimento bacterianos. Staphylococcus aureus foi identificado em 117 amostras. A média de idade desses indivíduos foi de 49 ± 18,26 anos, com predominância do sexo feminino 61 (59,22). Além disso, a principal comorbidade detectada foi doença cardiovascular (11/14; 96%). No entanto febre (25/30; 64%) foi o principal sinal clínico relatado pelos participantes do estudo e 27 indivíduos (23,1%) foram assintomáticos. As análises dos géis de eletroforese mostraram a presença de 14 estirpes carreavam o gene mecA e quatro dos genes da PVL. Foram detectadas mutações nos genes de resistência GlpT, murA, parC e gyrA aumento o seu espectro de resistência. Foi observada a prevalência do clone epidemiológico ST398 (32/105; 30,48%). Este clone é comumente encontrado colonizando rebanhos (suínos, bovinos entre outros) foi relatado pela primeira vez por nosso grupo colonizando crianças no estado do RJ. Conclusão: Foram identificadas 117 estirpes de Staphylococcus aureus durante o período de coleta, nos ensaios de resistência aos antimicrobianos foram detectadas 17 amostras multirresistentes e 22 estirpes com resistência induzida a clindamicina (correlacionada com os genes da família erm), 108 amostras foram sequenciadas, em que foi observada uma predominância do ST398, relacionado a criação animal, três novos STs e dois novos genes codificadores da proteína A estão sobre investigação. Observou-se uma correlação entre a resistência a tretacilina e a presença do gene tet. A incidência de infecções em humanos por estirpes outrora relacionadas à pecuária é preocupante, pois não se sabe como serão os desfechos dessas infecções em humanos. | - |
Descrição: dc.description | Introduction: Patients diagnosed with COVID-19, a disease caused by SARS-CoV-2, may have severe respiratory compromise and, consequently, be submitted to mechanical ventilation. These patients are vulnerable to the development of bacterial infections, Staphylococcus aureus is considered a high priority in the hospital environment due to the possibility of generating serious infectious cases, and therefore it is of special importance to investigate cases of co-infection between SARS-CoV-2 and S. aureus. Aim: To characterize phenotypically and genotypically the strains of S. aureus from patients and health professionals admitted to Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), and to observe the possible clinical and molecular differences between them. Methodology: Clinical samples obtained between May 2020 and April 2021 were submitted to RT-qPCR to investigate SARS-CoV-2. Identification of bacterial species was performed using the Phoenix BD automated system or the MALDI-TOF. The antimicrobial susceptibility tests were performed using the agar diffusion technique. The complete genome sequencing of the samples was performed using the NextSeq 2000 platform (Illumina). Sequence analyzes were performed using the CABGen platform in partnership with Fiocruz. Additional analyzes for detection of protein A (spaTyper), SCCmec (sptaphopia-SCCmec), ACME gene were developed in partnership with Fiocruz and the search for resistance genes in the database by CARD-RGI. Results and Discussion: A total of 597 clinical specimens showed bacterial growth. Staphylococcus aureus was identified in 117 samples. The mean age of these individuals was 49 ± 18.26 years, with a predominance of females 61 (59.22). In addition, the main comorbidity detected was cardiovascular disease (11/14; 96%). Fever (30/25; 64%) was the main clinical sign reported by study participants and 27 subjects (23.1%) were asymptomatic. Analyzes of the electrophoresis gels showed the presence of 14 strains carrying the mecA gene and four of the PVL genes. A high prevalence of the ST398 epidemiological clone was observed (32/105; 30.48%). This clone, commonly found colonizing herds, was reported for the first time by our group colonizing children in the state of RJ. Mutations in the resistance genes GlpT, murA, parC and gyrA have been detected increasing their resistance spectrum. Conclusion: A total of 117 strains of Staphylococcus aureus were identified during the collection period, in the antibiogram assays identified 17 multidrug resistant strains and 22 with induced resistance to clindamycin (correlated with the gene erm) were detected, 108 samples were sequenced, in which a predominance of ST398, related to animal herd, three new STs and two new protein A coding genes are under investigation. A correlation has been observed between resistance to tretacillin and the presence of the tet gene. The incidence of infections in humans by strains formerly related to livestock is worrying, as it is not known what the outcomes of these infections in humans will be. | - |
Descrição: dc.description | 116 f. | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Idioma: dc.language | pt_BR | - |
Direitos: dc.rights | Open Access | - |
Direitos: dc.rights | CC-BY-SA | - |
Palavras-chave: dc.subject | SARS-CoV-2 | - |
Palavras-chave: dc.subject | Staphylococcus aureus | - |
Palavras-chave: dc.subject | resistência | - |
Palavras-chave: dc.subject | NGS | - |
Palavras-chave: dc.subject | COVID-19 | - |
Palavras-chave: dc.subject | Staphylococcus aureus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Resistência microbiana a medicamento | - |
Palavras-chave: dc.subject | Produção intelectual | - |
Palavras-chave: dc.subject | Pandemia | - |
Palavras-chave: dc.subject | SARS-CoV-2 | - |
Palavras-chave: dc.subject | Staphylococcus aureus | - |
Palavras-chave: dc.subject | resistance | - |
Palavras-chave: dc.subject | NGS | - |
Título: dc.title | Caracterização fenotípica e genotípica de staphylococcus aureus coletadas de pacientes e profissionais de saúde durante a pandemia por SARS-CoV-2 | - |
Tipo de arquivo: dc.type | Tese | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense - RiUFF |
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