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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.creator | Neder, Amarílis de V. Finageiv | - |
Autor(es): dc.creator | Oliveira Neto, Marçal de | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2024-07-22T13:10:02Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2024-07-22T13:10:02Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2017-12-07 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2017-12-07 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2005 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://repositorio.unb.br/handle/10482/26454 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | https://dx.doi.org/10.1590/S0103-50532005000400017 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/819432 | - |
Descrição: dc.description | Using a computational low-cost protocol by combining molecular mechanics energy minimization and molecular dynamics employing the OPLS-AA force field, we were able to reproduce the main structural features of the first hydration shell of double-helix DNA hetero-oligonucleotides in the A (1DPL) and B-conformations (1DPN and 1ENN), whose coordinates are available with atomic resolution from crystallographic data. Our simple protocol also reproduced the main hydration patterns of DNA homo-oligonucleotides in the B-conformation [(AT)12 and (CG)12], obtained before by computer simulation using a longer and more sophisticated molecular dynamics protocol. A preliminary model of the first hydration shell of oligonucleotides may be very useful to those interested in performing quantum-mechanical calculations of systems where hydration features are unknown at the molecular level; the model may also be used by crystallographers during refinement steps. | - |
Descrição: dc.description | Utilizando um protocolo combinado de mecânica e dinâmica molecular, de baixo custo computacional, empregando-se a expressão e os parâmetros do campo de força OPLS-AA, foi possível reproduzir as principais características da primeira camada de hidratação de hetero-oligonucleotídeos de DNA em duplas hélices na conformação A (1DPL) e B (1DPN e 1ENN), conforme descrições cristalográficas com resolução atômica; nosso protocolo também reproduziu satisfatoriamente as características das primeiras camadas de hidratação de homo-oligonucleotídeos de DNA na conformação B [(AT)12 e (CG)12] obtidas em simulações por dinâmica molecular empregando-se protocolos mais longos e mais sofisticados. Um modelo preliminar da primeira camada de hidratação de oligonucleotídeos poderia ser útil para aqueles interessados em proceder cálculos mecânico-quânticos em sistemas cujas características de hidratação são desconhecidas em nível molecular ou, ainda, para refinamento de estruturas cristalográficas por comparação com padrões de difração experimentais. | - |
Descrição: dc.description | Em processamento | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Publicador: dc.publisher | Sociedade Brasileira de Química | - |
Direitos: dc.rights | Acesso Aberto | - |
Palavras-chave: dc.subject | nucleic acids | - |
Palavras-chave: dc.subject | hydration | - |
Palavras-chave: dc.subject | quenched dynamics | - |
Palavras-chave: dc.subject | bound water | - |
Título: dc.title | A simple low-cost simulation protocol for approximate localization of structural water molecules in DNA oligonucleotides | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional – UNB |
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