Evolução da família proteica criptocromo/fotoliase em mollusca

Registro completo de metadados
MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorSeixas, Victor Corrêa-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6227794799338037-
Autor(es): dc.contributorCabral, Luiz Mors-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5525595141868422-
Autor(es): dc.contributorDuarte, Michelle Rezende-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/4364575322874194-
Autor(es): dc.contributorSeixas, Victor Corrêa-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6227794799338037-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/8057271196002800-
Autor(es): dc.creatorCoelho, João Alberto da Luz-
Data de aceite: dc.date.accessioned2024-07-11T18:20:51Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2024-07-11T18:20:51Z-
Data de envio: dc.date.issued2024-01-10-
Data de envio: dc.date.issued2024-01-10-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://app.uff.br/riuff/handle/1/31899-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/768752-
Descrição: dc.descriptionA família Criptocromo/Fotoliase é uma antiga família de flavoproteínas fotorreceptoras estruturalmente caracterizadas por uma arquitetura bilobal, com dois domínios proteicos facilmente distinguíveis. No domínio PHR há um cromóforo FAD e uma tríade ou tétrade de triptofanos conservada. Criptocromos e Fotoliases destacam-se pela capacidade de usar a energia proveniente de fótons de luz azul para gerar o estado de par de radicais FAD- e TrpH+, em reações de oxidação-redução que se dão entre FAD e os Triptofanos. Tal estado é um intermediário importante para reações químicas relacionadas à função proteica. No caso das Fotoliases essa função é de fotorreativação, isto é, o reparo de lesões causadas por radiação UV-B no DNA. Os Criptocromos podem ser ou não fotorreceptores e são, no geral, moduladores para a sincronização dos ritmos circadianos em animais ou para regulação de processos ligados à ontogenia em plantas. O presente trabalho relata uma investigação científica baseada em recursos de bioinformática acerca da evolução da família Criptocromo/Fotoliase em moluscos marinhos. Para isso, partiu-se de buscas de iscas proteicas feitas com tBLASTn numa base de dados de 39 genomas (16 Cephalopoda, 12 Gastropoda, 10 Bivalvia e 1 Polyplacophora) obtidos do banco de dados públicos do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Todos os trechos anotados de novo a partir da análise manual dos resultados do tBLASTn foram novamente alinhados, desta vez no GeneWise, para validação das anotações previamente feitas assim como para descrição do conteúdo intrônico e determinação das sequências cds (sem íntrons) e proteicas. Por fim, as sequências inferidas foram alinhadas com MAFFT e processadas pelo IQTREE2 para gerar árvores filogenéticas de máxima verossimilhança de DNA e proteínas com 159 ramos. O suporte dos nós foi calculado com o método de bootstrap, utilizando-se 1000 réplicas. Assim, esta monografia traz anotações de novo de criptocromos e fotoliases em genomas de moluscos, que abarca um conjunto de espécies nunca incluídas em estudos genômicos para anotação específica dessas proteínas. Informações aqui apresentadas podem ser úteis para futuros mapeamentos dos eventos de perdas e duplicações gênicas ocorridos nessa família proteica durante a diversificação marinha do filo Mollusca.-
Descrição: dc.descriptionConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico-
Descrição: dc.descriptionThe Cryptochrome/Photolyase family is an ancient family of photoreceptor flavoproteins structurally characterized by a bilobal architecture, containing two easily distinguishable protein domains. In the PHR domain there is a FAD chromophore and a conserved triad or tetrad of tryptophans. Cryptochromes and Photolyases stand out for their ability to use energy from blue light photons to generate the FAD- and TrpH+ radical pair state, following oxidation-reduction reactions that occur between FAD and Tryptophans. Such a state is an important intermediate for chemical reactions related to protein function. For Photolyases this function is photoreactivation, which is the repair of lesions caused by UV-B radiation in DNA. Cryptochromes may or may not be photoreceptors and are, in general, modulators for the synchronization of circadian rhythms in animals or for the regulation of ontogeny processes in plants. The present work reports a scientific investigation based on bioinformatics resources about the evolution of the Cryptochrome/Photolyase family in marine molluscs. It started by searches for protein querys carried out with tBLASTn in a database of 39 genomes (16 Cephalopoda, 12 Gastropoda, 10 Bivalvia and 1 Polyplacophora) obtained from the public database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). All de novo annotations based on the manual analysis of tBLASTn outputs revalidated through second alignments, this time using the program GeneWise. This also provided information that describe the intronic content and determine the cds (without introns) and protein sequences. Finally, the inferred sequences were aligned with MAFFT and processed by IQTREE2 to generate maximum likelihood phylogenetic trees of DNA and proteins with 159 branches. Node support was calculated with the bootstrap method, using 1000 replications. Thus, the present work brings de novo annotations of cryptochromes and photolyases in mollusc genomes, covering species never included in previous genomic studies for specific annotation of these proteins. The information here presented may be useful for future mapping of gene loss and duplication events that occurred in this protein family during the marine diversification of the Mollusca phylum.-
Descrição: dc.description40 p.-
Formato: dc.formatapplication/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document-
Idioma: dc.languagept_BR-
Direitos: dc.rightsOpen Access-
Direitos: dc.rightsCC-BY-SA-
Palavras-chave: dc.subjectfotoliases; criptocromos; moluscos; bioinformática-
Palavras-chave: dc.subjectEvolução, Ontogenia, Molusco, Biologia computacional-
Palavras-chave: dc.subjectphotolyases; cryptochromes; molluscs; bioinformatics-
Título: dc.titleEvolução da família proteica criptocromo/fotoliase em mollusca-
Tipo de arquivo: dc.typeTrabalho de conclusão de curso-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense - RiUFF

Não existem arquivos associados a este item.