Análise da informação mútua em seqüências de DNA homólogas

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorLeitão, Helena Cristina da Gama-
Autor(es): dc.contributorhttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4785003Z6-
Autor(es): dc.contributorStolfi, Jorge-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6824400602221355-
Autor(es): dc.contributorCraizer, Marcos-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/843219907054-
Autor(es): dc.contributorConci, Aura-
Autor(es): dc.contributorhttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4787952Y2-
Autor(es): dc.contributorTorreão, Jose Ricardo de Almeida-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/4234623363518888-
Autor(es): dc.creatorPessoa, Luciana de Souza-
Data de aceite: dc.date.accessioned2024-07-11T18:14:52Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2024-07-11T18:14:52Z-
Data de envio: dc.date.issued2021-03-10-
Data de envio: dc.date.issued2008-05-12-
Data de envio: dc.date.issued2021-03-10-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://app.uff.br/riuff/handle/1/17873-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/766649-
Descrição: dc.descriptionIn this dissertation, we describe a method for estimating the amount of mutual information of homologous DNA sequences, i. e., the information contained in a DNA sequence that can be used to identify homologous blocks that have a same ancestor. For that purpose, we using signal processing techniques, especially spectral analysis, signal filtering, and information theory. The analysis of the mutual information content allows us to estimate the probability of false positives strings that are not homologous to the given sequence, but are just as similar to it as the homologous ones. In 1999, Leitão and Stolfi developed an efficient algorithm for the reconstruction of fragmented seramic objects, using the technique of multi scale sequence comparison. This technique may be applicable to the problem of finding similar strings in a bio-sequence database, which is a fundamental problem for the identification of homologous genes and for the assembly of genomes from sequenced fragments. The viability of multi scale comparison for this problem relies on the hypothesis that, even in the coarsest scales used, a DNA sequence still contains enough mutual information to eliminate a significative fraction of false positives. We verify this hypothesis by the method describe here-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior-
Descrição: dc.descriptionNeste trabalho, descrevemos um método para estimar a informação mútua de sequênciasde DNA homólogas, ou seja, a quantidade de informação contida em uma seqüênciade DNA que pode ser utilizada para identificar trechos de DNA que originaramde um mesmo ancestral. Para isso utilizamos técnicas de processamento desinais,especialmente análise espectral, filtragem de sinais e teoria da informação. Analisandoa quantidade de informação mútua podemos estimar a probabilidade de falsos positivos- trechos que não são homólogos à sequência, mas que por coincidência são tão similares à mesma quanto às homólogas. Em1999,Leitão e Stolfi desenvolveram um algoritmo eficiente para reconstrução de objetos cerâmicos fragmentados, usando a técnica de comparação multi-escala de seqüências. Esta técnica poderia ser aplicada também ao problema de localização de trechos similares em um banco de bio-seqüências, que é um problema fundamental na identificação de genes homólogos e na montagem de genomas a partir de fragmentos seqüenciados. A viabilidade da comparação multi-escala para este problema depende da hipótesede que, mesmo nas escalas mais grosseiras utilizadas, uma cadeia de DNA ainda contém informação mútua suficiente para eliminar uma fração significativa de falsospositivos. Verificamos esta hipótese utilizando o método aqui descrito-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Publicador: dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Computação-
Publicador: dc.publisherComputação-
Direitos: dc.rightsAcesso Aberto-
Direitos: dc.rightsCC-BY-SA-
Palavras-chave: dc.subjectCiência da computação-
Palavras-chave: dc.subjectAnálise de Fourier-
Palavras-chave: dc.subjectTeoria da informação-
Palavras-chave: dc.subjectBiologia computacional-
Palavras-chave: dc.subjectAnálise de seqüências de DNA-
Palavras-chave: dc.subjectSeqüências homólogas-
Palavras-chave: dc.subjectCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::TEORIA DA COMPUTACAO::COMPUTABILIDADE E MODELOS DE COMPUTACAO-
Título: dc.titleAnálise da informação mútua em seqüências de DNA homólogas-
Título: dc.titleMutual information analysis of homologous DNA sequences-
Tipo de arquivo: dc.typeDissertação-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense - RiUFF

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