Resistoma de Streptococcus pneumoniae da linhagem genética 6C/ST386 emergente após a introdução da vacina pneumocócica conjugada 10-valente no Brasil

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorNeves, Felipe Piedade Gonçalves-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5289973921789746-
Autor(es): dc.contributorSouza, Aline Rosa Vianna de-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5570418094331112-
Autor(es): dc.contributorSilva, Amanda Beiral da-
Autor(es): dc.contributorCanellas, Anna Luiza Bauer-
Autor(es): dc.contributorSouza, Aline Rosa Vianna de-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/2269704888697936-
Autor(es): dc.creatorEtcharte, Pablo Alfradique-
Data de aceite: dc.date.accessioned2024-07-11T17:51:38Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2024-07-11T17:51:38Z-
Data de envio: dc.date.issued2024-03-22-
Data de envio: dc.date.issued2024-03-22-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://app.uff.br/riuff/handle/1/32720-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/758966-
Descrição: dc.descriptionStreptococcus pneumoniae é um dos principais patógenos responsáveis por doenças respiratórias graves em todo o mundo, afetando indivíduos de todas as idades. Os principais grupos de risco para doença pneumocócica invasiva (DPI) são crianças menores de 2 anos, idosos, e pacientes imunocomprometidos, sendo uma das principais causas de morbidade e mortalidade nesses grupos vulneráveis. Para minimizar o impacto das doenças pneumocócicas no sistema de saúde, diferentes formulações de vacinas pneumocócicas conjugadas foram introduzidas em muitos países desde 2000. Desde a implementação da vacina pneumocócica conjugada 10-valente (VPC10) no Programa Nacional de Imunização infantil do SUS a cobertura da vacinação atingiu mais de 90% na população elegível. Apesar da ampla cobertura vacinal no Brasil de 2010 a 2019, observou-se um total de mais de 600.000 internações anuais devido à pneumonia, enquanto a média anual de casos de meningite pneumocócica no mesmo intervalo foi de aproximadamente 1.050. A implementação da vacina VPC10 tem gerado mudanças dinâmicas na população pneumocócica, com uma notável redução nos sorotipos vacinais e um aumento correspondente nas DPIs causadas por sorotipos não vacinais, fenômeno conhecido como substituição de sorotipos. No presente estudo, foram empregados dados de sequenciamento do genoma completo de amostras multirresistentes provenientes de uma linhagem genética emergente em Niterói após a introdução da VPC10, visando determinar o seu resistoma a partir de análises utilizando diferentes ferramentas de bioinformática. A partir das análises realizadas classificamos as amostras analisadas como pertencentes ao sorotipo 6C, ao GPSC 47 e complexo clonal 386. Além disso, caracterizamos as pbps presentes nessas amostras, apresentando o perfil 2:53:77, exibindo resistência à penicilina (PNSP), cefotaxima e ceftriaxona. Por meio das análises in silico, também conseguimos prever o fenótipo de resistência em relação a vários antimicrobianos não beta-lactâmicos, identificando os genes erm(B) e tet(M), associados à resistência à clindamicina e eritromicina, e tetraciclina, respectivamente. Adicionalmente realizamos uma análise evolutiva na qual as amostras apresentaram uma estreita relação filogenética, embora três amostras tenham ficado mais distantes das demais. Este estudo destaca a complexidade na interação entre vacinação, evolução de sorotipos e resistência. Ademais, demonstra a viabilidade do uso de ferramentas in silico simples e de fácil aplicação para a previsão da resistência a antimicrobianos a partir de dados de sequenciamento do genoma completo, destacando sua eficiência na análise de espécies bacterianas clinicamente relevantes.-
Descrição: dc.descriptionStreptococcus pneumoniae is one of the leading pathogens responsible for severe respiratory diseases worldwide, affecting individuals of all ages. The main risk groups for invasive pneumococcal disease (IPD) are children under 2 years old, the elderly, and immunocompromised patients, making it a major cause of morbidity and mortality in these vulnerable groups. To minimize the impact of pneumococcal diseases on the healthcare system, various formulations of pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) have been introduced worldwide, since 2000. Vaccination coverage has reached over 90% in the eligible population since the implementation of 10-valent pneumococcal conjugate vaccine (10) in the national childhood immunization program in Brazil (PNI-SUS). Despite extensive vaccination coverage in Brazil from 2010 to 2019, there were more than 600,000 annual hospitalizations due to pneumonia, while the annual average of pneumococcal meningitis cases in the same period was approximately 1,050. The implementation of PCV10 has led to dynamic changes in the pneumococcal population, with a significant reduction in vaccine serotypes and a corresponding increase in IPDs caused by non-vaccine serotypes, a phenomenon known as serotype replacement. In this study, we employed whole-genome sequencing data from multidrug-resistant samples of an emerging genetic lineage in Niterói after the introduction of VPC10. Our aim was to determine the resistome of this lineage through analyses using various bioinformatics tools. Based on the analyses, we classified the samples as belonging to serotype 6C, GPSC 47, and clonal complex 386. Additionally, we characterized the penicillin-binding proteins present in these samples, showing pbp profile 2:53:77 and predicted non susceptibility to penicillin (PNSP), cefotaxime and ceftriaxone. Through in silico analyses, we predicted the resistance phenotype to various non-beta-lactam antimicrobials, also identifying genes erm(B) e tet(M), associated with resistance to clindamycin and erythromycin, and tetracycline, respectively. Furthermore, we conducted an evolutionary analysis, revealing a close phylogenetic relationship among the samples, although three samples stood out as more distant from the others. This study underscores the complexity of the interaction between vaccination, serotype evolution, and resistance. Moreover, it demonstrates the feasibility of using simple and easily applicable in silico tools for predicting antimicrobial resistance based on whole-genome sequencing data, highlighting their efficiency in the analysis of clinically relevant bacterial species.-
Descrição: dc.description40 f.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Direitos: dc.rightsOpen Access-
Direitos: dc.rightsCC-BY-SA-
Palavras-chave: dc.subjectStreptococcus pneumoniae-
Palavras-chave: dc.subjectSubstituição de sorotipos-
Palavras-chave: dc.subjectSorotipo 6C-
Palavras-chave: dc.subjectResistência antimicrobiana-
Palavras-chave: dc.subjectAnálises in sílico-
Palavras-chave: dc.subjectVPC10-
Palavras-chave: dc.subjectResistoma-
Palavras-chave: dc.subjectStreptococcus pneumoniae-
Palavras-chave: dc.subjectResistência microbiana a medicamentos-
Palavras-chave: dc.subjectVacinas pneumocócicas-
Palavras-chave: dc.subjectSimulação por computador-
Palavras-chave: dc.subjectSequenciamento completo do genoma-
Palavras-chave: dc.subjectStreptococcus pneumoniae-
Palavras-chave: dc.subjectSerotype replacements-
Palavras-chave: dc.subjectSerotype 6C-
Palavras-chave: dc.subjectAntimicrobial resistance-
Palavras-chave: dc.subjectIn silico analyses-
Palavras-chave: dc.subjectPCV10-
Palavras-chave: dc.subjectResistome-
Título: dc.titleResistoma de Streptococcus pneumoniae da linhagem genética 6C/ST386 emergente após a introdução da vacina pneumocócica conjugada 10-valente no Brasil-
Tipo de arquivo: dc.typeTrabalho de conclusão de curso-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense - RiUFF

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