Montagem e anotação do genoma mitocondrial de cinco espécies de lepidópteros utilizando dados públicos

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorSantos, Cinthya Simone Gomes-
Autor(es): dc.contributorCarvalho, Caio Antunes de-
Autor(es): dc.contributorSeixas, Victor Corrêa-
Autor(es): dc.contributorDuarte, Michelle Rezende-
Autor(es): dc.creatorFumagali, Leonardo Mainente-
Data de aceite: dc.date.accessioned2024-07-11T17:48:59Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2024-07-11T17:48:59Z-
Data de envio: dc.date.issued2023-12-26-
Data de envio: dc.date.issued2023-12-26-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://app.uff.br/riuff/handle/1/31696-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/758083-
Descrição: dc.descriptionMesmo sendo organismos modelo para estudos de genética, biologia molecular, evolução, especiação, adaptação e, também, importantes agentes polinizadores que influenciam a dinâmica de toda a ecologia e biodiversidade de plantas com flores no planeta, ainda há diversas incertezas quanto a filogenia dos lepidópteros, principalmente ao nível de famílias e superfamílias. Para resolver este problema, diversos recursos moleculares podem ser utilizados e a comparação de genomas pode ter um papel crucial. Uma opção ainda mais viável é o estudo comparativo de genomas mitocondriais, pois são mais simples, fáceis de montar e requerem menos esforços computacionais e financeiros. Nesse sentido, o presente trabalho visa descrever o processo de montagem e anotação de genomas mitocondriais de Lepidoptera obtidos a partir de arquivos de sequenciamento presentes em bases de dados públicas. Os programas NOVOPlasty, MITObim e Artemis foram utilizados para montar e anotar cinco mitogenomas de lepidópteros a partir dos dados disponíveis no Sequence Read Archive (SRA), no formato de sequenciamento de genoma completo (WGS). Os mitogenomas obtidos se apresentaram totalmente congruentes, com a mesma ordem (sintenia) gênica e todos os genes esperados para mitocôndrias de animais. Entre algumas peculiaridades altamente conservadas da ordem Lepidoptera foi observada a presença do códon de início CGA para o gene do Citocromo c oxidase subunidade I (COX1). Por fim, estes serão submetidos ao Third Party Annotation (TPA) e ficarão disponíveis publicamente nos bancos de dados para o seu uso futuro em pesquisas que possam ajudar a elucidar a filogenia do grupo, bem como outras questões da biologia destes Lepidoptera.-
Descrição: dc.descriptionEven though they are model organisms for studies of genetics, molecular biology, evolution, speciation, adaptation and, also, important pollinating agents that influence the dynamics of the entire ecology and biodiversity of flowering plants on the planet, lepidopterans continue to have several uncertainties regarding their phylogenetic relationship, mainly at the level of families and superfamilies. To solve this problem, several molecular resources can be used and the comparison of genomes can play a crucial role in this problem. An even more feasible option is the comparative study of mitochondrial genomes, as they are simpler, easier to assemble and require less computational and financial efforts. In this sense, the present study aims to describe genome assembly and annotation process of Lepidoptera mitochondrial genomes obtained through public database sequencing files. From this data, were used NOVOPlasty, MITObim and Artemis software to assemble and annotate five lepidopteran mitogenomes obtained from Sequence Read Archive (SRA) database in the Whole Genome Sequencing format (WGS). The mitogenomes obtained were totally congruent, with the same gene synteny and all the features expected for animal mitochondria. Some highly conserved peculiarities of the order Lepidoptera were also observed, such as the presence of the CGA start codon for the Cytochrome c oxidase subunit I (COX1) gene. Finally, they will be submitted to Third Party Annotation (TPA) and will be publicly available in the databases for their future use in research that may help to elucidate the phylogeny of the group, as well as other issues in the biology of these Lepidoptera.-
Descrição: dc.description46 f.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Direitos: dc.rightsOpen Access-
Direitos: dc.rightsCC-BY-SA-
Palavras-chave: dc.subjectLepidoptera-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformática-
Palavras-chave: dc.subjectMitogenoma-
Palavras-chave: dc.subjectDados públicos-
Palavras-chave: dc.subjectReaproveitamento de dados-
Palavras-chave: dc.subjectMontagem de genomas-
Palavras-chave: dc.subjectLepidóptero-
Palavras-chave: dc.subjectBiologia computacional-
Palavras-chave: dc.subjectMitocôndria-
Palavras-chave: dc.subjectGenoma-
Palavras-chave: dc.subjectInseto-
Palavras-chave: dc.subjectHolometabolismo-
Palavras-chave: dc.subjectLepidoptera-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformatics-
Palavras-chave: dc.subjectMitogenome-
Palavras-chave: dc.subjectPublic data-
Palavras-chave: dc.subjectData reuse-
Palavras-chave: dc.subjectGenome assembly-
Título: dc.titleMontagem e anotação do genoma mitocondrial de cinco espécies de lepidópteros utilizando dados públicos-
Tipo de arquivo: dc.typeTrabalho de conclusão de curso-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense - RiUFF

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