Desenvolvimento de marcadores do tipo SSRs para genes candidatos relacionados com a qualidade da carne em Bos taurus

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Autor(es): dc.contributorPerseguini, Juliana Morini Küpper Cardoso-
Autor(es): dc.contributorhttps://orcid.org/0000-0002-4940-7317-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/9162366666070378-
Autor(es): dc.contributorMontagner, Marcelo Marcos-
Autor(es): dc.contributorhttps://orcid.org/0000-0001-8845-1276-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/1454459460997353-
Autor(es): dc.contributorReis, Cândida Camila dos-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/2962257239390159-
Autor(es): dc.contributorMaia, Fabiana Martins Costa-
Autor(es): dc.contributorhttps://orcid.org/0000-0002-3553-7292-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6327885831127043-
Autor(es): dc.contributorGhisi, Nédia de Castilhos-
Autor(es): dc.contributorhttps://orcid.org/0000-0001-7616-1618-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/4542801151720873-
Autor(es): dc.creatorRibeiro, Carmen Catarina Brostolin-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-08-04T20:17:26Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-08-04T20:17:26Z-
Data de envio: dc.date.issued2022-04-14-
Data de envio: dc.date.issued2022-04-14-
Data de envio: dc.date.issued2021-08-18-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/28052-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/706143-
Descrição: dc.descriptionBeef cattle farming uses molecular markers to verify the location of genes for meat production and quality, reproductive aspects and disease resistance. With this purpose, the objective was to identify and develop microsatellite markers (SSRs) for genes related to production and meat quality of the Marchangus compound. With the Panther 16.0 program, function and pathway enrichment was performed through the genomic sequence of Bos taurus for the genes related to meat quality (DGAT1, CAPN1, CAST, TG, PRLR, CAPN2, CAPN3) available in the National Center database For Biotechnology Information (NCBI) and, with the String tool, a protein-protein interaction network was built. The identification and location of the SSRs and the design of the initiators were performed using Krait software, based on the download of sequences in the FASTA format. The validation of the primers was performed in silico using the SMS program - PCR Primer Stats, to confirm the absence of hairpins and dimers, the BLASTn was used to verify the alignment of the primers to the gene sequences, and the SMS PCR Products program, who are looking for places with perfect annealing. Laboratory validation was performed using genetic material from the blood of 25 cattle of the Marchangus Compound. The result of the ontological analysis of candidate genes for meat quality demonstrated that they are associated with complex biological activities, including hormonal regulation, lipid activity, and the process of protein degradation by enzymes. The protein-protein interaction network confirms that there is an interconnection between the genes studied, but the main association occurs in the calpain-calpastatin enzyme complex. The number of microsatellite markers (SSRs) developed for each gene was: DAGT1 (2), CAPN1 (4),CAST (47), TG (65), PRLR (54), CAPN2 (14) and CAPN3 (8). Based on the obtained SSRs, the designer of the primers was performed. After virtual validation, the results of the primers were as follows: CAPN1 (1), CAST (4) and PRLR (1). The other initiators did not demonstrate adequate standards for performing genotyping. Therefore, it can be concluded from the tests performed that from the bioinformatics analysis it is possible to develop efficient primers, both with virtual PCR and with conventional PCR. The study of polymorphisms by molecular techniques for candidate genes will allow the improvement of the trait of zootechnical interest, as well as the use of these markers in genetic mapping and assisted selection programs.-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionA bovinocultura de corte faz uso dos marcadores moleculares para verificar a localização dos genes para produção e qualidade de carne, aspectos reprodutivos e resistência a doenças. Com este propósito, objetivou-se identificar e desenvolver marcadores microssatélites (SSRs) para genes relacionados a produção e qualidade de carne do composto Marchangus. Com o programa Panther 16.0 foi efetuado o enriquecimento de função e via através da sequência genômica de Bos taurus para os genes relacionados a qualidade de carne (DGAT1, CAPN1, CAST, TG, PRLR, CAPN2, CAPN3) disponíveis no banco de dados National Center For Biotechnology Information (NCBI) e, com a ferramenta String foi construído uma rede interação proteína-proteína. A identificação e localização dos SSRs e o desenho dos iniciadores, foi realizada com a utilização software Krait, com base no download das sequências no formato FASTA. A validação dos primers foi realizada in silico com a utilização do programa SMS - PCR Primer Stats, para confirmar a ausência de hairpins e dímeros,o BLASTn foi utilizado para verificar o alinhamento dos primers para as sequências dos genes, e o programa SMS PCR Products, que procura locais de anelamento perfeito. A validação em laboratório foi realizada utilizando o material genético provenientes do sangue de 25 bovinos do Composto Marchangus. O resultado da análise ontológica dos genes candidatos para a qualidade da carne, demonstrou que os mesmos estão associados as atividades biológicas complexas, incluindo a regulação hormonal, atividade lipídica, e o processo de degradação de proteínas por enzimas. A rede de interação proteína-proteína confirma que existe uma interconexão entre os genes pesquisados, mas, a principal associação ocorre no complexo enzimático calpaína-calpastatina. O número de marcadores microssatélites (SSRs) desenvolvido para cada gene foi: DAGT1 (2), CAPN1 (4), CAST (47), TG (65), PRLR (54), CAPN2 (14) e CAPN3 (8). Com base nos SSRs obtidos foi realizado o designer dos primers. Após a validação virtual, os resultados dos primers foram os seguintes: CAPN1 (1), CAST (4) e PRLR (1). Os demais iniciadores não demonstraram os padrões adequados para a realização da genotipagem. Portanto, pode-se concluir pelos testes realizados, que a partir das análises de bioinformática é possível desenvolver primers eficientes, tanto com PCR virtual, como pela PCR convencional. O estudo dos polimorfismos por técnicas moleculares para genes candidatos, permitirá o melhoramento da característica de interesse zootécnico, bem como, a utilização destes marcadores em programas de mapeamento genético e seleção assistida.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Publicador: dc.publisherUniversidade Tecnológica Federal do Paraná-
Publicador: dc.publisherDois Vizinhos-
Publicador: dc.publisherBrasil-
Publicador: dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Zootecnia-
Publicador: dc.publisherUTFPR-
Direitos: dc.rightsopenAccess-
Direitos: dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/-
Palavras-chave: dc.subjectBovinos de corte-
Palavras-chave: dc.subjectMarcadores genéticos-
Palavras-chave: dc.subjectGenética animal-
Palavras-chave: dc.subjectBeef cattle-
Palavras-chave: dc.subjectGenetic markers-
Palavras-chave: dc.subjectAnimal genetics-
Palavras-chave: dc.subjectCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::PRODUCAO ANIMAL-
Palavras-chave: dc.subjectProdução Animal-
Título: dc.titleDesenvolvimento de marcadores do tipo SSRs para genes candidatos relacionados com a qualidade da carne em Bos taurus-
Título: dc.titleDevelopment of SSR markers for candidate genes related to meat quality in Bos taurus-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositorio Institucional da UTFPR - RIUT

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