Alinhamentos globais de duas sequências genéticas: resultados ótimos em espaço linear

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorZatesko, Leandro Miranda-
Autor(es): dc.contributorAlmeida, Sheila Morais de-
Autor(es): dc.contributorZatesko, Leandro Miranda-
Autor(es): dc.contributorCarmo, Renato José da Silva-
Autor(es): dc.contributorMaciel, Denise do Rocio-
Autor(es): dc.creatorCostacurta, Matheus-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-21T21:37:57Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-21T21:37:57Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-11-18-
Data de envio: dc.date.issued2020-11-18-
Data de envio: dc.date.issued2019-11-24-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/15987-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/656992-
Descrição: dc.descriptionBioinformatics is an application of computational, statistical and mathematical techniques for the analysis, interpretation and control of biological data, mainly related to genetics. A frequent tasks in this area is the sequence alignment, which uses a cost function to present an optimum alignment between related sequences. This task is frequent since it is used to compare genetic material and to construct the taxonomy of living beings. The space complexity of the known exact algorithms to present more than one optimum alignment between two genetic sequences is 𝑂(𝑚𝑛), where 𝑚 and 𝑛 are the sizes of the two sequences given by the number of base pairs. This space complexity may be unwanted, since the size of the sequences can reach millions of bases. Hence, many authors use heuristics, more efficient in the use of space, but without the certainty of optimality. This work, however, aims to develop a linear space complexity exact algorithm to find more than one optimum alignment between two genetic sequences.-
Descrição: dc.descriptionA Bioinformática é a aplicação de técnicas computacionais, matemáticas e estatísticas para analisar, interpretar e processar dados biológicos, principalmente dados relacionados a genética. Uma tarefa frequente nessa área é o alinhamento de sequências, que utiliza uma função de custo para apresentar o alinhamento ótimo entre sequências relacionadas. Esta tarefa é frequente por ser utilizada para comparação de material genético e construção da taxonomia de seres vivos. A complexidade de espaço dos algoritmos exatos conhecidos que apresentam mais que um alinhamento ótimo entre duas sequências genéticas é 𝑂(𝑚𝑛), sendo 𝑚 e 𝑛 os tamanhos das duas sequências em pares de bases. Essa complexidade de espaço pode ser indesejada, visto que o tamanho das sequências pode chegar a milhões de bases. Por isso, muitos autores utilizam heurísticas, mais eficientes no uso do espaço, porém sem a garantia de uma solução ótima. O presente trabalho, contudo, tem como objetivo desenvolver um algoritmo exato com complexidade de espaço linear para encontrar mais que um alinhamento ótimo entre duas sequências genéticas.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Publicador: dc.publisherUniversidade Tecnológica Federal do Paraná-
Publicador: dc.publisherPonta Grossa-
Publicador: dc.publisherBrasil-
Publicador: dc.publisherDepartamento Acadêmico de Informática-
Publicador: dc.publisherCiência da Computação-
Publicador: dc.publisherUTFPR-
Direitos: dc.rightsopenAccess-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformática-
Palavras-chave: dc.subjectComplexidade computacional-
Palavras-chave: dc.subjectAlgorítmos-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformatics-
Palavras-chave: dc.subjectComputational complexity-
Palavras-chave: dc.subjectAlgorithms-
Palavras-chave: dc.subjectCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO-
Título: dc.titleAlinhamentos globais de duas sequências genéticas: resultados ótimos em espaço linear-
Título: dc.titleGlobal alignments of two genetic sequences: optimal results in linear space-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositorio Institucional da UTFPR - RIUT

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