A simple low-cost simulation protocol for approximate localization of structural water molecules in DNA oligonucleotides

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Autor(es): dc.creatorNeder, Amarílis de V. Finageiv-
Autor(es): dc.creatorOliveira Neto, Marçal de-
Data de aceite: dc.date.accessioned2021-10-14T18:45:01Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2021-10-14T18:45:01Z-
Data de envio: dc.date.issued2017-12-07-
Data de envio: dc.date.issued2017-12-07-
Data de envio: dc.date.issued2005-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://repositorio.unb.br/handle/10482/26454-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://dx.doi.org/10.1590/S0103-50532005000400017-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/639073-
Descrição: dc.descriptionUsing a computational low-cost protocol by combining molecular mechanics energy minimization and molecular dynamics employing the OPLS-AA force field, we were able to reproduce the main structural features of the first hydration shell of double-helix DNA hetero-oligonucleotides in the A (1DPL) and B-conformations (1DPN and 1ENN), whose coordinates are available with atomic resolution from crystallographic data. Our simple protocol also reproduced the main hydration patterns of DNA homo-oligonucleotides in the B-conformation [(AT)12 and (CG)12], obtained before by computer simulation using a longer and more sophisticated molecular dynamics protocol. A preliminary model of the first hydration shell of oligonucleotides may be very useful to those interested in performing quantum-mechanical calculations of systems where hydration features are unknown at the molecular level; the model may also be used by crystallographers during refinement steps.-
Descrição: dc.descriptionUtilizando um protocolo combinado de mecânica e dinâmica molecular, de baixo custo computacional, empregando-se a expressão e os parâmetros do campo de força OPLS-AA, foi possível reproduzir as principais características da primeira camada de hidratação de hetero-oligonucleotídeos de DNA em duplas hélices na conformação A (1DPL) e B (1DPN e 1ENN), conforme descrições cristalográficas com resolução atômica; nosso protocolo também reproduziu satisfatoriamente as características das primeiras camadas de hidratação de homo-oligonucleotídeos de DNA na conformação B [(AT)12 e (CG)12] obtidas em simulações por dinâmica molecular empregando-se protocolos mais longos e mais sofisticados. Um modelo preliminar da primeira camada de hidratação de oligonucleotídeos poderia ser útil para aqueles interessados em proceder cálculos mecânico-quânticos em sistemas cujas características de hidratação são desconhecidas em nível molecular ou, ainda, para refinamento de estruturas cristalográficas por comparação com padrões de difração experimentais.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languageen-
Publicador: dc.publisherSociedade Brasileira de Química-
Direitos: dc.rightsAcesso Aberto-
Palavras-chave: dc.subjectnucleic acids-
Palavras-chave: dc.subjecthydration-
Palavras-chave: dc.subjectquenched dynamics-
Palavras-chave: dc.subjectbound water-
Título: dc.titleA simple low-cost simulation protocol for approximate localization of structural water molecules in DNA oligonucleotides-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional – UNB

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