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Perfis de flexibilidade de regiões promotoras de organismos eucariotos.

Use este link compartilhar ou citar este material: http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/557194
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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorWeber, Gerald-
Autor(es): dc.creatorLima, Denise Fagundes-
Data de aceite: dc.date.accessioned2019-11-06T13:31:28Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2019-11-06T13:31:28Z-
Data de envio: dc.date.issued2014-12-03-
Data de envio: dc.date.issued2014-12-03-
Data de envio: dc.date.issued2012-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/4090-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/557194-
Descrição: dc.descriptionPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.-
Descrição: dc.descriptionEm uma sequência de DNA, a ativação de um gene está relacionada com a capacidade dos fatores de transcrição (TFs) em reconhecer um região específica do DNA denominada de região promotora. Apesar da existência dos promotores “core-less” (conhecidas por não conter elementos regulatórios), em eucariotos esta região é caracterizada por possuir vários elementos regulatórios na porção núcleo do promotor: São eles: TATA-box, Iniciador (INR), elemento posterior do promotor (DPE), elemento de reconhecimento do TFIIB e as ilhas CpGs. A busca por TSS (do inglês, transcription start site) e promotores é um passo importante para entender como funciona a regulação gênica e, por isso, muitos programas computacionais têm sido desenvolvidos. Além das características biológicas, alguns programas são construídos com base nos parâmetros físicos dos promotores como, por exemplo, a flexibilidade do DNA. Em geral, as técnicas experimentais utilizam sequências curtas (n-mer) para medir os parâmetros físicos e os valores encontrados para estas pequenas sequências são combinadas para representar uma sequência maior. A maneira fisicamente correta de combinar os parâmetros de flexibilidade é através da soma inversa dos valores de elasticidade de cada n-mer, de forma similar ao que ocorre em uma associação de molas em série, entretanto, a maioria dos trabalhos simplesmente somam estes valores. Diante disso, nós desenvolvemos e aplicamos um modelo de soma inversa da flexibilidade em sequências promotoras “core-less” e não “core-less” de eucariotos e construímos perfis de flexibilidade média onde avaliamos a utilização de diversos tamanhos de n-mer. Nós vimos que, em geral, a porção downstream ao TSS apresenta-se mais rígida do que a porção usptream ao TATA-box e a posição em torno de -28 ´e uma das regiões mais flexíveis. Nossos resultados também mostraram que a média da flexibilidade não é um boa estratégia para buscar por promotores e que, dependendo do tamanho do n-mer empregado, a frequência de cada valor de flexibilidade apresenta-se diferente. Ainda neste trabalho, nós analisamos a relação do conteúdo CG dos genes de microRNAs (miRNAs) e mirtrons de invertebrados e vertebrados e comparamos com as suas vizinhanças genômicas na tentativa de compreender a biogênese dos mirtrons. Mirtrons são um tipo especial de miRNA que se originam do mecanismo de splicing do pri-miRNA em vez de ser processado pela Drosha (enzima que cliva na haste do hairpin do pri-miRNA). Nós descobrimos que os mirtrons de invertebrados, até agora sem exceção, têm menor CG conteúdo do que suas regiões vizinhas. A partir deste resultado, nós sugerimos que o splicing que ocorre na biogênese dos mirtrons se deve ao mesmo motivo do splicing que ocorre durante a processamento do mRNA. ______________________________________________________________________________________________-
Descrição: dc.descriptionABSTRACT: In a DNA sequence, the gene activation is related to the ability of transcription factors (TFs) to recognize a particular region of DNA called promoter region. Despite the existence of “core-less” promoters (known to not contain regulatory elements), in eukaryotes this region is characterized by containing multiple regulatory elements in the portion of the core promoter: TATA-box Initiator (INR), downstream core promoter element (DPE), TFIIB recognition element and the CpG islands. The search for TSS (transcription start site) and promoters is an important step to understand how gene regulation works and, therefore, many computer programs have been developed. In addition to the biological characteristics, some programs are built based on physical parameters of promoters such as the DNA flexibility. In general, experimental techniques use short sequences (n-mer) for measuring physical parameters and the values for these short sequences are combined to represent larger sequences. The correct way of combining the physical parameters of flexibility is by inverse sum of the values of elasticity of each n-mer, similarly to what occurs in a combination of springs in series. However, in most authors simply add these values together. Therefore, we developed and applied a model of inverse sum of flexibility in “coreless” and not “core-less” promoters sequences of eukaryotes and we build profiles of average flexibility where we evaluated the use of several lengths of n-mer. We observed that, in general, the downstream portion to TSS is more rigid than the portion upstream to the TATA-box, and the position around -28 is one of the most flexible. Our results also showed that the average flexibility is not a good strategy to search for promoters and that, depending on the length of the n-mer used, the frequency of each value of flexibility is very different. In this work we also analyze the relationship between GC content of microRNAs (miRNAs) and mirtrons genes of invertebrates and vertebrates and compared with their genomic neighborhood in an attempt to understand the biogenesis mirtrons. Mirtrons are a special type of miRNA originating from the mechanism of splicing of the pri-miRNA instead of being processed by Drosha (enzyme that cleaves the stem of the hairpin the pri-miRNA). We found that mirtrons invertebrates, so far without exception, have a lower GC content than their surrounding regions. From this result, we suggest that the splicing that occurs in the biogenesis of mirtrons have the same reason to the splicing which occurs during processing of the mRNA.-
Idioma: dc.languagept_BR-
Título: dc.titlePerfis de flexibilidade de regiões promotoras de organismos eucariotos.-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - UFOP

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