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| Metadados | Descrição | Idioma |
|---|---|---|
| Autor(es): dc.contributor | Souza, Ricardo Magela de | - |
| Autor(es): dc.contributor | Figueira, Antônia dos Reis | - |
| Autor(es): dc.contributor | Moreira, Gláucia Mara | - |
| Autor(es): dc.creator | Tedardi, Vitória Moreno | - |
| Data de aceite: dc.date.accessioned | 2026-02-09T12:48:32Z | - |
| Data de disponibilização: dc.date.available | 2026-02-09T12:48:32Z | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2019-10-30 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2019-10-30 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2019-10-30 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2019-08-01 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | https://repositorio.ufla.br/handle/1/37473 | - |
| Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1168680 | - |
| Descrição: dc.description | The bacterial blight caused by Pseudomonas syringae pv. garcae (Psg), is the main bacterial disease of coffee (Coffea arabica L.) in Brazil. In addition to this bacteriosis, the bacterial leaf spot (P. syringae pv. tabaci - Psta), the bacterial leaf blight (P. cichorii - Pc) and the dark spot (Burkholderia andropogonis - Ba) occur. The diagnosis of these diseases is problematic, because it is based on symptom and biochemical tests that are not enough to identify pathogens at species and patovar levels. In addition, there are no studies described in the literature of specific primers for the detection of Psg. The objective of this work was to design specific primers for detection of Psg and primers for simultaneous detection of Psg, Psta and Pc. The primers were designed based on the sequence alignment of the rpoD gene, that encoding RNA polymerase, and hrpS. Primers specificity was tested using conventional PCR, with DNA samples extracted from Psg, Psta, Pc, as well as isolates representative of other genera and bacterial species. The sensitivity was evaluated by determination of concentration of bacterial genomic DNA in NanoDrop 2000 and its serial dilution (100 ng, 10 ng, 1 ng, 100 pg, 10 pg, 1 pg, 100 fg, 10 fg, and 1 fg). The primers were validated in diseased coffee leaves collected in the city of Lavras and in artificially inoculated Catuaí Vermelho 144 coffee seedling leaves. The samples were submitted to the exudation test and used in Bio-PCR. The PsgRpod F1/PsgRpod R2 primers amplified a single 287 bp band only for the Psg isolate and showed PCR reaction sensitivity of up to 100 pg. The PsgRpod F1/PgtcRpod R1 primers amplified 170 bp, 1400 bp and 250 bp fragments for Psg, Psta and Pc respectively, while the PCR reaction sensitivity for the three bacteria was up to 1 ng. Using the Bio-PCR technique, it was possible to identify Psg infected coffee leaf samples from both inoculated and field seedlings when tested with the two primer pairs designed in this study. The PsgRpod F1/PsgRpod R2 primers demonstrated to be specific for Psg identification and were able to detect all Psg isolates tested. The pair PsgRpod F1/PgtcRpod R1, made possible the simultaneous detection of bacteria of the genus Pseudomonas that cause leaf spots in coffee. The differentiation of Psg, Psta and Pc is important for the epidemiological monitoring of diseases caused by these bacteria in coffee producing regions, as they are often misdiagnosed due to similarity of symptoms. | - |
| Descrição: dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | - |
| Descrição: dc.description | A mancha aureolada, causada por Pseudomonas syringae pv. garcae (Psg), é a principal doença de etiologia bacteriana do cafeeiro (Coffea arabica L.) no Brasil. Além desta bacteriose, ocorrem a mancha bacteriana causada por (P. syringae pv. tabaci - Psta), o crestamento bacteriano (P. cichorii - Pc) e a mancha escura (Burkholderia andropogonis - Ba). O diagnóstico dessas doenças é problemático, pois é baseado em sintomas e testes bioquímicos que não são suficientes para a identificação dos patógenos aos níveis de espécie e patovar. Além disso, não existem ainda descritos na literatura primers específicos para a detecção de Psg. Sendo assim, o objetivo com este trabalho foi desenhar primers específicos para detecção de Psg e primers para detecção simultânea de Psg, Psta e Pc. Os primers foram desenhados com base no alinhamento de sequências do gene rpoD, que codifica a RNA polimerase, e hrpS. A especificidade dos primers foi testada utilizando a PCR convencional, com amostras de DNA extraídos de Psg, Psta, Pc, além de isolados representativos de outros gêneros e espécies bacterianas. A sensibilidade foi avaliada por meio da determinação da concentração do DNA genômico das bactérias em NanoDrop 2000 e sua diluição seriada (100 ng, 10ng, 1ng, 100 pg, 10 pg, 1pg, 100 fg, 10 fg e 1 fg). Os primers foram validados em folhas de cafeeiros doentes coletadas no município de Lavras e em folhas de mudas de cafeeiro Catuaí Vermelho 144 inoculadas artificialmente. As amostras foram submetidas ao teste de exsudação em gotas e utilizadas na Bio-PCR. Os primers PsgRpod F1/PsgRpod R2 amplificaram uma única banda de 287 pb apenas para o isolado de Psg e apresentaram sensibilidade da reação de PCR de até 100 pg. O conjunto PsgRpod F1/PgtcRpod R1 amplificou fragmentos de 170 pb, 1400 pb e 250 pb para Psg, Psta e Pc respectivamente, enquanto que a sensibilidade da reação de PCR para as três bactérias foi de até 1 ng. A utilização da técnica de Bio-PCR permitiu identificar as amostras de folhas de cafeeiro infectadas com Psg, tanto de mudas inoculadas como do campo, quando testadas com os dois pares de primers desenhados nesse estudo. O conjunto PsgRpod F1/PsgRpod R2 demonstrou ser específico para identificação de Psg e foi capaz de detectar todos os isolados de Psg testados. O par PsgRpod F1/PgtcRpod R1, possibilitou a detecção simultânea das bactérias do gênero Pseudomonas causadoras de lesões foliares em cafeeiro. A diferenciação de Psg, Psta e Pc é importante para o monitoramento epidemiológico das doenças causadas por essas bactérias nas regiões produtoras de café, visto que frequentemente são confundidas no diagnóstico devido à similaridade dos sintomas. | - |
| Formato: dc.format | application/pdf | - |
| Idioma: dc.language | pt_BR | - |
| Publicador: dc.publisher | Universidade Federal de Lavras | - |
| Publicador: dc.publisher | Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fitopatologia | - |
| Publicador: dc.publisher | UFLA | - |
| Publicador: dc.publisher | brasil | - |
| Publicador: dc.publisher | Departamento de Fitopatologia | - |
| Publicador: dc.publisher | Escola de Ciências Agrárias de Lavras (ESAL) | - |
| Direitos: dc.rights | restrictAccess | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Coffea arabica | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Pseudomonas syringae pv. garcae | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Pseudomonas syringae pv. tabaci | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Pseudomonas cichorii | - |
| Palavras-chave: dc.subject | rpoD gene | - |
| Palavras-chave: dc.subject | hrpS gene | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Ciências Agrárias | - |
| Título: dc.title | Detecção de espécies e patovares de pseudomonas causadoras de lesões foliares em cafeeiro empregando primers específicos | - |
| Tipo de arquivo: dc.type | dissertação | - |
| Aparece nas coleções: | Repositório Institucional da Universidade Federal de Lavras (RIUFLA) | |
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