Potential inhibitors targeting SARS-CoV-2 proteins probed by in silico methods

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Autor(es): dc.contributorCunha, Elaine Fontes Ferreira da-
Autor(es): dc.contributorRamalho, Teodorico de Castro-
Autor(es): dc.contributorTeixeira, Mauro Martins-
Autor(es): dc.contributorAlmeida, Katia Júlia de-
Autor(es): dc.contributorLeal, Daniel Henriques Soares-
Autor(es): dc.contributorLa Porta, Felipe de Almeida-
Autor(es): dc.creatorCastro, Alexandre Alves de-
Data de aceite: dc.date.accessioned2026-02-09T12:23:24Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2026-02-09T12:23:24Z-
Data de envio: dc.date.issued2021-07-05-
Data de envio: dc.date.issued2021-07-05-
Data de envio: dc.date.issued2021-07-05-
Data de envio: dc.date.issued2021-05-31-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://repositorio.ufla.br/handle/1/46650-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1160315-
Descrição: dc.descriptionIn late 2019, a new coronavirus was identified as the cause of a set of pneumonia cases in Wuhan, a city in China's Hubei province, later denominated COVID-19, which means coronavirus disease 2019. The virus that causes COVID-19 is called severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Important viral enzymes, such as the main protease (Mpro) and RNA polymerase (RdRp) are important therapeutic targets for the treatment of COVID-19. In this sense, this thesis aims to use computational approaches, which can effectively contribute to the discovery and rational development of new therapies, mainly through the drug repositioning. To carry out these works, we used several computational techniques, employing methods of quantum mechanics and molecular mechanics, to evaluate the interaction modes of the compounds in the active site of the molecular targets. Our quinoline oxide nitroderivative compounds showed to be good inhibitors of the viral enzyme Mpro, according to our theoretical results, being promising for further experimental studies. Our results also suggest that the drug combination is effective due to their increased functional properties, providing an innovative way to connect structural changes with electron transfer kinetics. Several repositioned drugs and derivatives were evaluated for their inhibitory properties, whose affinity results suggest that these compounds are potential inhibitors of Mpro and RdRp. Finally, the interaction modes of these drugs were also investigated, as well as the interaction modes of their fragments in the study of metabolism. These studies showed that these drugs can generate metabolite fragments with different reactivity and toxicity.-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionNo final de 2019, um novo coronavírus foi identificado como a causa de um conjunto de casos de pneumonia em Wuhan, uma cidade na província de Hubei, na China, sendo posteriormente denominada COVID-19, a qual significa doença de coronavírus 2019. O vírus que causa a COVID-19 é designado por coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2). Importantes enzimas virais, tais como a principal protease (Mpro) e a RNA polimerase (RdRp) são importantes alvos terapêuticos para o tratamento da COVID-19. Neste sentido, esta tese tem como objetivo o uso de abordagens computacionais, as quais podem efetivamente contribuir para a descoberta e desenvolvimento racional de novas terapias, principalmente através do reposicionamento de fármacos. Para a realização destes trabalhos, utilizamos diversas técnicas computacionais, empregando métodos da mecânica quântica e mecânica molecular, para avaliar os modos de interação dos compostos no sítio ativo dos alvos moleculares. Nossos compostos nitroderivados do óxido de quinolina mostraram-se bons inibidores da enzima viral Mpro, de acordo com nossos resultados teóricos, sendo promissores para posteriores estudos experimentais. Nossos resultados também sugerem que a combinação de medicamentos é efetiva devido ao aumento de suas propriedades funcionais, fornecendo uma maneira inovadora de conectar mudanças estruturais com a cinética de transferência eletrônica. Diversos fármacos reposicionados e derivados foram avaliados em relação às suas propriedades inibidoras, cujos resultados de afinidade sugerem que estes compostos são potenciais inibidores da Mpro e RdRp. Por fim, os modos de interação destes fármacos também foram investigados, bem como os modos de interação de seus fragmentos no estudo do metabolismo. Estes estudos mostraram que estes fármacos podem gerar fragmentos metabólitos de diferentes reatividades e toxicidade.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languageen-
Publicador: dc.publisherUniversidade Federal de Lavras-
Publicador: dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Agroquímica-
Publicador: dc.publisherUFLA-
Publicador: dc.publisherbrasil-
Publicador: dc.publisherDepartamento de Química-
Direitos: dc.rightsacesso aberto-
Palavras-chave: dc.subjectCOVID-19-
Palavras-chave: dc.subjectSars-CoV-2-
Palavras-chave: dc.subjectFarmacologia-
Palavras-chave: dc.subjectQuímica computacional-
Palavras-chave: dc.subjectReposicionamento de fármacos-
Palavras-chave: dc.subjectCoronavirus-
Palavras-chave: dc.subjectPharmacology-
Palavras-chave: dc.subjectComputational chemistry-
Palavras-chave: dc.subjectDrug repositioning-
Palavras-chave: dc.subjectQuímica-
Título: dc.titlePotential inhibitors targeting SARS-CoV-2 proteins probed by in silico methods-
Título: dc.titlePotenciais inibidores direcionados às proteínas do SARS-CoV-2 sondadas por métodos in silico-
Tipo de arquivo: dc.typetese-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da Universidade Federal de Lavras (RIUFLA)

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