Single-step genome-wide association study for carcass quality traits in angus beef cattle

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorMeirelles, Sarah Laguna Conceição-
Autor(es): dc.contributorMeirelles, Sarah Laguna Conceição-
Autor(es): dc.contributorStafuzza, Nedenia Bonvino-
Autor(es): dc.contributorBueno, Julio Silvio de Sousa-
Autor(es): dc.creatorPinto, Karine Daenquele Silva-
Data de aceite: dc.date.accessioned2026-02-09T11:18:49Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2026-02-09T11:18:49Z-
Data de envio: dc.date.issued2024-08-15-
Data de envio: dc.date.issued2024-08-15-
Data de envio: dc.date.issued2024-08-15-
Data de envio: dc.date.issued2024-03-27-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://repositorio.ufla.br/handle/1/59222-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1138211-
Descrição: dc.descriptionThe identification of genomic regions and genes that influence carcass quality traits is important for improving beef cattle selection. Within this context, the objective of this study was to identify genomic regions and putative candidate genes associated with the ribeye area (REA), marbling (MARB), backfat thickness (BFT) and rump fat thickness (RFT) in Angus beef cattle. The pedigree file contained data for 2,446 animals and a total of 1,391 animals were genotyped with the GGP Bovine 150K (Illumina). The single-step approach for genome-wide association study (ssGWAS) was performed to estimate the SNP effects and variances accounted by 10‐ SNP sliding windows. Confirming the polygenic nature of the studied traits, 23, 23, 22, and 31 genomic windows that explained more than 0.5% of the additive genetic variance were identified for REA, MARB, BFT and RFT, respectively. A total of 66, 56, 36, and 105 protein- coding genes were found in windows associated with REA, MARB, BFT and RFT, respectively. Several protein‐coding genes were identified within those genomic regions, such as SIRT6, CREB3L3, HNRNPH1, RUFY, EEF2, NMRK2, FDS1, CTNNA2, MAMSTR, PCCB, GALNT13, CTNNA3, EPHB2, PLA2G4E, APOD, RPL9, AGAP1, MFSD2A, FAM13A, DDHD1, CAST, CISD1, PLA2G1B, DROSHA, CDH6, FAM83A, SPHK2, and NEIL3 gene, according to its function. Functional enrichment analysis by DAVID tool also revealed several significant (p< 0.05) KEGG pathways and Gene Ontology terms such as glycerophospholipid catabolic process (GO:0046475), phospholipid catabolic process (GO:0009395) and lipid catabolic process (GO:0016042). These results contribute to improving the knowledge of the genetic architecture of carcass quality traits in Angus beef cattle and may contribute to genetic evaluations.-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionA identificação de regiões genômicas e genes que influenciam as características de qualidade da carcaça é importante para melhorar a seleção de bovinos de corte. Dentro deste contexto, o objetivo deste estudo foi identificar regiões genômicas e possíveis genes candidatos associados à área de olho de lombo (AOL), marmoreio (MARM), espessura de gordura subcutânea (EGS) e espessura de gordura na garupa (EGPS) em bovinos da raça Angus. O arquivo de pedigree continha dados de 2.446 animais sendo que um total de 1.391 animais foram genotipados com o GGP Bovine 150K (Illumina). O estudo de associação genômica ampla (ssGWAS) foi realizado para estimar os efeitos e variações dos SNPs contabilizados pelas janelas subjacentes de 10-SNPs. Foram identificadas 23, 23, 22 e 31 janelas genômicas que explicaram mais de 0,5% da variância genética aditiva para AOL, MARM, EGS e EGP8, respectivamente, o que confirma a natureza poligênica das características. Um total de 66, 56, 36 e 105 genes codificadores de proteínas foram encontrados em janelas associadas a AOL, MARM, EGS e EGP8, respectivamente. Vários genes codificadores de proteínas foram identificados nessas regiões genômicas, como SIRT6, CREB3L3, HNRNPH1, RUFY, EEF2, NMRK2, FDS1, CTNNA2, MAMSTR, PCCB, GALNT13, CTNNA3, EPHB2, PLA2G4E, APOD, RPL9, AGAP1, MFSD2A, FAM13A, DDHD1, CAST, CISD1, PLA2G1B, DROSHA, CDH6, FAM83A, SPHK2 e NEIL3, os quais foram destacados de acordo com suas funções. A análise de enriquecimento funcional foi realizada com a ferramenta DAVID também revelou várias vias metabólicas KEGG significativas (p<0,05) e termos Ontologia Gênica, como a ligação específica à sequência da região reguladora da transcrição da RNA polimerase II (GO:0001228), processo catabólico de glicerofosfolipídeo (GO:0046475), processo catabólico de fosfolipídio (GO:0009395) e processo catabólico lipídico (GO:0016042). Estes resultados contribuem para melhorar o conhecimento da arquitetura genética das características de qualidade de carcaça em bovinos de corte Angus e podem contribuir para avaliações genéticas.-
Descrição: dc.descriptionEconômicos-
Descrição: dc.descriptionTecnologia e produção-
Descrição: dc.descriptionODS 2: Fome zero e agricultura sustentável-
Descrição: dc.descriptionODS 8: Trabalho decente e crescimento econômico-
Descrição: dc.descriptionODS 12: Consumo e produção responsáveis-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Publicador: dc.publisherUniversidade Federal de Lavras-
Publicador: dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Zootecnia-
Publicador: dc.publisherUFLA-
Publicador: dc.publisherbrasil-
Publicador: dc.publisherFaculdade de Zootecnia e Medicina Veterinária – FZMV-
Direitos: dc.rightsAttribution 4.0 International-
Direitos: dc.rightsAttribution 4.0 International-
Direitos: dc.rightsrestrictAccess-
Direitos: dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/-
Direitos: dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/-
Palavras-chave: dc.subjectÁrea de olho de lombo-
Palavras-chave: dc.subjectBos taurus taurus-
Palavras-chave: dc.subjectEspessura de gordura na garupa-
Palavras-chave: dc.subjectAvaliação de carcaça-
Palavras-chave: dc.subjectEspessura de gordura subcutânea-
Palavras-chave: dc.subjectMarmoreiro-
Palavras-chave: dc.subjectBackfat thickness-
Palavras-chave: dc.subjectMarbling-
Palavras-chave: dc.subjectRibeye area-
Palavras-chave: dc.subjectRump fat thickness-
Palavras-chave: dc.subjectZootecnia-
Título: dc.titleSingle-step genome-wide association study for carcass quality traits in angus beef cattle-
Título: dc.titleAssociação genômica ampla aplicada à caracteristicas de qualidade da carcaça em bovinos da raça angus-
Tipo de arquivo: dc.typedissertação-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da Universidade Federal de Lavras (RIUFLA)

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