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| Metadados | Descrição | Idioma |
|---|---|---|
| Autor(es): dc.creator | Freitas, Matheus Puggina de | - |
| Autor(es): dc.creator | Ramalho, Teodorico de Castro | - |
| Data de aceite: dc.date.accessioned | 2026-02-09T11:12:54Z | - |
| Data de disponibilização: dc.date.available | 2026-02-09T11:12:54Z | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2020-05-24 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2020-05-24 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2013-12 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | https://repositorio.ufla.br/handle/1/41172 | - |
| Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1136106 | - |
| Descrição: dc.description | A common practice to compute ligand conformations of compounds with various degrees of freedom to be used in molecular modeling (QSAR and docking studies) is to perform a conformational distribution based on repeated random sampling, such as Monte-Carlo methods. Further calculations are often required. This short review describes some methods used for conformational analysis and the implications of using selected conformations in QSAR. A case study is developed for 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D), a widely used herbicide which binds to TIR1 ubiquitin ligase enzyme. The use of such an approach and semi-empirical calculations did not achieve all possible minima for 2,4-D. In addition, the conformations and respective energies obtained by the semi-empirical AM1 method do not match the calculated trends obtained by a high level DFT method. Similar findings were obtained for the carboxylate anion, which is the bioactive form. Finally, the crystal bioactive structure of 2,4-D was not found as a minimum when using Monte-Carlo/AM1 and is similarly populated with another conformer in implicit water solution according to optimization at the B3LYP/aug-cc-pVDZ level. Therefore, quantitative structure-activity relationship (QSAR) methods based on three dimensional chemical structures are not fundamental to provide predictive models for 2,4-D congeners as TIR1 ubiquitin ligase ligands, since they do not necessarily reflect the bioactive conformation of this molecule. This probably extends to other systems. | - |
| Descrição: dc.description | Uma prática comum para determinar a conformação de ligantes em compostos com vários graus de liberdade a serem utilizados em modelagem molecular (QSAR e estudos de ancoramento molecular) é realizar uma distribuição conformacional baseada em repetidas amostragens aleatórias, tais como o método Monte Carlo. Cálculos adicionais são frequentemente necessários. Esta rápida revisão descreve alguns métodos usados para análise conformacional e as implicações ao usarem algumas conformações selecionadas em QSAR. Um estudo de caso foi desenvolvido para o ácido 2,4-diclorofenóxi acético (2,4-D), um herbicida amplamente usado que se liga à enzima TIR1 ubiquitina ligase. O uso de tal aproximação e cálculos semi-empíricos não alcançou todos os mínimos possíveis para o 2,4-D. Além disso, as conformações e respectivas energias obtidas pelo método semi-empírico AM1 não concordam com as tendências calculadas em nível DFT. Resultados similares foram obtidos para o ânion carboxilato, que é a forma bioativa do 2,4-D. Finalmente, a estrutura cristalina e bioativa do 2,4-D não foi encontrada como um mínimo de energia usando MonteCarlo/AM1 e, de acordo com otimização em nível B3LYP/aug-cc-pVDZ, tem população similar ao outro confôrmero em solução aquosa implícita. Portanto, métodos para relação quantitativa entre estrutura e atividade (QSAR) baseados na estrutura química tridimensional não são fundamentais para fornecer modelos preditivos para congêneres do 2,4-D como ligantes da enzima TIR1 ubiquitina ligase, uma vez que essas estruturas não correspondem, necessariamente, à conformação bioativa dessa molécula. Esse resultado provavelmente se estende a outros sistemas. | - |
| Formato: dc.format | application/pdf | - |
| Idioma: dc.language | en | - |
| Publicador: dc.publisher | Editora UFLA (Editora da Universidade Federal de Lavras) | - |
| Direitos: dc.rights | acesso aberto | - |
| Direitos: dc.rights | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | - |
| Direitos: dc.rights | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | - |
| ???dc.source???: dc.source | Ciência e Agrotecnologia | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Structural analysis | - |
| Palavras-chave: dc.subject | 2,4-dichlorophenoxyacetic acid | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Theoretical calculation | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Análise estrutural | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Ácido 2,4-diclorofenóxi acético | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Cálculo teórico | - |
| Título: dc.title | Employing conformational analysis in the molecular modeling of agrochemicals: insights on QSAR parameters of 2,4-D | - |
| Título: dc.title | Empregando análise conformacional na modelagem molecular de agroquímicos: observações sobre parâmetros QSAR do 2,4-D | - |
| Tipo de arquivo: dc.type | Artigo | - |
| Aparece nas coleções: | Repositório Institucional da Universidade Federal de Lavras (RIUFLA) | |
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