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Informatividade filogenética de marcadores para identificação de espécies de Septoria : estudo de caso em Asteraceae e Ericaceae
Use este link compartilhar ou citar este material: http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1122749
Registro completo de metadados
| Metadados | Descrição | Idioma |
|---|---|---|
| Autor(es): dc.contributor | Pinho, Danilo Batista | - |
| Autor(es): dc.creator | Queiroz Júnior, Clemildo de Sousa | - |
| Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-09-01T12:47:02Z | - |
| Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-09-01T12:47:02Z | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2025-08-07 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2025-08-07 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2025-08-07 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2025-02-28 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | http://repositorio.unb.br/handle/10482/52384 | - |
| Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1122749 | - |
| Descrição: dc.description | Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2025. | - |
| Descrição: dc.description | Septoria é um fungo fitopatogênico que causa manchas foliares em diversas espécies de plantas. Inicialmente, a identificação era baseada em características morfológicas e na especificidade do hospedeiro. No entanto, análises filogenéticas revelaram a presença de espécies crípticas e uma menor especificidade quanto ao hospedeiro. Embora sete regiões genômicas sejam amplamente utilizadas para identificação precisa, não há consenso sobre sua real necessidade, e a falta de padronização entre estudos dificulta a comparação entre isolados, aumentando custos e exigindo mais amostras para análise. Este estudo teve como objetivo identificar novas espécies e hospedeiros de Septoria, além de avaliar o sinal filogenético de sete regiões genômicas para a delimitação de espécies. Os isolados foram obtidos de manchas foliares de cinco espécies de plantas (Acanthospermum hispidum, Conyza canadensis, Crepis japonica, Rhododendron simsii e Vernonia polysphaera) coletadas nos estados do Ceará, Goiás, Pernambuco, Paraná, Rio de Janeiro, Santa Catarina, São Paulo e no Distrito Federal. As regiões genômicas actina (act), calmodulina (cmda), β-tubulina (tub2), espaçador interno transcrito do RNA ribossômico (ITS), fator de elongação 1-alpha (tef1), 28S nrDNA (LSU) e subunidade maior da RNA polymerase II (rpb2) foram sequenciadas para análises multilocus de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana, a identificação de espécies foi feita seguindo o critério do reconhecimento de espécies filogenéticas por concordância genealógica (GCPSR). A avaliação da informatividade genética das sete regiões genômicas foi feita utilizando uma abordagem integrada utilizando o PhyDesign e valores de Barcode gap distance e Inter/intra overlap distance. O “Fator de Concordância” foi utilizado para a verificar proporção de regiões genômicas que apoiam consistentemente um clado na comparação entre árvores utilizando todos os genes e a árvore utilizando apenas os genes mais informativos. Entre os 27 isolados obtidos de plantas pertencentes as famílias Asteraceae e Ericaceae, apenas S. crepidis foi encontrada na mesma hospedeira previamente relatada no Brasil. A espécie S. siegesbeckiae foi relatada pela primeira vez em Acanthospermum hispidum (Asteraceae). Adicionalmente, este estudo propõe uma nova espécie associada com Conyza canadensis e a caracterização molecular de S. cf. vernoniae associada com Vernonia polysphaera. A análise de informatividade filogenética indicou que as regiões genômicas tef1, cmda e tub2 são as mais eficazes para a identificação de espécies dentro do gênero Septoria. Além disso, se observa um aumento na concordância dos clados bem suportados quando apenas os genes mais informativos são utilizados. Portanto, o sequenciamento dessas regiões é suficiente para a identificação acurada de espécies, enquanto os demais marcadores devem ser empregados na descrição de novas espécies. Esses resultados reforçam a importância da integração de abordagens morfológicas e moleculares para uma classificação mais precisa e padronizada do gênero. | - |
| Descrição: dc.description | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). | - |
| Descrição: dc.description | Septoria is a phytopathogenic fungus that causes leaf spots in a variety of plant species. Initially, identification was based on morphological characteristics and host specificity. However, phylogenetic analyses have revealed the existence of cryptic species and a reduced host specificity. Although seven genomic regions are widely utilized for accurate species identification, there is no consensus regarding their actual necessity, and the lack of standardization between studies complicates the comparison of isolates, increasing costs and requiring additional samples for analysis. This study aimed to identify new species and hosts of Septoria and to evaluate the phylogenetic signal of seven genomic regions for species delimitation. Isolates were obtained from leaf spots of five plant species (Acanthospermum hispidum, Conyza canadensis, Crepis japonica, Rhododendron simsii, and Vernonia polysphaera) collected from the states of Ceará, Goiás, Pernambuco, Paraná, Rio de Janeiro, Santa Catarina, São Paulo, and the Federal District. The genomic regions actin (act), calmodulin (cmda), β-tubulin (tub2), nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS), elongation factor 1-alpha (tef1), 28S nrDNA (LSU), and the largest subunit of RNA polymerase II (rpb2) were sequenced for multilocus Maximum Likelihood and Bayesian Inference analyses. Species identification followed the criterion of phylogenetic species recognition through genealogical concordance (GCPSR). Genetic informativeness of the seven genomic regions was assessed using an integrated approach, including Barcode gap distance, Inter/intra overlap distance and PhyDesign, while the "Concordance Factor" was used to determine the proportion of genomic regions consistently supporting a clade in comparisons between trees constructed with all genes versus those using only the most informative genes. Among 27 isolates obtained from plants belonging to the Asteraceae and Ericaceae families, only S. crepidis was found on the same host previously reported in Brazil. The species S. siegesbeckiae was first recorded on Acanthospermum hispidum (Asteraceae). Additionally, this study proposes a new species associated with Conyza canadensis and provides the molecular characterization of S. cf. vernoniae associated with Vernonia polysphaera. Phylogenetic informativeness analysis showed that the genomic regions tef1, cmda, and tub2 are the most effective for species identification within the genus Septoria, with an increase in the concordance of well-supported clades when only the most informative genes were used. Therefore, sequencing these regions is sufficient for accurate species identification, while the other markers should mainly be used for the description of new species. These results emphasize the importance of integrating both morphological and molecular approaches for a more accurate and standardized classification of the genus. | - |
| Descrição: dc.description | Instituto de Ciências Biológicas (IB) | - |
| Descrição: dc.description | Departamento de Fitopatologia (IB FIT) | - |
| Descrição: dc.description | Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia | - |
| Formato: dc.format | application/pdf | - |
| Idioma: dc.language | en | - |
| Direitos: dc.rights | Acesso Aberto | - |
| Direitos: dc.rights | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data. | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Fungos fitopatogênicos | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Análise filogenética | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Taxonomia | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Plantas - doenças e pragas | - |
| Título: dc.title | Informatividade filogenética de marcadores para identificação de espécies de Septoria : estudo de caso em Asteraceae e Ericaceae | - |
| Título: dc.title | Phylogenetic informativeness of markers for Septoria species identification : Asteraceae and Ericaceae as a case study | - |
| Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
| Aparece nas coleções: | Repositório Institucional – UNB - Rep. 1 | |
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