Pipeline para extração automática de genes associados à PGPR: um estudo de caso de bactérias do gênero bacillus

Registro completo de metadados
MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorSanches, Danilo Sipoli-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6377657274398145-
Autor(es): dc.contributorOliveira Junior, Admilton Gonçalves de-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/0212864823556099-
Autor(es): dc.contributorSanches, Danilo Sipoli-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6377657274398145-
Autor(es): dc.contributorLizzi, Elisangela Aparecida da Silva-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/8487600124864253-
Autor(es): dc.contributorBressan, Glaucia Maria-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/2648513655629475-
Autor(es): dc.creatorSilva, Beatriz Aparecida Leopoldino da-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-29T12:18:20Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-29T12:18:20Z-
Data de envio: dc.date.issued2023-11-30-
Data de envio: dc.date.issued2023-11-30-
Data de envio: dc.date.issued2023-08-18-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32980-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1092835-
Descrição: dc.descriptionThe utilization of Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR) has evolved into a sustainable solution for phytopathogen control and increased agricultural productivity in recent decades. There is an evident surge in research in this field, resulting in a growing number of new findings. In this study, a pipeline has been proposed to establish a gene database related to PGPR. This is achieved through the use of Python scripts utilizing the functionalities of the Biopython package and the BLAST+ software. These tools aid in future classifications, by machine learning algorithms, of new strains of plant growth-promoting rhizobacteria. Through alignments of amino acid sequences using the BLAST tool, the presence of genes encompassed in the proposed database is analyzed within genomes of Bacillus genus rhizobacteria, as classified as PGPR in the literature. onsequently, the findings are deliberated upon, and potential new approaches for future research are discussed.-
Descrição: dc.descriptionA utilização de rizobactérias promotoras de crescimento em plantas (PGPR, do inglês “Plant Growth-Promoting Rizobacteria”) tornou-se uma solução sustentável para o controle de fitopatógenos e aumento da rodutividade agrícola nas últimas décadas. Cada vez mais, é perceptível o aumento na quantidade de pesquisas nesta área e, consequentemente, também no número de novos resultados obtidos. Nesta pesquisa, foi proposto um pipeline para criar um banco de dados de genes que estão relacionados à PGPR, utilizando scripts na linguagem de programação Python com as funções do pacote Biopython e também com o software BLAST+, para auxiliar em futuras classificações, por algoritmos de aprendizado de máquina, de novas cepas de rizobactérias promotoras de crescimento em plantas. Por meio de alinhamentos de sequências de minoácidos, utilizando a ferramenta BLAST, analisa-se a presença dos genes englobados no banco de dados proposto, em genomas de rizobactérias do gênero Bacillus, classificadas pela literatura como PGPR. Com isso, é discutido o resultado encontrado e novas possíveis abordagens para pesquisas futuras.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Publicador: dc.publisherUniversidade Tecnológica Federal do Paraná-
Publicador: dc.publisherCornelio Procopio-
Publicador: dc.publisherBrasil-
Publicador: dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Bioinformática-
Publicador: dc.publisherUTFPR-
Direitos: dc.rightsopenAccess-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformática-
Palavras-chave: dc.subjectPlantas - Análise-
Palavras-chave: dc.subjectBactérias - Identificação-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformatics-
Palavras-chave: dc.subjectPlants - Analysis-
Palavras-chave: dc.subjectBacteria - Identification-
Palavras-chave: dc.subjectCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS-
Palavras-chave: dc.subjectEngenharia/Tecnologia/Gestão-
Título: dc.titlePipeline para extração automática de genes associados à PGPR: um estudo de caso de bactérias do gênero bacillus-
Título: dc.titlePipeline for automatic extraction of genes associated with PGPR: a case study of bacillus bacteria-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositorio Institucional da UTFPR - RIUT

Não existem arquivos associados a este item.