Análise em larga escala de elementos transponíveis em genomas de peixes

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Autor(es): dc.contributorPaschoal, Alexandre Rossi-
Autor(es): dc.contributorhttps://orcid.org/0000-0002-8887-0582-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5834088144837137-
Autor(es): dc.contributorBoas, Laurival Antonio Vilas-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6053806923630324-
Autor(es): dc.contributorPaschoal, Alexandre Rossi-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5834088144837137-
Autor(es): dc.contributorPinhal, Danillo-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/4860817175728682-
Autor(es): dc.contributorVicente, Fabio Fernandes da Rocha-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5799700325728628-
Autor(es): dc.contributorBoas, Laurival Antonio Vilas-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6053806923630324-
Autor(es): dc.contributorMartins, Marcella Scoczynski Ribeiro-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5212122361603572-
Autor(es): dc.creatorRudnik, Lorena Maria-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-29T12:00:35Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-29T12:00:35Z-
Data de envio: dc.date.issued2023-11-30-
Data de envio: dc.date.issued2025-02-19-
Data de envio: dc.date.issued2023-11-30-
Data de envio: dc.date.issued2023-08-21-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32986-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1087304-
Descrição: dc.descriptionTransposable elements (TE) have been widely studied due to their diversity and abundance in the genomes of various species, and their impact on genomic variability and functional role. The presence of TEs in fish may also have implications for the conservation and management of threatened species, as these elements can affect the genomic stability and general health of animals. Even though we are in the era of massive data, quality and large-scale information on ET in fish is poor, whether due to quantity or data curation. In this sense, in order to fill this gap, this research aims to analyze the large-scale annotation of transposable elements in 168 complete fish genomes. To achieve this objective, a pipeline was created with different approaches to cover different strategies for annotating elements. The results obtained in this study provide important information for functional and evolutionary studies of the role of TEs in fish. With the bibliographic review we obtained answers from tools and databases used in research on the same theme. With the workflow created, using three tools, and comparing with the FISHTEDB database and Hilsdorf's research, we found a total of 107,866 elements in 168 species of fish. It is important to highlight that the work was supported by NAPI Bioinformatics via Fundação Araucária through agreement 66/2021.-
Descrição: dc.descriptionFundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná-
Descrição: dc.descriptionOs elementos transponíveis (TE) têm sido amplamente estudados devido à sua diversidade e abundância nos genomas de várias espécies, e seu impacto na variabilidade genômica e papel funcional. A presença dos TEs em peixes também pode ter implicações para a conservação e manejo de espécies ameaçadas, uma vez que esses elementos podem afetar a estabilidade genômica e a saúde geral dos animais. Ainda que estejamos na era da grande massa de dados, a informação de qualidade e em larga-escala de TE em peixes é pobre, seja pela quantidade ou curadoria dos dados. Nesse sentido, de modo a preencher esta lacuna, esta pesquisa tem como objetivo a análise da anotação em larga escala dos elementos transponíveis em 168 genomas completos de peixes. Para atingir este objetivo, foi criado um pipeline com abordagens distintas de modo a cobrir estratégias diferentes para anotação dos elementos. Os resultados obtidos neste estudo fornecem informações importantes para estudos funcionais e evolutivos do papel dos TEs nos peixes. Com a revisão bibliográfica obtivemos respostas de ferramentas e banco de dados utilizados nas pesquisas com a mesma temática. Com o fluxo de trabalho criado, utilizando três ferramentas, e tendo comparação com banco de dados FISHTEDB e a pesquisa de Hilsdorf, encontramos ao total 107.866 elementos em 168 espécies de peixes. Importante ressaltar que o trabalho contou com o apoio da NAPI Bioinformática via Fundação Araucária por meio do convênio 66/2021.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Publicador: dc.publisherUniversidade Tecnológica Federal do Paraná-
Publicador: dc.publisherCornelio Procopio-
Publicador: dc.publisherBrasil-
Publicador: dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Bioinformática-
Publicador: dc.publisherUTFPR-
Direitos: dc.rightsembargoedAccess-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformática-
Palavras-chave: dc.subjectGenoma-
Palavras-chave: dc.subjectPeixes - Fisiologia-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformatics-
Palavras-chave: dc.subjectGenomes-
Palavras-chave: dc.subjectFishes - Physiology-
Palavras-chave: dc.subjectCNPQ::CIENCIAS SOCIAIS APLICADAS-
Palavras-chave: dc.subjectEngenharia/Tecnologia/Gestão-
Título: dc.titleAnálise em larga escala de elementos transponíveis em genomas de peixes-
Título: dc.titleLarge-scale analysis of transposable elements in fish genomes-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositorio Institucional da UTFPR - RIUT

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