Desenvolvimento de pipeline para análise de amplicons

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Autor(es): dc.contributorKashiwabara, André Yoshiaki-
Autor(es): dc.contributorKashiwabara, André Yoshiaki-
Autor(es): dc.contributorPaschoal, Alexandre Rossi-
Autor(es): dc.contributorVicente, Fábio Fernandes da Rocha-
Autor(es): dc.creatorBini, Aline Mara Rudsit-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-29T12:00:34Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-29T12:00:34Z-
Data de envio: dc.date.issued2025-04-16-
Data de envio: dc.date.issued2025-04-16-
Data de envio: dc.date.issued2021-05-11-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/36550-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1087303-
Descrição: dc.descriptionThe application of computational tools in the field of molecular biology began in the last century, however it was in the 21st century that its high momentum came about. This is mainly due to the increase in data available for analysis, coming from the New Generation Sequencing (NGS), which made genomic sequencing cheaper and more efficient. In 2011, the annual global sequencing capacity reached 13 quadrillion nitrogen bases. Amid so much data generated, it is necessary to develop technological applications to extract useful information to be applied in research. In this work, a pipeline was developed to analyze amplicons based on an existing project. The code was refactored in order to make it scalable and portable, thus contributing to the bioinformatics community. For this, modern and well-respected tools were used to manipulate the pipeline, containerization, versioning and sharing: Nextflow, Docker and GitHub.-
Descrição: dc.descriptionA aplicação de ferramentas computacionais na área da biologia molecular teve seu início no século passado, entretanto foi no século 21 que sucedeu seu elevado impulsionamento. Isto se deve principalmente ao aumento de dados disponíveis para análise, provindos do Sequenciamento de Nova Geração (NGS), o qual tornou mais barato e eficiente o sequenciamento genômico. No ano de 2011, a capacidade global anual de sequenciamento chegou a 13 quadrilhões de bases nitrogenadas. Em meio a tantos dados gerados, torna-se necessário o desenvolvimento de aplicações tecnológicas para extrair informações úteis a serem aplicadas em pesquisas. Neste trabalho, foi desenvolvido um pipeline para análise de amplicons baseado em um projeto já existente. O código foi refatorado a fim de torná-lo escalonável e portátil, contribuindo assim para a comunidade de bioinformática. Para isto, foram utilizadas ferramentas modernas e bem conceituadas para manipulação do pipeline, conteinerização, versionamento e compartilhamento: Nextflow, Docker e GitHub.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Publicador: dc.publisherUniversidade Tecnológica Federal do Paraná-
Publicador: dc.publisherCornelio Procopio-
Publicador: dc.publisherBrasil-
Publicador: dc.publisherEngenharia da Computação-
Publicador: dc.publisherUTFPR-
Direitos: dc.rightsopenAccess-
Direitos: dc.rightsAttribution-NonCommercial 4.0 International-
Direitos: dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformática-
Palavras-chave: dc.subjectSoja-
Palavras-chave: dc.subjectGenética vegetal-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformatics-
Palavras-chave: dc.subjectSoybean-
Palavras-chave: dc.subjectPlant genetics-
Palavras-chave: dc.subjectCNPQ::ENGENHARIAS-
Título: dc.titleDesenvolvimento de pipeline para análise de amplicons-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositorio Institucional da UTFPR - RIUT

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