Caracterização e análise por Sequenciamento de Genoma Completo (WGS) de Salmonella spp. em carcaças e cortes de frango de diferentes regiões do Brasil

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorPereira, Virginia Léo de Almeida-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/0129521821359619-
Autor(es): dc.contributorMedeiros, Luciana dos Santos-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/0129521821359619-
Autor(es): dc.contributorSilva, Rita de Cássia Figueira-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/1503233405393869-
Autor(es): dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/7176510394368576-
Autor(es): dc.creatorFigueira, Arthur de Almeida-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T20:14:55Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T20:14:55Z-
Data de envio: dc.date.issued2025-07-24-
Data de envio: dc.date.issued2025-07-24-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://app.uff.br/riuff/handle/1/39468-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1057522-
Descrição: dc.descriptionSalmonella enterica é um agente bacteriano, geralmente veiculado por alimentos, causador de doenças intestinais e que ocasionalmente pode desencadear doenças sistêmicas. No Brasil, alguns sorovares podem ser encontrados em carne de frango e produtos avícolas, a exemplo de S. Heidelberg e S. Saintpaul. Neste sentido, realizar o estudo do genoma pela técnica de Whole Genome Sequencing (WGS) é importante para o melhor entendimento da epidemiologia do agente etiológico, da infecção e da doença considerando as estirpes locais. O objetivo deste trabalho foi caracterizar o genoma de cepas de Salmonella spp. isoladas de carcaças de frango no Brasil em relação ao perfil de resistência e virulência, em dois experimentos. No primeiro, o objetivo foi investigar a ocorrência genética da resistência à colistina em uma cepa de Salmonella Saintpaul que abrigava os genes blaCTX-M2 e mcr-9.1, obtida de uma carcaça de frango de um matadouro sob inspeção federal no estado de São Paulo, Brasil. A resistência antimicrobiana foi avaliada por meio da técnica de difusão em disco e concentração inibitória mínima. A cepa foi sequenciada usando a tecnologia Miseq. O genoma foi montado e anotado na plataforma Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center Resistance. Genes de resistência, mutações cromossômicas, MLST, pMLST e genes de virulência foram determinados pelos serviços do banco de dados do Center for Genomic Epidemiology (CGE). A cepa apresentou resistência preditiva à Ampicilina, Amoxicilina+clavulanato, Cefalexina, Cefalotina, Ceftazidima, Cefotaxima, Ceftiofur, Cefepima, Aztreonam, Gentamicina, Sulfonamida e demonstrou resistência intermediária preditiva à Ciprofloxacina e Enrofloxacina. Os genes de resistência antimicrobiana blaCTX-M-2, mcr-9.1, sul1, aac(3)-Via e o gene qacE para resistência a compostos de amônio quaternário foram identificados. Mutações em parC também foram identificadas nas posições T255S, N395S, S469A e A620T. Um plasmídeo IncHI2A, pertencente ao pMLST 16, também foi detectado. Na segunda etapa, o objetivo foi caracterizar a resistência fenotípica e sequenciar o genoma completo de estirpes de Salmonella Heidelberg isoladas de produtos avícolas no Brasil, a partir de 14 cepas oriundas de carcaças de frangos, entre os anos de 2013 e 2019. A confirmação do gênero ocorreu por teste de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e foi realizado o teste de difusão em disco para verificar a susceptibilidade das cepas. O WGS foi realizado para investigar a presença de genes de resistência antimicrobiana, plasmídeos, tipagem multilocus e virulência. Foi detectada uma alta frequência de resistência às cefalosporinas, tetraciclinas e sulfonamidas. Todas as cepas possuíam mutações em gyrA e parC, além da presença dos genes tet(A), fosA7 e sul. Também foi detectada a presença de genes da ilha de patogenicidade de Yersinia. A presença de S. Heidelberg multirresistente e virulenta em produtos avícolas não apenas representa um risco à saúde do consumidor, mas também enfatiza a necessidade de maior vigilância e medidas de controle. Ademais, este é o primeiro relato de Salmonella Saintpaul possuindo os genes CTXM-2 e mcr- 9.1 no Brasil. Essa descoberta proporciona uma compreensão mais aprofundada dos determinantes de resistência antimicrobiana e para futuros estudos sobre a genômica de Salmonella.-
Descrição: dc.descriptionFundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro-
Descrição: dc.descriptionSalmonella enterica is a bacterial agent, often transmitted through food, causing intestinal diseases and occasionally leading to systemic illnesses. In Brazil, certain serovars can be found in poultry and poultry products, such as S. Heidelberg and S. Saintpaul. To comprehend the spread of this microorganism within the poultry environment and its derived products, which may pose risks to human health, conducting Whole Genome Sequencing (WGS) studies is of crucial importance for a better understanding of the etiological agent's epidemiology, infection, and disease. The aim of this work was to characterize the genome of Salmonella spp. strains isolated from chicken carcasses in Brazil regarding their resistance and virulence profiles, in two experiments. In the first experiment, the genetic occurrence of colistin resistance in a Salmonella Saintpaul strain harboring the blaCTX-M2 and mcr-9.1 genes was investigated. This strain was obtained from a chicken carcass in a federally inspected slaughterhouse in the state of São Paulo, Brazil. Antimicrobial resistance was assessed using the disk diffusion technique. The strain was sequenced using Miseq technology. The genome was assembled and annotated on the Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center platform. Resistance genes, chromosomal mutations, MLST, pMLST, and virulence genes were determined through the services of the Center for Genomic Epidemiology (CGE) database. The strain exhibited resistance to Ampicillin, Amoxicillin+clavulanate, Cephalexin, Cephalothin, Ceftazidime, Cefotaxime, Ceftiofur, Cefepime, Aztreonam, Gentamicin, Sulfonamide, and demonstrated intermediate resistance to Ciprofloxacin and Enrofloxacin. Antimicrobial resistance genes blaCTX-M-2, mcr-9.1, sul1, aac(3)-Via, and the qacE gene for quaternary ammonium compound resistance were identified. Mutations in parC were also detected at positions T255S, N395S, S469A, and A620T. An IncHI2A plasmid, belonging to pMLST 16, was also detected. In the second experiment, the goal was to characterize the phenotypic resistance and fully sequence the genomes of Salmonella Heidelberg strains isolated from poultry products in Brazil. This study involved 14 strains originating from chicken carcasses between 2013 and 2019. Confirmation of the genus occurred through Polymerase Chain Reaction (PCR) testing, and disk diffusion testing was conducted to verify strain susceptibility. WGS was carried out to investigate the presence of antimicrobial resistance genes, plasmids, multilocus typing, and virulence. A high frequency of resistance to cephalosporins, tetracyclines, and sulfonamides was detected. All strains possessed mutations in gyrA and parC, in addition to the presence of tet(A), fosA7, and sul genes. Genes from Yersinia pathogenicity islands were also identified. The presence of multidrug-resistant and virulent S. Heidelberg in poultry products not only poses a risk to consumer health but also emphasizes the need for increased surveillance and control measures. Furthermore, this represents the first report of Salmonella Saintpaul co-harboring the CTXM-2 and mcr-9.1 genes in Brazil. This discovery provides a deeper understanding of antimicrobial resistance determinants and serves as a valuable resource for future studies on Salmonella genomics.-
Descrição: dc.description61 f.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languagept_BR-
Direitos: dc.rightsOpen Access-
Direitos: dc.rightsCC-BY-SA-
Palavras-chave: dc.subjectSalmonella-
Palavras-chave: dc.subjectResistência antimicrobiana-
Palavras-chave: dc.subjectGenotipagem-
Palavras-chave: dc.subjectSequenciamento de genoma-
Palavras-chave: dc.subjectSalmonella-
Palavras-chave: dc.subjectFrango de corte-
Palavras-chave: dc.subjectResistência microbiana a medicamento-
Palavras-chave: dc.subjectAnálise de sequência com séries de oligonucleotídeos-
Palavras-chave: dc.subjectSalmonella-
Palavras-chave: dc.subjectAntimicrobial resistance-
Palavras-chave: dc.subjectGenotyping-
Palavras-chave: dc.subjectGenome sequencing-
Título: dc.titleCaracterização e análise por Sequenciamento de Genoma Completo (WGS) de Salmonella spp. em carcaças e cortes de frango de diferentes regiões do Brasil-
Tipo de arquivo: dc.typeDissertação-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense - RiUFF

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