A gene based bacterial whole genome comparison toolkit.

Registro completo de metadados
MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.creatorDigiampietri, Luciano Antonio-
Autor(es): dc.creatorPereira, Vivian Mayumi Yamassak-
Autor(es): dc.creatorSantos Júnior, Geraldo Jose dos-
Autor(es): dc.creatorLeite, Giovani de Sousa-
Autor(es): dc.creatorWagner, Priscilla Koch-
Autor(es): dc.creatorMoreira, Leandro Marcio-
Autor(es): dc.creatorSantiago, Caio Rafael do Nascimento-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T15:19:40Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T15:19:40Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-04-07-
Data de envio: dc.date.issued2020-04-07-
Data de envio: dc.date.issued2019-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/12033-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://doi.org/10.22456/2175-2745.84814-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/capes/1010577-
Descrição: dc.descriptionMost of the computational biology analysis is made comparing genomic features. The nucleotide and amino acid sequence alignments are frequently used in gene function identification and genome comparison. Despite its widespread use, there are limitations in their analysis capabilities that need to be considered but are often overlooked or unknown by many researchers. This paper presents a gene based whole genome comparison toolkit which can be used not only as an alternative and more robust way to compare a set of whole genomes, but, also, to understand the tradeoff of the use of sequence local alignment in this kind of comparison. A study case was performed considering fifteen whole genomes of the Xanthomonas genus. The results were compared with the 16S rRNA-processing protein RimM phylogeny and some thresholds for the use of sequence alignments in this kind of analysis were discussed.-
Descrição: dc.descriptionGrande parte das analises realizadas na biologia computacional é feita comparando características genômicas. Os alinhamentos de nucleotídeos e de aminoácidos são frequentemente usados na identificação de funções gênicas e na comparação de genomas. Apesar de seu uso generalizado, há limitações em suas capacidades de analise que precisam ser consideradas, mas são frequentemente negligenciadas ou desconhecidas por muitos pesquisadores. Este artigo apresenta um conjunto de ferramentas de comparação de genomas completos baseado em genes que pode ser usado não somente como uma maneira alternativa e mais robusta de comparar um conjunto de genomas completos, mas também para entender as vantagens e desvantagens do uso do alinhamento local de sequencias neste tipo de comparação. Um estudo de caso foi realizado considerando quinze genomas completos do gênero Xanthomonas. Os resultados foram comparados com a filogenia produzida utilizando a proteína 16S rRNA-processing protein RimM e alguns limiares para o uso de alinhamentos de sequencias neste tipo de analise foram discutidos.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Idioma: dc.languageen-
Direitos: dc.rightsaberto-
Direitos: dc.rightsThis work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License. Fonte: o próprio artigo.-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformatics-
Palavras-chave: dc.subjectPhylogeny-
Palavras-chave: dc.subjectPangenome-
Palavras-chave: dc.subjectGenome visualization-
Título: dc.titleA gene based bacterial whole genome comparison toolkit.-
Título: dc.titleUm conjunto de ferramentas para a comparação de genomas completos de bactérias baseada em genes.-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - UFOP

Não existem arquivos associados a este item.