Montagem do genoma de Fonsecaea multimorphosa CBS 980.96T fungo isolado de abscesso cerebral felino

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Autor(es): dc.contributorSouza, Emanuel Maltempi de, 1964--
Autor(es): dc.contributorWeiss, Vinicius Almir, 1984--
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformática-
Autor(es): dc.creatorLeão, Aniele Carolina Ribas-
Data de aceite: dc.date.accessioned2019-08-21T23:53:44Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2019-08-21T23:53:44Z-
Data de envio: dc.date.issued2016-08-29-
Data de envio: dc.date.issued2016-08-29-
Data de envio: dc.date.issued2016-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/1884/43672-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/1884/43672-
Descrição: dc.descriptionOrientador : Prof. Dr. Emanuel Maltempi de Souza-
Descrição: dc.descriptionCoorientador : Prof. Dr. Vinicius Almir Weiss-
Descrição: dc.descriptionDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 28/04/2016-
Descrição: dc.descriptionInclui referências : f. 43-48-
Descrição: dc.descriptionResumo: Fonsecaea multimorphosa é uma levedura negra da ordem Chaetothyriales encontrado no meio ambiente e em animais. F. multimorphosa CBS 980.96T, em contraste com outras linhagem ambientais do Brasil, foi isolado de um abcesso cerebral felino na Austrália. Infecções cerebrais causadas por fungos filamentosos, causadas por F. multimorphosa são raras em animais, por esta razão destaca-se a importância de ter seu genoma sequenciado e estudado. O sequenciamento do genoma de F. multimorphosa CBS 980.96T foi realizado na plataforma Illumina MiSeq gerando ~7 milhões de pares de base. O montador SPAdes foi utilizado para a montagem do genoma e o software FGAP utilizado para o fechamento dos gaps. O draft do genoma resultou em 163 contigs que compreendem ~34Mbp e 52% de conteúdo GC. A anotação do genoma foi realizada utilizando o identificador de ORF GeneMarK que identificou 11.772 genes e os softwares RAFTS3 e InterProScan foram utilizados para pesquisa de sequências de similaridade. A sequência do DNA mitocondrial foi montada resultando em uma molécula circular de 27KB. O genoma mitocondrial é muito semelhante ao DNA mitocondrial das leveduras negras Fonsecaea pedrosoi CBS 271.37 e Exophiala dermatitidis NIH:UT8656. Palavras-chave: Fonsecaea. Leveduras negras. Genômica. Bioinformática.-
Descrição: dc.descriptionAbstract: Fonsecaea multimorphosa is a black yeast of the Chaetothyriales order found in the environment and animal hosts. F. multimorphosa CBS 980.96T, in contrast with other environmental strains from Brazil, was isolated from a cat brain abscess in Australia. Brain infections caused by filamentous fungi such the infection caused by F. multimorphosa are rare in animals. The unique characteristic of this strain justifies the sequencing of this genome. The genome sequencing of F. multimorphosa CBS 980.96T was performed in the Illumina MiSeq platform generating ~7 million of paired-end reads. The SPAdes assembler was used for the genome assembly and the FGAP software as a gap closure tool. The draft assembly was obtained resulting in 163 contigs that comprise ~34Mbp and 52% GC content. The genome annotation was performed using the gene finder software GeneMarK which identified 11.772 genes. RAFTS3 and InterProScan softwares were used for sequence similarity searches. The sequence of the mitochondrial DNA was also assembled producing a circular molecule of 27Kb. The mitochondrial genome is highly similar to the Fonsecaea pedrosoi CBS 271.37 and Exophiala dermatitidis NIH:UT8656. mtDNA. Key words: Fonsecaea. Black yeast. Genomic. Bioinformatics.-
Formato: dc.format48 f. : il. algumas color.-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Formato: dc.formatapplication/pdf-
Relação: dc.relationDisponível em formato digital-
Título: dc.titleMontagem do genoma de Fonsecaea multimorphosa CBS 980.96T fungo isolado de abscesso cerebral felino-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Rede Paraná Acervo

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