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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Silva, Adriano Barbosa da | - |
Autor(es): dc.contributor | Souza, Emanuel Maltempi de, 1964- | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformática | - |
Autor(es): dc.creator | Lopes, Katia de Paiva | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2019-08-22T00:36:29Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2019-08-22T00:36:29Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2014-05-05 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2014-05-05 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2012 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/1884/35029 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/1884/35029 | - |
Descrição: dc.description | Resumo: RNA-Seq é uma técnica que permite quantificar os níveis de expressão de uma forma muito mais precisa do que os métodos empregados anteriormente. Estudos que utilizaram esse método já alteraram a visão da extensão e da complexidade de transcriptomas eucarióticos. Portanto, para este trabalho, foram utilizadas plantas de arroz como organismo modelo, devido a sua importância global como cultura alimentar. Foram usadas sequências curtas de mRNA obtidas de plantas de arroz (Oryza sativa subs. japonica) inoculada ou não com a bactéria fixadora de nitrogênio Herbaspirillum seropedicae (Brusamarello-Santos et al., dados não publicados). As sequências foram separadas de acordo com as amostras sequenciadas: dois grupos correspondem às amostras de três e sete dias após inoculação, composta por 328.409.635 de sequências de RNA-Seq trimadas. Assim, foi possível reportar o número de TSS's (Transcriptional Start Sites) e os TSS's diferencialmente expressos. Além disso, transcritos montados foram comparados com as estruturas gênicas dos genes anotados na base de dados RAP-DB (transcritos idênticos ou splicing alternativo) ou sem anotação (como os transcritos novos). Um total de 202.770.984 (61,7%) reads mapearam no genoma do arroz: 216.980.165 (75,2%) são reads exônicas, e 71.493.386 (24,8%) mapearam em junções de éxons. Esses números totalizam 288.473.551 de reads alinhadas, evidenciando que 85.702.567 dessas mapeavam em mais de um lugar. Um total de 6.942 (16,4%) e 4.915 (11,6%) genes obtiveram cobertura nas bibliotecas CR3 e IR3; e 6.733 (15,9%) e 3.807 (9%) genes para as bibliotecas CR7 e IR7, respectivamente. Posteriormente, foi possível reportar o número total de genes mapeados, anotados, não-anotados e transcritos com splicing alternativo para o genoma total, realizando a análise até mesmo por cromossomos em separado. Finalmente, após o alinhamento com o BLAST, 691 (3,31%) transcritos não-anotados obtiveram match com as proteínas do banco de dados NR. Em análises futuras, o restante, 20.185 (96,7%) transcritos não-anotados poderão ser comparados com as regiões de microRNA conhecidas no genoma do arroz. Aqueles que não mapearem nessas regiões devem ser sujeitos a uma análise de predição de estrutura secundária, a fim de verificar quanto a possíveis novas moléculas de microRNA reguladoras presentes neste conjunto de dados. | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Palavras-chave: dc.subject | Teses | - |
Título: dc.title | Identificação de Splicing alternativo em sítios de início de transcrição de mRNAS de arroz utilizando dados de RNA-Seq. | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Rede Paraná Acervo |
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