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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Cruz, Leonardo Magalhaes | - |
Autor(es): dc.contributor | Raittz, Roberto Tadeu | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformática | - |
Autor(es): dc.creator | Cardoso, Rodrigo Luis Alves | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2019-08-22T00:04:09Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2019-08-22T00:04:09Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2012-10-10 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2012-10-10 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2012-10-10 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/1884/26020 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/1884/26020 | - |
Descrição: dc.description | Resumo: Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 é uma bactéria endofítica diazotrófica que causa a doença da estria mosqueada em algumas variedades suscetíveis de cana-deaçúcar. Nesse estudo, um total de 560.138 reads provenientes do GS-FLX 454 pyrosequencer (cobertura de 39x) e 22.985 reads Sanger (cobertura de 3,8x) foram obtidos e usados para montagem do genoma de Herbaspirillum rubrisubalbicans. A montagem de novo com os reads GS-FLX 454 produziu nove scaffolds, contendo 70 gaps, e 393 contigs que ficaram fora da montagem. Os scaffolds foram ordenados usando o genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1 como referência e o programa MUMmer 3.0. Sete scaffolds foram mapeados, um dos quais corresponde ao operon rRNA, e que está presente em número de três cópias no genoma de H. rubrisubalbicans, e um outro representa um cluster de genes de transporte de am noácidos que aparece duas vezes nesse genoma. Para o fechamento de gaps, os reads Sanger, scaffolds não mapeados, e contigs fora da montagem foram submetidos em conjunto ao visualizador de montagens Consed. Foram encontrados três tipos diferentes de integrase/transposase, as quais são responsáveis por 31 repetições no genoma de H. rubrisubalbicans, além de quarto genes relacionados à proteína VGR. Essas 35 regiões repetitivas foram resolvidas usando informação de reads pareados. O número de contigs foi reduzido para cinco, com tamanho médio de ~1,12Mb, montados num único scaffold of ~5,6 Mb com conteúdo G+C de 60,5%. | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Palavras-chave: dc.subject | Teses | - |
Palavras-chave: dc.subject | Genomas | - |
Palavras-chave: dc.subject | Bioinformática | - |
Palavras-chave: dc.subject | Bacterias | - |
Título: dc.title | Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Rede Paraná Acervo |
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