Montagem e análise preliminar do genoma de Bradyrhizobium elkanii 587 utilizando leituras de sequências de DNA curtas

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Autor(es): dc.contributorSouza, Emanuel Maltempi de, 1964--
Autor(es): dc.contributorOliveira, Lucas Ferrari de-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformática-
Autor(es): dc.creatorTieppo, Eduardo-
Data de aceite: dc.date.accessioned2019-08-21T23:44:44Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2019-08-21T23:44:44Z-
Data de envio: dc.date.issued2012-10-10-
Data de envio: dc.date.issued2012-10-10-
Data de envio: dc.date.issued2012-10-10-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/1884/25639-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/1884/25639-
Descrição: dc.descriptionResumo: A fixação biológica de nitrogênio é um processo essencial para a vida na Terra e é realizada apenas por procariotos. Entre os fixadores de nitrogênio, as bactérias da ordem Rhizobiales são capazes de formar simbiose com leguminosas utilizadas na alimentação humana e animal, como soja e feijão. Nesta associação, a bactéria sofre diferenciação para uma forma bacterióide e ocupa um órgão específico, chamado de nódulo, onde ocorre a fixação de nitrogênio fornecendo os nutrientes necessários à planta. Em termos econômicos, associação de soja e Bradyrhizobium é a mais importante deste tipo de simbiose, representando uma economia estimada para os agricultores brasileiros de cerca de 1,7 bilhão de dólares por ano. Neste estudo, foi obtida a sequência preliminar do genoma de Bradyrhizobium elkanii estirpe 587, utilizada como inoculante para soja no Brasil. Cerca de 6 milhões de leituras Illumina-Solexa, representando uma profundidade de cobertura entre 28x e 32x, foram montadas usando o montador Velvet. Além disso, aproximadamente 40 mil leituras Sanger (profundidade de cobertura entre 4x e 5x) foram montadas com o montador Phrap. Os scaffolds produzidos pelo montador Velvet foram alinhados utilizando o programa MUMmer e o genoma de Bradyrhizobium japonicum USDA 110 como referência. Finalmente, as falhas foram fechadas manualmente utilizando Consed. Palavras--
Formato: dc.formatapplication/pdf-
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Palavras-chave: dc.subjectTeses-
Palavras-chave: dc.subjectGenômica-
Palavras-chave: dc.subjectNitrogenio - Fixação-
Palavras-chave: dc.subjectDNA-
Palavras-chave: dc.subjectMapeamento genetico-
Palavras-chave: dc.subjectBradyrhizobium-
Palavras-chave: dc.subjectBioinformática-
Título: dc.titleMontagem e análise preliminar do genoma de Bradyrhizobium elkanii 587 utilizando leituras de sequências de DNA curtas-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Rede Paraná Acervo

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