De novo assembly and annotation of the pantranscriptome of Astyanax lacustris on the liver and pituitary-gonadal axis

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade de Mogi das Cruzes (UMC)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Ceará-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de Minas Gerais (UFMG)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do ABC (UFABC)-
Autor(es): dc.creatorAciole Barbosa, David-
Autor(es): dc.creatorBranco, Giovana Souza-
Autor(es): dc.creatorDal'Olio Gomes, Aline-
Autor(es): dc.creatorTolussi, Carlos Eduardo-
Autor(es): dc.creatorMuñoz-Peñuela, Marcela-
Autor(es): dc.creatorAraújo, Bruno C.-
Autor(es): dc.creatorda Silva, Iuri Batista-
Autor(es): dc.creatorMoreira, Renata Guimarães-
Autor(es): dc.creatorNunes, Luiz R.-
Autor(es): dc.creatorMenegidio, Fabiano B.-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T21:20:27Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T21:20:27Z-
Data de envio: dc.date.issued2025-04-29-
Data de envio: dc.date.issued2025-06-15-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1016/j.margen.2025.101190-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://hdl.handle.net/11449/308588-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/308588-
Descrição: dc.descriptionAstyanax lacustris is a model of laboratory native fish species. Reproductive studies of this species have already been performed. Nevertheless, there is a relative shortcoming of gene sequence information available in public databases, which hinder their use in more comprehensive investigations that employ sensitivity molecular biology techniques to assess gene expression profile for biomarker identification. In this data article, we report the first de novo transcriptome assembly of A. lacustris testicles, ovaries and male / female pituitary gland improving gene sequence data available for this fish species and transcriptome of male liver. Illumina sequencing generated 808,023,356 raw reads, filtered in 752,739,866 high-quality reads. Initially, a de novo assembly was filtered to include protein coding elements only in each tissue sample, which were merged in a final pantranscriptome (PAN) containing 109,232 contigs. The PAN was functionally annotated against a custom Actinopterygii proteins dataset and EggNOG terms with the aid of EnTAP, retrieving homology queries for about 90 % of all transcripts. Therefore, in this study we provide a PAN and a custom blast tool that can help discovery genomic information on metabolism pathways and their related genes in A. lacustris, enabling future research and molecular studies using this fish species as a model.-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionNúcleo Integrado de Biotecnologia Universidade de Mogi das Cruzes (UMC)-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Metabolismo e Reprodução de Organismos Aquáticos Departamento de Fisiologia Instituto de Biociências Universidade de São Paulo, Rua do Matão, Trav.14, n° 321, SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biodiversidade Universidade Estadual Paulista (UNESP) Instituto de Biociências, SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Universidade Federal do Ceará, Campus do Pici, Centro de Ciências, Bloco 909, Ceará-
Descrição: dc.descriptionNúcleo de Ciências Ambientais Universidade de Mogi das Cruzes (UMC)-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Ciências Biológicas Universidade Federal de Minas Gerais, MG-
Descrição: dc.descriptionCentro de Ciências Naturais e Humanas Universidade Federal do ABC, SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biodiversidade Universidade Estadual Paulista (UNESP) Instituto de Biociências, SP-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2017/11530-1-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2022/10856-9-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2022/11174-9-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationMarine Genomics-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectHepatic-
Palavras-chave: dc.subjectOvaries-
Palavras-chave: dc.subjectPituitary-
Palavras-chave: dc.subjectReproduction-
Palavras-chave: dc.subjectRNAseq-
Palavras-chave: dc.subjectTestis-
Título: dc.titleDe novo assembly and annotation of the pantranscriptome of Astyanax lacustris on the liver and pituitary-gonadal axis-
Tipo de arquivo: dc.typetexto-
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