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| Metadados | Descrição | Idioma |
|---|---|---|
| Autor(es): dc.contributor | Universidade de São Paulo (USP) | - |
| Autor(es): dc.contributor | Butantan Institute | - |
| Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
| Autor(es): dc.contributor | Kansas State University | - |
| Autor(es): dc.contributor | Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde | - |
| Autor(es): dc.contributor | Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP) | - |
| Autor(es): dc.contributor | Fundação Oswaldo Cruz | - |
| Autor(es): dc.contributor | University of Campus Bio-Medico di Roma | - |
| Autor(es): dc.creator | Rodrigues, Evandra Strazza | - |
| Autor(es): dc.creator | Slavov, Svetoslav Nanev | - |
| Autor(es): dc.creator | de La Roque, Debora Glenda Lima | - |
| Autor(es): dc.creator | Santos, Elaine Vieira | - |
| Autor(es): dc.creator | Borges, Josiane Serrano | - |
| Autor(es): dc.creator | Evaristo, Mariane | - |
| Autor(es): dc.creator | da Costa, Péricles Natan Mendes | - |
| Autor(es): dc.creator | de Matos Maçonetto, Juliana | - |
| Autor(es): dc.creator | Marques, Adriana Aparecida | - |
| Autor(es): dc.creator | Baccarin, Anemarie Dinarte | - |
| Autor(es): dc.creator | Oliveira, Renata Aparecida Machado | - |
| Autor(es): dc.creator | Junior, Wilson Lau | - |
| Autor(es): dc.creator | Benincasa, Bruno Iglesias | - |
| Autor(es): dc.creator | de Andrade da Cruz, Luana Martins | - |
| Autor(es): dc.creator | Lima, Alex Ranieri Jerônimo | - |
| Autor(es): dc.creator | Ribeiro, Gabriela | - |
| Autor(es): dc.creator | Viala, Vincent Louis | - |
| Autor(es): dc.creator | de Lima, Loyze Paola Oliveira | - |
| Autor(es): dc.creator | Martins, Antonio Jorge | - |
| Autor(es): dc.creator | dos Santos Barros, Claudia Renata | - |
| Autor(es): dc.creator | Marqueze, Elaine Cristina | - |
| Autor(es): dc.creator | de Souza Todao Bernardino, Jardelina | - |
| Autor(es): dc.creator | Grotto, Rejane Maria Tommasini | - |
| Autor(es): dc.creator | Souza-Neto, Jayme A. | - |
| Autor(es): dc.creator | Fonseca, Vagner | - |
| Autor(es): dc.creator | Nogueira, Maurício Lacerda | - |
| Autor(es): dc.creator | Fukumasu, Heidge | - |
| Autor(es): dc.creator | Coutinho, Luiz Lehmann | - |
| Autor(es): dc.creator | Calado, Rodrigo Tocantins | - |
| Autor(es): dc.creator | Covas, Dimas Tadeu | - |
| Autor(es): dc.creator | Giovanetti, Marta | - |
| Autor(es): dc.creator | Alcantara, Luiz Carlos Junior | - |
| Autor(es): dc.creator | Sampaio, Sandra Coccuzzo | - |
| Autor(es): dc.creator | Elias, Maria Carolina | - |
| Autor(es): dc.creator | Kashima, Simone | - |
| Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T18:28:36Z | - |
| Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T18:28:36Z | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2025-04-29 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2024-03-01 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms12030449 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | https://hdl.handle.net/11449/307160 | - |
| Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/307160 | - |
| Descrição: dc.description | The aim of this study was to describe epidemiological characteristics and perform SARS-CoV-2 genomic surveillance in the southeastern region of São Paulo State. During the first months of 2022, we compared weekly SARS-CoV-2 infection prevalence considering age, Ct value, and variants’ lineages. An increase in the number of SARS-CoV-2-positive cases until the fourth epidemiological week of 2022 was observed. From the fourth epidemiological week onwards, the number of tests for SARS-CoV-2 diagnosis began to decrease, but the number of positive samples for SARS-CoV-2 remained high, reaching its most expressive level with a rate of 60% of infected individual cases. In this period, we observed a progressive increase in SARS-CoV-2 infection within the 0–10 age group throughout the epidemiological weeks, from 2.8% in the first epidemiological week to 9.2% in the eighth epidemiological week of 2022. We further observed significantly higher Ct values within younger patient samples compared to other older age groups. According to lineage assignment, SARS-CoV-2 (BA.1) was the most prevalent (74.5%) in the younger group, followed by BA.1.1 (23%), BA.2 (1.7%), and Delta (1%). Phylogenetic analysis showed that BA.2 sequences clustered together, indicating sustained transmission of this Omicron VOC sub-lineage by that time. Our results suggest the initial dissemination steps of the Omicron’s sub-linage BA.2 into the younger group, due to specific genomic features of the detected sequences. These data provide interesting results related to the spread, emergence, and evolution of the Omicron variant in the southeast Brazilian population. | - |
| Descrição: dc.description | Blood Center of Ribeirão Preto Ribeirão Preto Medical School University of São Paulo, SP | - |
| Descrição: dc.description | Butantan Institute, SP | - |
| Descrição: dc.description | School of Agricultural Sciences São Paulo State University (UNESP), SP | - |
| Descrição: dc.description | Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology Kansas State Veterinary Diagnostic Laboratory College of Veterinary Medicine Kansas State University | - |
| Descrição: dc.description | Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, DF | - |
| Descrição: dc.description | Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), SP | - |
| Descrição: dc.description | Department of Veterinary Medicine School of Animal Science and Food Engineering University of São Paulo, SP | - |
| Descrição: dc.description | University of São Paulo, SP | - |
| Descrição: dc.description | Laboratorio de Flavivirus Fundação Oswaldo Cruz, RJ | - |
| Descrição: dc.description | Department of Science and Technology for Humans and the Environment University of Campus Bio-Medico di Roma | - |
| Descrição: dc.description | School of Agricultural Sciences São Paulo State University (UNESP), SP | - |
| Idioma: dc.language | en | - |
| Relação: dc.relation | Microorganisms | - |
| ???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Brazilian population | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Omicron variant | - |
| Palavras-chave: dc.subject | SARS-CoV-2 genomic surveillance | - |
| Título: dc.title | Epidemiology of the SARS-CoV-2 Omicron Variant Emergence in the Southeast Brazilian Population | - |
| Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
| Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp | |
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