Comparative analysis of transposable elements dynamics in fish with different sex chromosome systems

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.creatorCrepaldi, Carolina-
Autor(es): dc.creatorCabral-De-mello, Diogo Cavalcanti-
Autor(es): dc.creatorParise-Maltempi, Patricia Pasquali-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T21:37:01Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T21:37:01Z-
Data de envio: dc.date.issued2025-04-29-
Data de envio: dc.date.issued2024-10-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1139/gen-2023-0134-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://hdl.handle.net/11449/305401-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/305401-
Descrição: dc.descriptionTransposable elements (TEs) are widespread genomic components with substantial roles in genome evolution and sex chromosome differentiation. In this study, we compared the TE composition of three closely related fish with different sex chromosome systems: Megaleporinus elongatus (Z1Z1Z2Z2/Z1W1Z2W2), Megaleporinus macrocephalus (ZZ/ZW) (both with highly differentiated W sex chromosomes), and Leporinus friderici (without heteromorphic sex chromosomes). We created custom TE libraries for each species using clustering methods and manual annotation and prediction, and we predicted TE temporal dynamics through divergence-based analysis. The TE abundance ranged from 16% to 21% in the three mobilomes, with L. friderici having the lowest overall. Despite the recent amplification of TEs in all three species, we observed differing expansion activities, particularly between the two genera. Both Megaleporinus recently experienced high retrotransposon activity, with a reduction in DNA TEs, which could have implications in sex chromosome composition. In contrast, L. friderici showed the opposite pattern. Therefore, despite having similar TE compositions, Megaleporinus and Leporinus exhibit distinct TE histories that likely evolved after their separation, highlighting a rapid TE expansion over short evolutionary periods.-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Estadual Paulista (UNESP) “Júlio de Mesquita Filho” Instituto de Biociências Departamento de Biologia Geral e Aplicada-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Estadual Paulista (UNESP) “Júlio de Mesquita Filho” Instituto de Biociências Departamento de Biologia Geral e Aplicada-
Descrição: dc.descriptionCAPES: 001-
Formato: dc.format339-350-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationGenome-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectfish genomes-
Palavras-chave: dc.subjectgenome evolution-
Palavras-chave: dc.subjectgenomic composition-
Palavras-chave: dc.subjectrepetitive DNA-
Palavras-chave: dc.subjecttransposable elements-
Palavras-chave: dc.subjecttransposon annotation-
Título: dc.titleComparative analysis of transposable elements dynamics in fish with different sex chromosome systems-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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