Resequencing of Brazilian locally adapted cattle breeds revealed variants in candidate genes and transcription factors for meat fatty acid profile

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal dos Vales Do Jequitinhonha e Mucuri-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.contributorURUS Group-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de Viçosa (UFV)-
Autor(es): dc.contributorEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Prof. Edson Antônio Velano (Unifenas)-
Autor(es): dc.creatorVieira, João Inácio Gomes-
Autor(es): dc.creatorBraga, Larissa Graciano-
Autor(es): dc.creatorChud, Tatiane C. S.-
Autor(es): dc.creatorFerreira, Pablo Henrique-
Autor(es): dc.creatorGuimarães, Simone Eliza Facioni-
Autor(es): dc.creatorMartins, Marta Fonseca-
Autor(es): dc.creatordo Carmo Panetto, João Cláudio-
Autor(es): dc.creatorMachado, Marco Antonio-
Autor(es): dc.creatorSilva, Danielly Beraldo dos Santos-
Autor(es): dc.creatorBonafé, Cristina Moreira-
Autor(es): dc.creatorMagalhães, Ana Fabrícia Braga-
Autor(es): dc.creatorda Silva, Marcos Vinícius G. B.-
Autor(es): dc.creatorVerardo, Lucas Lima-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T15:11:04Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T15:11:04Z-
Data de envio: dc.date.issued2025-04-29-
Data de envio: dc.date.issued2024-10-31-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1111/jbg.12869-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://hdl.handle.net/11449/305152-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/305152-
Descrição: dc.descriptionThe beef cattle industry has experienced a shift driven by a market demand for healthier meat, cost efficiency and environmental sustainability in recent years. Consequently, there has been a growing focus on the fatty acids content and functions of meat in cattle breeding programmes. Besides, a deeper understanding of the biological mechanisms influencing the expression of different phenotypes related to fatty acid profiles is crucial. In this study, we aimed to identify Single-Nucleotide Variants (SNV) and Insertion/Deletion (InDels) DNA variants in candidate genes related to fatty acid profiles described in genomic, transcriptomic and proteomic studies conducted in beef cattle breeds. Utilizing whole-genome re-sequencing data from Brazilian locally adapted bovine breeds, namely Caracu and Pantaneiro, we identified SNVs and InDels associated with 23,947 genes. From these, we identified 318 candidate genes related to fatty acid profiles that contain variants. Subsequently, we select only genes with SNVs and InDels in their promoter, 5′ UTR and coding region. Through the gene–biological process network, approximately 19 genes were highlighted. Furthermore, considering the studied trait and a literature review, we selected the main transcription factors (TF). Functional analysis via gene–TF network allowed us to identify the 30 most likely candidate genes for meat fatty acid profile in cattle. LIPE, MFSD2A and SREBF1 genes were highlighted in networks due to their biological importance. Further dissection of these genes revealed 15 new variants found in promoter regions of Caracu and Pantaneiro sequences. The gene networks facilitated a better functional understanding of genes and TF, enabling the identification of variants potentially related to the expression of candidate genes for meat fatty acid profiles in cattle.-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Federal dos Vales Do Jequitinhonha e Mucuri, Minas Gerais-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Engenharia e Ciências Exatas Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionPEAK URUS Group-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Federal de Viçosa, Minas Gerais-
Descrição: dc.descriptionEmbrapa Dairy Cattle Juiz de Fora, Minas Gerais-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Prof. Edson Antônio Velano (Unifenas), Minas Gerais-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Engenharia e Ciências Exatas Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionCNPq: 314532/2021-8-
Formato: dc.format628-642-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationJournal of Animal Breeding and Genetics-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectbovine-
Palavras-chave: dc.subjectgene networks-
Palavras-chave: dc.subjectgenomic sequencing-
Palavras-chave: dc.subjectpost-omics-
Título: dc.titleResequencing of Brazilian locally adapted cattle breeds revealed variants in candidate genes and transcription factors for meat fatty acid profile-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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