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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | University of Mogi das Cruzes | - |
Autor(es): dc.contributor | Wellcome Sanger Institute | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade de São Paulo (USP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Laboratory of Ecophysiology and Molecular Evolution | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.creator | Hilsdorf, Alexandre Wagner Silva | - |
Autor(es): dc.creator | Uliano-Silva, Marcela | - |
Autor(es): dc.creator | Coutinho, Luiz Lehmann | - |
Autor(es): dc.creator | Montenegro, Horácio | - |
Autor(es): dc.creator | Almeida-Val, Vera Maria Fonseca | - |
Autor(es): dc.creator | Pinhal, Danillo | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T17:48:34Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T17:48:34Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2025-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-09-27 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.46471/gigabyte.29 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | https://hdl.handle.net/11449/300862 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/300862 | - |
Descrição: dc.description | Colossoma macropomum, known as tambaqui, is the largest Characiformes fish in the Amazon River Basin and a leading species in Brazilian aquaculture and fisheries. Good quality meat and excellent adaptability to culture systems are some of its remarkable farming features. To support studies into the genetics and genomics of the tambaqui, we have produced the first high-quality genome for the species. We combined Illumina and PacBio sequencing technologies to generate a reference genome, assembled with 39× coverage of long reads and polished to a consensus quality value (QV) of 36 with 130× coverage of short reads. The genome was assembled into 1269 scaffolds (a total of 1,221,847,006 bases), with a scaffold N50 size of 40 Mb, where 93% of all assembled bases were placed in the largest 54 scaffolds corresponding to the diploid karyotype of the tambaqui. Furthermore, the NCBI Annotation Pipeline annotated genes, pseudogenes, and non-coding transcripts using the RefSeq database as evidence, guaranteeing a high-quality annotation. A Genome Data Viewer for the tambaqui was produced, which will benefit groups interested in exploring the unique genomic features of the species. The availability of a highly accurate genome assembly for tambaqui provides the foundation for the discovery of novel ecological and evolutionary insights, and is a helpful resource for aquaculture. | - |
Descrição: dc.description | Integrated Center of Biotechnology University of Mogi das Cruzes, P.O. Box 411, SP | - |
Descrição: dc.description | Wellcome Sanger Institute, Saffron Walden, Hinxton | - |
Descrição: dc.description | Animal Science Department University of São Paulo (USP)/Luiz de Queiroz College of Agriculture (ESALQ), SP | - |
Descrição: dc.description | Brazilian National Institute for Research of the Amazon Laboratory of Ecophysiology and Molecular Evolution, AM | - |
Descrição: dc.description | Department of Chemical and Biological Sciences Institute of Biosciences of Botucatu São Paulo State University (UNESP), SP | - |
Descrição: dc.description | Department of Chemical and Biological Sciences Institute of Biosciences of Botucatu São Paulo State University (UNESP), SP | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | GigaByte | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Evolutionary Biology | - |
Palavras-chave: dc.subject | Genetics and Genomics | - |
Palavras-chave: dc.subject | Marine Biology | - |
Título: dc.title | Genome assembly and annotation of the tambaqui (Colossoma macropomum): an emblematic fish of the Amazon River Basin | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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