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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal do Pará (UFPA) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) | - |
Autor(es): dc.contributor | The Rosalind Franklin Institute | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade de São Paulo (USP) | - |
Autor(es): dc.creator | Alves, Rafael Moysés | - |
Autor(es): dc.creator | de Abreu, Vinicius A.C. | - |
Autor(es): dc.creator | Oliveira, Rafaely Pantoja | - |
Autor(es): dc.creator | dos Anjos Almeida, João Victor | - |
Autor(es): dc.creator | de Oliveira, Mauro de Medeiros | - |
Autor(es): dc.creator | Silva, Saura R. | - |
Autor(es): dc.creator | Paschoal, Alexandre R. | - |
Autor(es): dc.creator | de Almeida, Sintia S. | - |
Autor(es): dc.creator | de Souza, Pedro A.F. | - |
Autor(es): dc.creator | Ferro, Jesus A. | - |
Autor(es): dc.creator | Miranda, Vitor F.O. | - |
Autor(es): dc.creator | Figueira, Antonio | - |
Autor(es): dc.creator | Domingues, Douglas S. | - |
Autor(es): dc.creator | Varani, Alessandro M. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T22:37:57Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T22:37:57Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2025-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-12-31 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giae027 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | https://hdl.handle.net/11449/300440 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/300440 | - |
Descrição: dc.description | Background: Theobroma grandiflorum (Malvaceae), known as cupuassu, is a tree indigenous to the Amazon basin, valued for its large fruits and seed pulp, contributing notably to the Amazonian bioeconomy. The seed pulp is utilized in desserts and beverages, and its seed butter is used in cosmetics. Here, we present the sequenced telomere-to-telomere genome of cupuassu, disclosing its genomic structure, evolutionary features, and phylogenetic relationships within the Malvaceae family. Findings: The cupuassu genome spans 423 Mb, encodes 31,381 genes distributed in 10 chromosomes, and exhibits approximately 65% gene synteny with the Theobroma cacao genome, reflecting a conserved evolutionary history, albeit punctuated with unique genomic variations. The main changes are pronounced by bursts of long-terminal repeat retrotransposons at postspecies divergence, retrocopied and singleton genes, and gene families displaying distinctive patterns of expansion and contraction. Furthermore, positively selected genes are evident, particularly among retained and dispersed tandem and proximal duplicated genes associated with general fruit and seed traits and defense mechanisms, supporting the hypothesis of potential episodes of subfunctionalization and neofunctionalization following duplication, as well as impact from distinct domestication process. These genomic variations may underpin the differences observed in fruit and seed morphology, ripening, and disease resistance between cupuassu and the other Malvaceae species. Conclusions: The cupuassu genome offers a foundational resource for both breeding improvement and conservation biology, yielding insights into the evolution and diversity within the genus Theobroma. | - |
Descrição: dc.description | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | - |
Descrição: dc.description | Embrapa Amazônia Oriental, PA | - |
Descrição: dc.description | Laboratório de Bioinformática e Computação de Alto Desempenho (LaBioCad) Faculdade de Computação (FACOMP) Universidade Federal do Pará, PA | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Biologia Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Ciência da Computação (DACOM) Grupo de e Bioinformática e Reconhecimento de Padrões (bioinfo-cp) Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR), PR | - |
Descrição: dc.description | Artificial Intelligence and Informatics The Rosalind Franklin Institute | - |
Descrição: dc.description | Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA) Universidade de São Paulo, SP | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Genética Universidade de São Paulo (USP) Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ), SP | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Biologia Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP | - |
Descrição: dc.description | CNPq: 2019/25176-0 | - |
Descrição: dc.description | CNPq: 304367/2022-2 | - |
Descrição: dc.description | CNPq: 313174/2022 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | GigaScience | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Amazon basin | - |
Palavras-chave: dc.subject | bioeconomy | - |
Palavras-chave: dc.subject | cupuassu | - |
Palavras-chave: dc.subject | fruit pulp and seed development | - |
Palavras-chave: dc.subject | gene loss and retention | - |
Palavras-chave: dc.subject | genome evolution | - |
Palavras-chave: dc.subject | plant secondary metabolites | - |
Palavras-chave: dc.subject | positive selection | - |
Título: dc.title | Genomic decoding of Theobroma grandiflorum (cupuassu) at chromosomal scale: evolutionary insights for horticultural innovation | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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