Genomic decoding of Theobroma grandiflorum (cupuassu) at chromosomal scale: evolutionary insights for horticultural innovation

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Autor(es): dc.contributorEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Pará (UFPA)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)-
Autor(es): dc.contributorThe Rosalind Franklin Institute-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.creatorAlves, Rafael Moysés-
Autor(es): dc.creatorde Abreu, Vinicius A.C.-
Autor(es): dc.creatorOliveira, Rafaely Pantoja-
Autor(es): dc.creatordos Anjos Almeida, João Victor-
Autor(es): dc.creatorde Oliveira, Mauro de Medeiros-
Autor(es): dc.creatorSilva, Saura R.-
Autor(es): dc.creatorPaschoal, Alexandre R.-
Autor(es): dc.creatorde Almeida, Sintia S.-
Autor(es): dc.creatorde Souza, Pedro A.F.-
Autor(es): dc.creatorFerro, Jesus A.-
Autor(es): dc.creatorMiranda, Vitor F.O.-
Autor(es): dc.creatorFigueira, Antonio-
Autor(es): dc.creatorDomingues, Douglas S.-
Autor(es): dc.creatorVarani, Alessandro M.-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T22:37:57Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T22:37:57Z-
Data de envio: dc.date.issued2025-04-29-
Data de envio: dc.date.issued2023-12-31-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giae027-
Fonte completa do material: dc.identifierhttps://hdl.handle.net/11449/300440-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/300440-
Descrição: dc.descriptionBackground: Theobroma grandiflorum (Malvaceae), known as cupuassu, is a tree indigenous to the Amazon basin, valued for its large fruits and seed pulp, contributing notably to the Amazonian bioeconomy. The seed pulp is utilized in desserts and beverages, and its seed butter is used in cosmetics. Here, we present the sequenced telomere-to-telomere genome of cupuassu, disclosing its genomic structure, evolutionary features, and phylogenetic relationships within the Malvaceae family. Findings: The cupuassu genome spans 423 Mb, encodes 31,381 genes distributed in 10 chromosomes, and exhibits approximately 65% gene synteny with the Theobroma cacao genome, reflecting a conserved evolutionary history, albeit punctuated with unique genomic variations. The main changes are pronounced by bursts of long-terminal repeat retrotransposons at postspecies divergence, retrocopied and singleton genes, and gene families displaying distinctive patterns of expansion and contraction. Furthermore, positively selected genes are evident, particularly among retained and dispersed tandem and proximal duplicated genes associated with general fruit and seed traits and defense mechanisms, supporting the hypothesis of potential episodes of subfunctionalization and neofunctionalization following duplication, as well as impact from distinct domestication process. These genomic variations may underpin the differences observed in fruit and seed morphology, ripening, and disease resistance between cupuassu and the other Malvaceae species. Conclusions: The cupuassu genome offers a foundational resource for both breeding improvement and conservation biology, yielding insights into the evolution and diversity within the genus Theobroma.-
Descrição: dc.descriptionConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)-
Descrição: dc.descriptionEmbrapa Amazônia Oriental, PA-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Bioinformática e Computação de Alto Desempenho (LaBioCad) Faculdade de Computação (FACOMP) Universidade Federal do Pará, PA-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciência da Computação (DACOM) Grupo de e Bioinformática e Reconhecimento de Padrões (bioinfo-cp) Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR), PR-
Descrição: dc.descriptionArtificial Intelligence and Informatics The Rosalind Franklin Institute-
Descrição: dc.descriptionCentro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA) Universidade de São Paulo, SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Genética Universidade de São Paulo (USP) Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ), SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Universidade Estadual Paulista (UNESP) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, SP-
Descrição: dc.descriptionCNPq: 2019/25176-0-
Descrição: dc.descriptionCNPq: 304367/2022-2-
Descrição: dc.descriptionCNPq: 313174/2022-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationGigaScience-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectAmazon basin-
Palavras-chave: dc.subjectbioeconomy-
Palavras-chave: dc.subjectcupuassu-
Palavras-chave: dc.subjectfruit pulp and seed development-
Palavras-chave: dc.subjectgene loss and retention-
Palavras-chave: dc.subjectgenome evolution-
Palavras-chave: dc.subjectplant secondary metabolites-
Palavras-chave: dc.subjectpositive selection-
Título: dc.titleGenomic decoding of Theobroma grandiflorum (cupuassu) at chromosomal scale: evolutionary insights for horticultural innovation-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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