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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Ecosciences Precinct | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Xiamen University | - |
Autor(es): dc.contributor | Louisiana State University | - |
Autor(es): dc.creator | do Nascimento, Mariah C.A. | - |
Autor(es): dc.creator | Smith, Wendy J.M. | - |
Autor(es): dc.creator | Liu, Yawen | - |
Autor(es): dc.creator | Simpson, Stuart L. | - |
Autor(es): dc.creator | Bivins, Aaron | - |
Autor(es): dc.creator | Rahal, Paula | - |
Autor(es): dc.creator | Ahmed, Warish | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T22:08:11Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T22:08:11Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2025-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2024-11-19 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2024.175440 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | https://hdl.handle.net/11449/300176 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/300176 | - |
Descrição: dc.description | Diverse enteric pathogens, transmitted through human and animal feces, can cause gastroenteritis. Enteric viruses, such as human Aichi virus, specifically genotype A (AiV-A), are emerging pathogens that cause illnesses even at low doses and are spreading globally. This research developed a reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) assay targeting the 3CD junction and a reverse transcription colorimetric loop-mediated isothermal amplification (RT-cLAMP) duplex assay targeting junctions 2BC and 3CD of the AiV-A genome for rapid and sensitive detection of this virus in metropolitan and regional wastewater samples in Queensland, Australia. The performance of these assays was evaluated using control materials and by analyzing wastewater samples. In serially diluted control materials, RT-qPCR provided quantifiable data (mean 1.51 log10 GC/2 μL of nucleic acid) down to a dilution of 1 × 10−5 pg/μL. In comparison, the duplex RT-cLAMP assay detected down to 1 × 10−4 pg/μL, indicating that its sensitivity was one order of magnitude less than that of RT-qPCR. Of the 38 wastewater samples from 38 metropolitan and regional wastewater treatment plants (WWTPs) in Queensland, Australia, 21 (55.3 %) tested positive by RT-qPCR with concentrations ranging from 3.60 to 6.23 log10 GC/L. In contrast, only 15 (39.5 %) of 38 wastewater samples were positive using the duplex RT-cLAMP assay. The methods demonstrated substantial qualitative agreement (κ = 0.730), with a concordance of 86.5 %, demonstrating the reliability of RT-cLAMP for detecting AiV-A in wastewater samples. The duplex RT-cLAMP assay, despite demonstrating reduced detection sensitivity, has proven effective and holds promise as a supplementary approach, especially in settings with limited resources where rapid and affordable testing is crucial. | - |
Descrição: dc.description | CSIRO Environment Ecosciences Precinct, 41 Boggo Road | - |
Descrição: dc.description | Department of Biology São Paulo State University — UNESP, São José do Rio Preto | - |
Descrição: dc.description | State Key Laboratory of Marine Environmental Science College of the Environment & Ecology Xiamen University | - |
Descrição: dc.description | Department of Civil & Environmental Engineering Louisiana State University | - |
Descrição: dc.description | Department of Biology São Paulo State University — UNESP, São José do Rio Preto | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Science of the Total Environment | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Aichi virus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Enteric virus | - |
Palavras-chave: dc.subject | LAMP | - |
Palavras-chave: dc.subject | RT-qPCR | - |
Palavras-chave: dc.subject | Wastewater surveillance | - |
Título: dc.title | Development and comparative assessment of RT-qPCR and duplex RT-LAMP assays for the monitoring of Aichi virus A (AiV-A) in untreated wastewater samples | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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