Atenção:
O eduCAPES é um repositório de objetos educacionais, não sendo responsável por materiais de terceiros submetidos na plataforma. O usuário assume ampla e total responsabilidade quanto à originalidade, à titularidade e ao conteúdo, citações de obras consultadas, referências e outros elementos que fazem parte do material que deseja submeter. Recomendamos que se reporte diretamente ao(s) autor(es), indicando qual parte do material foi considerada imprópria (cite página e parágrafo) e justificando sua denúncia.
Caso seja o autor original de algum material publicado indevidamente ou sem autorização, será necessário que se identifique informando nome completo, CPF e data de nascimento. Caso possua uma decisão judicial para retirada do material, solicitamos que informe o link de acesso ao documento, bem como quaisquer dados necessários ao acesso, no campo abaixo.
Todas as denúncias são sigilosas e sua identidade será preservada. Os campos nome e e-mail são de preenchimento opcional. Porém, ao deixar de informar seu e-mail, um possível retorno será inviabilizado e/ou sua denúncia poderá ser desconsiderada no caso de necessitar de informações complementares.
Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Science and Technology of São Paulo (IFSP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.creator | Viegas, Rafael G. | - |
Autor(es): dc.creator | Martins, Ingrid B. S. | - |
Autor(es): dc.creator | Leite, Vitor B. P. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T20:53:05Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T20:53:05Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2025-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2024-05-27 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.4c00080 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | https://hdl.handle.net/11449/297948 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/297948 | - |
Descrição: dc.description | A substantial portion of various organisms’ proteomes comprises intrinsically disordered proteins (IDPs) that lack a defined three-dimensional structure. These IDPs exhibit a diverse array of conformations, displaying remarkable spatiotemporal heterogeneity and exceptional conformational flexibility. Characterizing the structure or structural ensemble of IDPs presents significant conceptual and methodological challenges owing to the absence of a well-defined native structure. While databases such as the Protein Ensemble Database (PED) provide IDP ensembles obtained through a combination of experimental data and molecular modeling, the absence of reaction coordinates poses challenges in comprehensively understanding pertinent aspects of the system. In this study, we leverage the energy landscape visualization method (JCTC, 6482, 2019) to scrutinize four IDP ensembles sourced from PED. ELViM, a methodology that circumvents the need for a priori reaction coordinates, aids in analyzing the ensembles. The specific IDP ensembles investigated are as follows: two fragments of nucleoporin (NUL: 884-993 and NUS: 1313-1390), yeast sic 1 N-terminal (1-90), and the N-terminal SH3 domain of Drk (1-59). Utilizing ELViM enables the comprehensive validation of ensembles, facilitating the detection of potential inconsistencies in the sampling process. Additionally, it allows for identifying and characterizing the most prevalent conformations within an ensemble. Moreover, ELViM facilitates the comparative analysis of ensembles obtained under diverse conditions, thereby providing a powerful tool for investigating the functional mechanisms of IDPs. | - |
Descrição: dc.description | Federal Institute of Education Science and Technology of São Paulo (IFSP), São Paulo | - |
Descrição: dc.description | Department of Physics São Paulo State University (UNESP) Institute of Biosciences Humanities and Exact Sciences, São Paulo | - |
Descrição: dc.description | Department of Physics São Paulo State University (UNESP) Institute of Biosciences Humanities and Exact Sciences, São Paulo | - |
Formato: dc.format | 4149-4157 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Journal of Chemical Information and Modeling | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Título: dc.title | Understanding the Energy Landscape of Intrinsically Disordered Protein Ensembles | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
O Portal eduCAPES é oferecido ao usuário, condicionado à aceitação dos termos, condições e avisos contidos aqui e sem modificações. A CAPES poderá modificar o conteúdo ou formato deste site ou acabar com a sua operação ou suas ferramentas a seu critério único e sem aviso prévio. Ao acessar este portal, você, usuário pessoa física ou jurídica, se declara compreender e aceitar as condições aqui estabelecidas, da seguinte forma: