
Atenção:
O eduCAPES é um repositório de objetos educacionais, não sendo responsável por materiais de terceiros submetidos na plataforma. O usuário assume ampla e total responsabilidade quanto à originalidade, à titularidade e ao conteúdo, citações de obras consultadas, referências e outros elementos que fazem parte do material que deseja submeter. Recomendamos que se reporte diretamente ao(s) autor(es), indicando qual parte do material foi considerada imprópria (cite página e parágrafo) e justificando sua denúncia.
Caso seja o autor original de algum material publicado indevidamente ou sem autorização, será necessário que se identifique informando nome completo, CPF e data de nascimento. Caso possua uma decisão judicial para retirada do material, solicitamos que informe o link de acesso ao documento, bem como quaisquer dados necessários ao acesso, no campo abaixo.
Todas as denúncias são sigilosas e sua identidade será preservada. Os campos nome e e-mail são de preenchimento opcional. Porém, ao deixar de informar seu e-mail, um possível retorno será inviabilizado e/ou sua denúncia poderá ser desconsiderada no caso de necessitar de informações complementares.
| Metadados | Descrição | Idioma |
|---|---|---|
| Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
| Autor(es): dc.creator | Fischer, Carlos Norberto | - |
| Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T18:51:21Z | - |
| Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T18:51:21Z | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2023-07-29 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2023-07-29 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2021-12-31 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1504/IJBRA.2022.128238 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/249646 | - |
| Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/249646 | - |
| Descrição: dc.description | Several tools, using different approaches, are available nowadays to identify transposable elements (TEs) in a query sequence. Normally, a same set of TEs can be predicted by many of these tools. However, for other TEs, only a few tools are able to predict them due to their particular characteristics. In both cases, combining predictions produced by two or more tools can be an interesting approach to increasing the number of correct results and, at the same time, to further improve the confidence about the predicted TEs. Taking this into account, this work presents an auxiliary tool, CombTEs, that combines predictions produced by other programs and pipelines used to identify TEs in a genome sequence. The basic idea is that, after running only once the tools of interest, the same sets of initial predictions are used in several combining processes, each one considering different values for the parameters used by CombTEs (for example, filters and distance between predictions), in a very fast way, making the annotation step easier and more reliable. | - |
| Descrição: dc.description | Department of Statistics Applied Maths and Computer Science UNESP – São Paulo State University, SP | - |
| Descrição: dc.description | Department of Statistics Applied Maths and Computer Science UNESP – São Paulo State University, SP | - |
| Formato: dc.format | 496-504 | - |
| Idioma: dc.language | en | - |
| Relação: dc.relation | International Journal of Bioinformatics Research and Applications | - |
| ???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
| Palavras-chave: dc.subject | bioinformatics tools | - |
| Palavras-chave: dc.subject | combining predictions | - |
| Palavras-chave: dc.subject | LTR retrotransposons | - |
| Palavras-chave: dc.subject | pHMMs | - |
| Palavras-chave: dc.subject | prediction combination | - |
| Palavras-chave: dc.subject | profile hidden Markov models | - |
| Palavras-chave: dc.subject | similarity method | - |
| Palavras-chave: dc.subject | transposable element classification | - |
| Palavras-chave: dc.subject | transposable element searches | - |
| Palavras-chave: dc.subject | transposable elements | - |
| Título: dc.title | CombTEs: combining predictions from the search for transposable elements | - |
| Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
| Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp | |
O Portal eduCAPES é oferecido ao usuário, condicionado à aceitação dos termos, condições e avisos contidos aqui e sem modificações. A CAPES poderá modificar o conteúdo ou formato deste site ou acabar com a sua operação ou suas ferramentas a seu critério único e sem aviso prévio. Ao acessar este portal, você, usuário pessoa física ou jurídica, se declara compreender e aceitar as condições aqui estabelecidas, da seguinte forma: