Draft genome and multi-tissue transcriptome assemblies of the Neotropical leaf-frog Phyllomedusa bahiana

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade do Porto-
Autor(es): dc.contributorCIBIO-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual do Sudoeste da Bahia-
Autor(es): dc.contributorNational University of Misiones (UNaM-CONICET)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.creatorAndrade, Pedro-
Autor(es): dc.creatorLyra, Mariana L.-
Autor(es): dc.creatorZina, Juliana-
Autor(es): dc.creatorBastos, Deivson F.O.-
Autor(es): dc.creatorBrunetti, Andrés E.-
Autor(es): dc.creatorBaêta, Délio-
Autor(es): dc.creatorAfonso, Sandra-
Autor(es): dc.creatorBrunes, Tuliana O.-
Autor(es): dc.creatorTaucce, Pedro P.G.-
Autor(es): dc.creatorCarneiro, Miguel-
Autor(es): dc.creatorHaddad, Célio F.B.-
Autor(es): dc.creatorSequeira, Fernando-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T17:25:27Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T17:25:27Z-
Data de envio: dc.date.issued2023-07-29-
Data de envio: dc.date.issued2023-07-29-
Data de envio: dc.date.issued2022-11-30-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1093/g3journal/jkac270-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/247973-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/247973-
Descrição: dc.descriptionAmphibians are increasingly threatened worldwide, but the availability of genomic resources that could be crucial for implementing informed conservation practices lags well behind that for other vertebrate groups. Here, we describe draft de novo genome, mitogenome, and transcriptome assemblies for the Neotropical leaf-frog Phyllomedusa bahiana native to the Brazilian Atlantic Forest and Caatinga. We used a combination of PacBio long reads and Illumina sequencing to produce a 4.74-Gbp contig-level genome assembly, which has a contiguity comparable to other recent nonchromosome level assemblies. The assembled mitogenome comprises 16,239 bp and the gene content and arrangement are similar to other Neobratrachia. RNA-sequencing from 8 tissues resulted in a highly complete (86.3%) reference transcriptome. We further use whole-genome resequencing data from P. bahiana and from its sister species Phyllomedusa burmeisteri, to demonstrate how our assembly can be used as a backbone for population genomics studies within the P. burmeisteri species group. Our assemblies thus represent important additions to the catalog of genomic resources available from amphibians.-
Descrição: dc.descriptionFederación Española de Enfermedades Raras-
Descrição: dc.descriptionCIBIO Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos InBIO Laboratório Associado Universidade do Porto, Campus de Vairão-
Descrição: dc.descriptionBIOPOLIS Program in Genomics Biodiversity and Land Planning CIBIO, Campus de Vairão-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biodiversidade Centro de Aquicultura Instituto de Biociências Universidade Estadual Paulista (UNESP)-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciências Biológicas Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia-
Descrição: dc.descriptionLaboratory of Evolutionary Genetics Institute of Subtropical Biology National University of Misiones (UNaM-CONICET), Misiones-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Zoologia Instituto de Biociências Universidade de São Paulo-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biodiversidade Centro de Aquicultura Instituto de Biociências Universidade Estadual Paulista (UNESP)-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationG3: Genes, Genomes, Genetics-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectamphibian-
Palavras-chave: dc.subjectAnura-
Palavras-chave: dc.subjectgenome-
Palavras-chave: dc.subjectmitogenome-
Palavras-chave: dc.subjectPhyllomedusidae-
Palavras-chave: dc.subjecttranscriptome-
Título: dc.titleDraft genome and multi-tissue transcriptome assemblies of the Neotropical leaf-frog Phyllomedusa bahiana-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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