The Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub

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Autor(es): dc.contributorLaboratório Nacional de Computação Científica-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Tocantins-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)-
Autor(es): dc.contributorCentro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira-
Autor(es): dc.contributorInstituto Hermes Pardini-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de Minas Gerais (UFMG)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de Santa Cruz do Sul-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Acre-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins-
Autor(es): dc.contributorHospital das Clínicas do Acre-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de Santa Maria-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Rio Grande do Sul-
Autor(es): dc.creatorLamarca, Alessandra P.-
Autor(es): dc.creatorSouza, Ueric José Borges de-
Autor(es): dc.creatorMoreira, Filipe Romero Rebello-
Autor(es): dc.creatorAlmeida, Luiz G. P. de-
Autor(es): dc.creatorMenezes, Mariane Talon de-
Autor(es): dc.creatorSouza, Adrieli Barboza de-
Autor(es): dc.creatorFerreira, Alessandro Clayton de Souza-
Autor(es): dc.creatorGerber, Alexandra L.-
Autor(es): dc.creatorLima, Aline B. de-
Autor(es): dc.creatorGuimarães, Ana Paula de C.-
Autor(es): dc.creatorCavalcanti, Andréa Cony-
Autor(es): dc.creatorSilva, Aryel B. Paz e-
Autor(es): dc.creatorLima, Bruna Israel-
Autor(es): dc.creatorLobato, Cirley-
Autor(es): dc.creatorSilva, Cristiane Gomes Da-
Autor(es): dc.creatorMendonça, Cristiane P. T. B.-
Autor(es): dc.creatorQueiroz, Daniel Costa-
Autor(es): dc.creatorZauli, Danielle Alves Gomes-
Autor(es): dc.creatorMenezes, Diego-
Autor(es): dc.creatorPossebon, Fábio Sossai-
Autor(es): dc.creatorCardoso, Franciano Dias Pereira-
Autor(es): dc.creatorMalta, Frederico Scott Varella-
Autor(es): dc.creatorBraga-Paz, Isabela-
Autor(es): dc.creatorSilva, Joice do Prado-
Autor(es): dc.creatorFerreira, Jorge Gomes Goulart-
Autor(es): dc.creatorGalvão, Jucimária Dantas-
Autor(es): dc.creatorSouza, Leandro Magalhães de-
Autor(es): dc.creatorFerreira, Leonardo-
Autor(es): dc.creatorPossuelo, Lia Gonçalves-
Autor(es): dc.creatorCavalcante, Liliane Tavares de Faria-
Autor(es): dc.creatorAlvim, Luige B.-
Autor(es): dc.creatorSouza, Luiz Fellype Alves de-
Autor(es): dc.creatorSantos, Luiza C. G. de Araújo E-
Autor(es): dc.creatorDias, Rillery Calixto-
Autor(es): dc.creatorSouza, Rutilene Barbosa-
Autor(es): dc.creatorCastro, Thaís Regina y-
Autor(es): dc.creatorValim, Andréia Rosane de Moura-
Autor(es): dc.creatorCampos, Fabrício Souza-
Autor(es): dc.creatorAraujo, João Pessoa-
Autor(es): dc.creatorTrindade, Priscila de Arruda-
Autor(es): dc.creatorAguiar, Renato S.-
Autor(es): dc.creatorMichael Delai, Robson-
Autor(es): dc.creatorVasconcelos, Ana Tereza R de-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T17:49:11Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T17:49:11Z-
Data de envio: dc.date.issued2023-07-29-
Data de envio: dc.date.issued2023-07-29-
Data de envio: dc.date.issued2023-04-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.3390/v15040888-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/247297-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/247297-
Descrição: dc.descriptionBrazil currently ranks second in absolute deaths by COVID-19, even though most of its population has completed the vaccination protocol. With the introduction of Omicron in late 2021, the number of COVID-19 cases soared once again in the country. We investigated in this work how lineages BA.1 and BA.2 entered and spread in the country by sequencing 2173 new SARS-CoV-2 genomes collected between October 2021 and April 2022 and analyzing them in addition to more than 18,000 publicly available sequences with phylodynamic methods. We registered that Omicron was present in Brazil as early as 16 November 2021 and by January 2022 was already more than 99% of samples. More importantly, we detected that Omicron has been mostly imported through the state of São Paulo, which in turn dispersed the lineages to other states and regions of Brazil. This knowledge can be used to implement more efficient non-pharmaceutical interventions against the introduction of new SARS-CoV variants focused on surveillance of airports and ground transportation.-
Descrição: dc.descriptionFinanciadora de Estudos e Projetos-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Bioinformática Laboratório Nacional de Computação Científica-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Bioinformática e Biotecnologia Universidade Federal do Tocantins, Campus de Gurupi-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Virologia Molecular Departamento de Genética Instituto de Biologia Universidade Federal do Rio de Janeiro-
Descrição: dc.descriptionCentro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Pesquisa & Desenvolvimento Instituto Hermes Pardini-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Genética Ecologia e Evolução Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal de Minas Gerais-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Biologia Molecular Parque Científico e Tecnológico Regional Universidade de Santa Cruz do Sul-
Descrição: dc.descriptionCentro de Ciências de Saúde e do Desporto Universidade Federal do Acre-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Biotecnologia Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins-
Descrição: dc.descriptionDepartmento de Ciências da Vida Universidade de Santa Cruz do Sul-
Descrição: dc.descriptionCentro de Infectologia Charles Mérieux and Laboratório Rodolphe Mérieux Hospital das Clínicas do Acre-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica Universidade Federal de Santa Maria-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Virologia Departamento de Microbiologia Imunologia e Parasitologia Instituto de Ciências Básicas da Saúde Universidade Federal do Rio Grande do Sul-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Biotecnologia Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionFinanciadora de Estudos e Projetos: 0494/20 01.20.0026.00-
Descrição: dc.descriptionFinanciadora de Estudos e Projetos: 1139/20-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2019/18581-6-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 307145/2021-2-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 309626/2021-8-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 309948/2020-7-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 315192/2020-8-
Descrição: dc.descriptionFAPERJ: E-26/201.046/2022-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationViruses-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectCOVID-19-
Palavras-chave: dc.subjectdispersal-
Palavras-chave: dc.subjectgenome-
Palavras-chave: dc.subjectphylodynamics-
Palavras-chave: dc.subjectvariant of concern-
Palavras-chave: dc.subjectviral evolution-
Título: dc.titleThe Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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