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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | University of Maryland School of Pharmacy | - |
Autor(es): dc.contributor | Rice University | - |
Autor(es): dc.creator | da Silva, Fernando Bruno | - |
Autor(es): dc.creator | Martins de Oliveira, Vinícius | - |
Autor(es): dc.creator | de Oliveira Junior, Antonio Bento | - |
Autor(es): dc.creator | Contessoto, Vinícius de Godoi | - |
Autor(es): dc.creator | Leite, Vitor B. P. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T22:46:46Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T22:46:46Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-07-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-07-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-02-15 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c06178 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/246774 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/246774 | - |
Descrição: dc.description | Understanding the details of a protein folding mechanism can be a challenging and complex task. One system with an interesting folding behavior is the α-spectrin domain, where the R15 folds three-orders of magnitude faster than its homologues R16 and R17, despite having similar structures. The molecular origins that explain these folding rate differences remain unclear, but our previous work revealed that a combined effect produced by non-native interactions could be a reasonable cause for these differences. In this study, we explore further the folding process by identifying the molecular paths, metastable states, and the collective motions that lead these unfolded proteins to their native state conformation. Our results uncovered the differences between the folding pathways for the wild-type R15 and R16 and an R16 mutant. The metastable ensembles that speed down the folding were identified using an energy landscape visualization method (ELViM). These ensembles correspond to similar experimentally reported configurations. Our observations indicate that the non-native interactions are also associated with secondary structure misdocking. This computational methodology can be used as a fast, straightforward protocol for shedding light on systems with unclear folding or conformational traps. | - |
Descrição: dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | - |
Descrição: dc.description | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | - |
Descrição: dc.description | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) | - |
Descrição: dc.description | Department of Physics São Paulo State University (UNESP) Institute of Biosciences Humanities and Exact Sciences, São Paulo | - |
Descrição: dc.description | Department of Pharmaceutical Sciences University of Maryland School of Pharmacy | - |
Descrição: dc.description | Center for Theoretical Biological Physics Rice University | - |
Descrição: dc.description | Department of Physics São Paulo State University (UNESP) Institute of Biosciences Humanities and Exact Sciences, São Paulo | - |
Formato: dc.format | 1291-1300 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Journal of Physical Chemistry B | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Título: dc.title | Probing the Energy Landscape of Spectrin R15 and R16 and the Effects of Non-native Interactions | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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