Atenção:
O eduCAPES é um repositório de objetos educacionais, não sendo responsável por materiais de terceiros submetidos na plataforma. O usuário assume ampla e total responsabilidade quanto à originalidade, à titularidade e ao conteúdo, citações de obras consultadas, referências e outros elementos que fazem parte do material que deseja submeter. Recomendamos que se reporte diretamente ao(s) autor(es), indicando qual parte do material foi considerada imprópria (cite página e parágrafo) e justificando sua denúncia.
Caso seja o autor original de algum material publicado indevidamente ou sem autorização, será necessário que se identifique informando nome completo, CPF e data de nascimento. Caso possua uma decisão judicial para retirada do material, solicitamos que informe o link de acesso ao documento, bem como quaisquer dados necessários ao acesso, no campo abaixo.
Todas as denúncias são sigilosas e sua identidade será preservada. Os campos nome e e-mail são de preenchimento opcional. Porém, ao deixar de informar seu e-mail, um possível retorno será inviabilizado e/ou sua denúncia poderá ser desconsiderada no caso de necessitar de informações complementares.
Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Oliveira, Leandro Cristante de | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.creator | Ferreira, Carolina Tatiani Alves | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T21:22:43Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T21:22:43Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-07-19 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-07-19 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-03-24 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/244645 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/244645 | - |
Descrição: dc.description | A comunidade científica já se utiliza da combinação de técnicas experimentais e computacionais em suas investigações, especialmente para sistemas biológicos complexos devido à dinâmica das macromoléculas em solução e mudanças conformacionais. No entanto, a predição da estrutura de moléculas biológicas em solução é um problema desafiador para teóricos e experimentalistas, dada a falta de técnicas disponíveis para observar esses sistemas. O espalhamento de raios-X de baixo ângulo (SAXS) é uma técnica experimental que fornece informações quantitativas, como raio de giro e distância entre pares, mas não informações estruturais precisas. No entanto, combinado com uma técnica computacional, SAXS já é capaz de analisar estruturalmente estes sistemas gerando o "envelope", por exemplo. Assim, foi desenvolvido o programa Pivot-SAXS para ampliar as possibilidades de estudos conformacionais. O programa usa uma estrutura inicial e informações de estrutura secundária para criar um potencial baseado em um fator de esfera rígida, que proíbe choques estéricos e minimiza o espaço conformacional. O programa gera novas conformações usando um algoritmo de pivot e avalia a similaridade entre as curvas de espalhamento teórica e experimental, completando o potencial usando o critério de Metropolis. O código está disponível em Github. Os resultados obtidos pelo Pivot-SAXS foram satisfatórios e congruentes com outras metodologias, o que indica sua aplicabilidade em estudos futuros. | - |
Descrição: dc.description | The scientific community widely recognizes the importance of combining experimental and computational techniques, especially in complex biological systems due to the dynamic behavior of macromolecules in solution and conformational changes. However, predicting the structure of biological molecules in solution has been a challenging problem for both experimentalists and theoreticians, and there are only a limited number of techniques available to observe these system variations. Small Angle X-ray Scattering (SAXS) is a low-resolution experiment that provides only quantitative information, such as the gyration radius and pair distance. Nevertheless, SAXS can address these systems by providing the "envelope"of the protein. When combined with computational techniques, it becomes a powerful tool for characterizing macromolecules in solution.To address this problem, we developed the Pivot-SAXS software for theoretical protein structure prediction and conformational analysis. The program uses an input conformation to model the molecule and considers information from the secondary structure to build a potential based on a hard-sphere factor to forbid steric clashes and minimize the conformational space. New conformations are generated using a pivot algorithm, and they are assessed by a potential factor that calculates the similarity between the theoretical scattering curve and the experimental profile. This process is completed by evaluating the potential using the Metropolis criteria. It is possible to access the code on Github. The software has achieved satisfactory and coherent results with other methodologies, indicating its potential for future studies. | - |
Descrição: dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | - |
Descrição: dc.description | Capes: 001 | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Formato: dc.format | application/pdf | - |
Idioma: dc.language | pt_BR | - |
Publicador: dc.publisher | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Direitos: dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | - |
Palavras-chave: dc.subject | Biofísica | - |
Palavras-chave: dc.subject | Macromoléculas | - |
Palavras-chave: dc.subject | Desenvolvimento de software | - |
Palavras-chave: dc.subject | Raios X Espalhamento a baixo ângulo | - |
Palavras-chave: dc.subject | Algoritmos de computador | - |
Palavras-chave: dc.subject | Análise conformacional | - |
Palavras-chave: dc.subject | Simulação por computador | - |
Palavras-chave: dc.subject | Molecular structure | - |
Palavras-chave: dc.subject | Simulated annealing | - |
Palavras-chave: dc.subject | Molecular biophysics | - |
Palavras-chave: dc.subject | Computer software development | - |
Título: dc.title | Pivot-SAXS: desenvolvimento de uma nova metodologia para caracterização estrutural e conformacional de macromoléculas combinando SAXS e simulações computacionais | - |
Título: dc.title | Pivot-SAXS: development of a new methodology for structural and conformational characterization of macromolecules combining SAXS and computer simulations | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
O Portal eduCAPES é oferecido ao usuário, condicionado à aceitação dos termos, condições e avisos contidos aqui e sem modificações. A CAPES poderá modificar o conteúdo ou formato deste site ou acabar com a sua operação ou suas ferramentas a seu critério único e sem aviso prévio. Ao acessar este portal, você, usuário pessoa física ou jurídica, se declara compreender e aceitar as condições aqui estabelecidas, da seguinte forma: