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Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade de São Paulo (USP) | - |
Autor(es): dc.contributor | University of Wisconsin-Madison | - |
Autor(es): dc.creator | Alves, Anderson Antonio Carvalho | - |
Autor(es): dc.creator | da Costa, Rebeka Magalhães | - |
Autor(es): dc.creator | Fonseca, Larissa Fernanda Simielli | - |
Autor(es): dc.creator | Carvalheiro, Roberto | - |
Autor(es): dc.creator | Ventura, Ricardo Vieira | - |
Autor(es): dc.creator | Rosa, Guilherme Jordão de Magalhães | - |
Autor(es): dc.creator | Albuquerque, Lucia Galvão | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T20:24:54Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T20:24:54Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-03-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-03-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-05-18 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2022.834724 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/241667 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/241667 | - |
Descrição: dc.description | This study aimed to perform a genome-wide association analysis (GWAS) using the Random Forest (RF) approach for scanning candidate genes for age at first calving (AFC) in Nellore cattle. Additionally, potential epistatic effects were investigated using linear mixed models with pairwise interactions between all markers with high importance scores within the tree ensemble non-linear structure. Data from Nellore cattle were used, including records of animals born between 1984 and 2015 and raised in commercial herds located in different regions of Brazil. The estimated breeding values (EBV) were computed and used as the response variable in the genomic analyses. After quality control, the remaining number of animals and SNPs considered were 3,174 and 360,130, respectively. Five independent RF analyses were carried out, considering different initialization seeds. The importance score of each SNP was averaged across the independent RF analyses to rank the markers according to their predictive relevance. A total of 117 SNPs associated with AFC were identified, which spanned 10 autosomes (2, 3, 5, 10, 11, 17, 18, 21, 24, and 25). In total, 23 non-overlapping genomic regions embedded 262 candidate genes for AFC. Enrichment analysis and previous evidence in the literature revealed that many candidate genes annotated close to the lead SNPs have key roles in fertility, including embryo pre-implantation and development, embryonic viability, male germinal cell maturation, and pheromone recognition. Furthermore, some genomic regions previously associated with fertility and growth traits in Nellore cattle were also detected in the present study, reinforcing the effectiveness of RF for pre-screening candidate regions associated with complex traits. Complementary analyses revealed that many SNPs top-ranked in the RF-based GWAS did not present a strong marginal linear effect but are potentially involved in epistatic hotspots between genomic regions in different autosomes, remarkably in the BTAs 3, 5, 11, and 21. The reported results are expected to enhance the understanding of genetic mechanisms involved in the biological regulation of AFC in this cattle breed. | - |
Descrição: dc.description | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Science School of Agricultural and Veterinary Sciences Sao Paulo State University (UNESP) | - |
Descrição: dc.description | National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Nutrition and Production School of Veterinary Medicine and Animal Science University of São Paulo | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal and Dairy Sciences University of Wisconsin-Madison | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Science School of Agricultural and Veterinary Sciences Sao Paulo State University (UNESP) | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Frontiers in Genetics | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | beef cattle | - |
Palavras-chave: dc.subject | candidate genes | - |
Palavras-chave: dc.subject | ensemble learning | - |
Palavras-chave: dc.subject | fertility traits | - |
Palavras-chave: dc.subject | non-parametric methods | - |
Palavras-chave: dc.subject | physiological epistasis | - |
Título: dc.title | A Random Forest-Based Genome-Wide Scan Reveals Fertility-Related Candidate Genes and Potential Inter-Chromosomal Epistatic Regions Associated With Age at First Calving in Nellore Cattle | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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