Gene-associated markers as a genomic and transcriptomic resource for a highly migratory and apex predator shark (Isurus oxyrinchus)

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.contributorInstituto Português do Mar e da Atmosfera–IPMA-
Autor(es): dc.contributorUniversidade do Algarve-
Autor(es): dc.contributorUniversity of Porto-
Autor(es): dc.creatorDomingues, Rodrigo R.-
Autor(es): dc.creatorMastrochirico-Filho, Vito Antonio-
Autor(es): dc.creatorMendes, Natalia J.-
Autor(es): dc.creatorHashimoto, Diogo T.-
Autor(es): dc.creatorCoelho, Rui-
Autor(es): dc.creatorAntunes, Agostinho-
Autor(es): dc.creatorForesti, Fausto-
Autor(es): dc.creatorMendonça, Fernando F.-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T18:29:19Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T18:29:19Z-
Data de envio: dc.date.issued2023-03-01-
Data de envio: dc.date.issued2023-03-01-
Data de envio: dc.date.issued2022-09-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1007/s00227-022-04094-z-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/241471-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/241471-
Descrição: dc.descriptionThe shortfin mako, Isurus oxyrinchus, is an oceanic pelagic shark species found worldwide in tropical and subtropical waters. It is frequently caught by pelagic longline fisheries, but despite its commercial importance and ecological significance, little is still known about its biology and ecology at the molecular level. Therefore, we combined two massive parallel sequencing approaches, double digest restriction site-associated DNA sequencing (ddRAD) and RNA sequencing (RNAseq), for single nucleotide polymorphism (SNP) discovery in the shortfin mako. The ddRAD yielded a total of 82,676 putative SNPs. For RNAseq, a total of 129,663 putative SNPs were found. After the stricter filtering procedure, 405 SNPs from ddRAD and 1165 SNPs from RNAseq were retained and suitable for further analysis. Annotation analysis of SNPs from ddRAD revealed a total of 55 gene associated SNP markers, of which 32 SNPs (58.2%) are associated with diseases and defense responses, 9 SNPs (16.4%) are associated with developmental process, and 3 SNPs (5.4%) are present in genes involved in the reproductive function. For RNAseq, 739 SNPs were annotated and associated to relevant functions amongst which 10 SNPs (0.53%) were related with reproduction, 6 SNPs (0.32%) with growth, and 9 (0.48%) with locomotion. Overall, the genotyping of the SNPs was followed by the validation of 255 SNPs from ddRAD and 646 for RNAseq in 31 individuals from the Atlantic and Indian oceans. Our results provide valuable sequence resources for future population genomics analysis, comparative genomics, phylogenomics, and molecular evolution of the globally endangered shortfin mako shark.-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionFundação para a Ciência e a Tecnologia-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciências do Mar Instituto do Mar Universidade Federal de São Paulo-UNIFESP, Rua Carvalho de Mendonça, 144, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Oceanografia Biológica Instituto Oceanográfico Universidade de São Paulo, Praça do Oceanográfico, 191, Cidade Universitária-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciências Biológicas Faculdade de Ciências de Bauru Universidade Estadual Paulista–UNESP, Campus Bauru, Avenida Engenheiro Luiz Edmundo C. Coube, 14-01, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionCentro de Aquicultura da UNESP Universidade Estadual Paulista–UNESP Jaboticabal, Via de Acesso Prof. Paulo Donato Castellane, s/n, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionInstituto Português do Mar e da Atmosfera–IPMA, Av. 5 de Outubro-
Descrição: dc.descriptionCentro de Ciências do Mar do Algarve–CCMAR Universidade do Algarve, Campus de Gambelas-
Descrição: dc.descriptionCIIMAR/CIMAR Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research University of Porto, Av. General Norton de Matos, s/n-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Biology Faculty of Sciences University of Porto, Rua Do Campo Alegre, s/n-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Biologia e Genética de Peixes Instituto de Biociências de Botucatu Universidade Estadual Paulista–UNESP, Rua Prof. Antônio Celso Wagner Zanin, 250, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciências Biológicas Faculdade de Ciências de Bauru Universidade Estadual Paulista–UNESP, Campus Bauru, Avenida Engenheiro Luiz Edmundo C. Coube, 14-01, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionCentro de Aquicultura da UNESP Universidade Estadual Paulista–UNESP Jaboticabal, Via de Acesso Prof. Paulo Donato Castellane, s/n, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Biologia e Genética de Peixes Instituto de Biociências de Botucatu Universidade Estadual Paulista–UNESP, Rua Prof. Antônio Celso Wagner Zanin, 250, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2014/19740-7-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2017/02420-8-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2019/10201-0-
Descrição: dc.descriptionFundação para a Ciência e a Tecnologia: UIDB/04326/2020-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationMarine Biology-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectMarine omics-
Palavras-chave: dc.subjectNext-generation sequencing-
Palavras-chave: dc.subjectShortfin mako shark-
Palavras-chave: dc.subjectSingle nucleotide polymorphism-
Título: dc.titleGene-associated markers as a genomic and transcriptomic resource for a highly migratory and apex predator shark (Isurus oxyrinchus)-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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