Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorFundacao Oswaldo Cruz-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de Minas Gerais (UFMG)-
Autor(es): dc.contributorUniversity of Campus Bio-Medico di Roma-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.contributorButantan Institute-
Autor(es): dc.contributorPan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO)-
Autor(es): dc.contributorStellenbosch University-
Autor(es): dc.contributorUniversity of KwaZulu–Natal-
Autor(es): dc.contributorFundação Ezequiel Dias-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA)-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Central de Salud Pública-
Autor(es): dc.contributorUniversidad Nacional del Caaguazú-
Autor(es): dc.contributorMinisterio de Salud Pública y Bienestar Social-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT)-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul (LACEN-MS)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Mato Grosso do Sul-
Autor(es): dc.contributorNGS Soluções Genômicas-
Autor(es): dc.contributorMendelics Análise Genômica-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Antonello-
Autor(es): dc.contributorGrupo Exame Laboratórios-
Autor(es): dc.contributorVigilancia em Saúde do Estado de Mato Grosso-
Autor(es): dc.contributorSecretaria de Saude do Estado do Mato Grosso do Sul-
Autor(es): dc.contributorLaboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Paraná (UFPR)-
Autor(es): dc.contributorInstituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (UNESP)-
Autor(es): dc.contributorMedicine School of São José do Rio Preto (FAMERP)-
Autor(es): dc.contributorRio de Janeiro-
Autor(es): dc.contributor(CGLAB/SVS-MS)-
Autor(es): dc.contributorSecretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS)-
Autor(es): dc.contributorMinisterio da Saude-
Autor(es): dc.contributorUniversity of Oxford-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de Lisboa-
Autor(es): dc.contributorCentre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA)-
Autor(es): dc.contributorUniversity of Washington-
Autor(es): dc.contributorUniversity of Sydney-
Autor(es): dc.creatorGiovanetti, Marta-
Autor(es): dc.creatorSlavov, Svetoslav Nanev-
Autor(es): dc.creatorFonseca, Vagner-
Autor(es): dc.creatorWilkinson, Eduan-
Autor(es): dc.creatorTegally, Houriiyah-
Autor(es): dc.creatorPatané, José Salvatore Leister-
Autor(es): dc.creatorViala, Vincent Louis-
Autor(es): dc.creatorSan, Emmanuel James-
Autor(es): dc.creatorRodrigues, Evandra Strazza-
Autor(es): dc.creatorSantos, Elaine Vieira-
Autor(es): dc.creatorAburjaile, Flavia-
Autor(es): dc.creatorXavier, Joilson-
Autor(es): dc.creatorFritsch, Hegger-
Autor(es): dc.creatorAdelino, Talita Emile Ribeiro-
Autor(es): dc.creatorPereira, Felicidade-
Autor(es): dc.creatorLeal, Arabela-
Autor(es): dc.creatorIani, Felipe Campos de Melo-
Autor(es): dc.creatorde Carvalho Pereira, Glauco-
Autor(es): dc.creatorVazquez, Cynthia-
Autor(es): dc.creatorSanabria, Gladys Mercedes Estigarribia-
Autor(es): dc.creatorOliveira, Elaine Cristina de-
Autor(es): dc.creatorDemarchi, Luiz-
Autor(es): dc.creatorCroda, Julio-
Autor(es): dc.creatordos Santos Bezerra, Rafael-
Autor(es): dc.creatorPaola Oliveira de Lima, Loyze-
Autor(es): dc.creatorMartins, Antonio Jorge-
Autor(es): dc.creatorRenata dos Santos Barros, Claudia-
Autor(es): dc.creatorMarqueze, Elaine Cristina-
Autor(es): dc.creatorde Souza Todao Bernardino, Jardelina-
Autor(es): dc.creatorMoretti, Debora Botequio-
Autor(es): dc.creatorBrassaloti, Ricardo Augusto-
Autor(es): dc.creatorde Lello Rocha Campos Cassano, Raquel-
Autor(es): dc.creatorMariani, Pilar Drummond Sampaio Corrêa-
Autor(es): dc.creatorKitajima, João Paulo-
Autor(es): dc.creatorSantos, Bibiana-
Autor(es): dc.creatorProto-Siqueira, Rodrigo-
Autor(es): dc.creatorCantarelli, Vlademir Vicente-
Autor(es): dc.creatorTosta, Stephane-
Autor(es): dc.creatorNardy, Vanessa Brandão-
Autor(es): dc.creatorReboredo de Oliveira da Silva, Luciana-
Autor(es): dc.creatorGómez, Marcela Kelly Astete-
Autor(es): dc.creatorLima, Jaqueline Gomes-
Autor(es): dc.creatorRibeiro, Adriana Aparecida-
Autor(es): dc.creatorGuimarães, Natália Rocha-
Autor(es): dc.creatorWatanabe, Luiz Takao-
Autor(es): dc.creatorBarbosa Da Silva, Luana-
Autor(es): dc.creatorda Silva Ferreira, Raquel-
Autor(es): dc.creatorda Penha, Mara Patricia F.-
Autor(es): dc.creatorOrtega, María José-
Autor(es): dc.creatorde la Fuente, Andrea Gómez-
Autor(es): dc.creatorVillalba, Shirley-
Autor(es): dc.creatorTorales, Juan-
Autor(es): dc.creatorGamarra, María Liz-
Autor(es): dc.creatorAquino, Carolina-
Autor(es): dc.creatorFigueredo, Gloria Patricia Martínez-
Autor(es): dc.creatorFava, Wellington Santos-
Autor(es): dc.creatorMotta-Castro, Ana Rita C.-
Autor(es): dc.creatorVenturini, James-
Autor(es): dc.creatordo Vale Leone de Oliveira, Sandra Maria-
Autor(es): dc.creatorGonçalves, Crhistinne Cavalheiro Maymone-
Autor(es): dc.creatordo Carmo Debur Rossa, Maria-
Autor(es): dc.creatorBecker, Guilherme Nardi-
Autor(es): dc.creatorGiacomini, Mayra Presibella-
Autor(es): dc.creatorMarques, Nelson Quallio-
Autor(es): dc.creatorRiediger, Irina Nastassja-
Autor(es): dc.creatorRaboni, Sonia-
Autor(es): dc.creatorMattoso, Gabriela-
Autor(es): dc.creatorCataneo, Allan D.-
Autor(es): dc.creatorZanluca, Camila-
Autor(es): dc.creatorDuarte dos Santos, Claudia N.-
Autor(es): dc.creatorAssato, Patricia Akemi-
Autor(es): dc.creatorAllan da Silva da Costa, Felipe-
Autor(es): dc.creatorPoleti, Mirele Daiana-
Autor(es): dc.creatorLesbon, Jessika Cristina Chagas-
Autor(es): dc.creatorMattos, Elisangela Chicaroni-
Autor(es): dc.creatorBanho, Cecilia Artico-
Autor(es): dc.creatorSacchetto, Lívia-
Autor(es): dc.creatorMoraes, Marília Mazzi-
Autor(es): dc.creatorGrotto, Rejane Maria Tommasini-
Autor(es): dc.creatorSouza-Neto, Jayme A.-
Autor(es): dc.creatorNogueira, Maurício Lacerda-
Autor(es): dc.creatorFukumasu, Heidge-
Autor(es): dc.creatorCoutinho, Luiz Lehmann-
Autor(es): dc.creatorCalado, Rodrigo Tocantins-
Autor(es): dc.creatorNeto, Raul Machado-
Autor(es): dc.creatorBispo de Filippis, Ana Maria-
Autor(es): dc.creatorVenancio da Cunha, Rivaldo-
Autor(es): dc.creatorFreitas, Carla-
Autor(es): dc.creatorPeterka, Cassio Roberto Leonel-
Autor(es): dc.creatorde Fátima Rangel Fernandes, Cássia-
Autor(es): dc.creatorNavegantes, Wildo-
Autor(es): dc.creatordo Carmo Said, Rodrigo Fabiano-
Autor(es): dc.creatorCampelo de A e Melo, Carlos F.-
Autor(es): dc.creatorAlmiron, Maria-
Autor(es): dc.creatorLourenço, José-
Autor(es): dc.creatorde Oliveira, Tulio-
Autor(es): dc.creatorHolmes, Edward C.-
Autor(es): dc.creatorHaddad, Ricardo-
Autor(es): dc.creatorSampaio, Sandra Coccuzzo-
Autor(es): dc.creatorElias, Maria Carolina-
Autor(es): dc.creatorKashima, Simone-
Autor(es): dc.creatorJunior de Alcantara, Luiz Carlos-
Autor(es): dc.creatorCovas, Dimas Tadeu-
Data de aceite: dc.date.accessioned2025-08-21T15:36:19Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2025-08-21T15:36:19Z-
Data de envio: dc.date.issued2023-03-01-
Data de envio: dc.date.issued2023-03-01-
Data de envio: dc.date.issued2022-09-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1038/s41564-022-01191-z-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/240687-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/240687-
Descrição: dc.descriptionThe high numbers of COVID-19 cases and deaths in Brazil have made Latin America an epicentre of the pandemic. SARS-CoV-2 established sustained transmission in Brazil early in the pandemic, but important gaps remain in our understanding of virus transmission dynamics at a national scale. We use 17,135 near-complete genomes sampled from 27 Brazilian states and bordering country Paraguay. From March to November 2020, we detected co-circulation of multiple viral lineages that were linked to multiple importations (predominantly from Europe). After November 2020, we detected large, local transmission clusters within the country. In the absence of effective restriction measures, the epidemic progressed, and in January 2021 there was emergence and onward spread, both within and abroad, of variants of concern and variants under monitoring, including Gamma (P.1) and Zeta (P.2). We also characterized a genomic overview of the epidemic in Paraguay and detected evidence of importation of SARS-CoV-2 ancestor lineages and variants of concern from Brazil. Our findings show that genomic surveillance in Brazil enabled assessment of the real-time spread of emerging SARS-CoV-2 variants.-
Descrição: dc.descriptionPan American Health Organization-
Descrição: dc.descriptionInternational Centre for Genetic Engineering and Biotechnology-
Descrição: dc.descriptionCenter for Information Technology-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Flavivirus Fundacao Oswaldo Cruz-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Genética Celular e Molecular Instituto de Ciências Biologicas Universidade Federal de Minas Gerais, Minas Gerais-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Science and Technology for Humans and the Environment University of Campus Bio-Medico di Roma-
Descrição: dc.descriptionBlood Center of Ribeirão Preto Ribeirão Preto Medical School University of São Paulo Ribeirão Preto-
Descrição: dc.descriptionButantan Institute-
Descrição: dc.descriptionPan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Distrito Federal-
Descrição: dc.descriptionCentre for Epidemic Response and Innovation (CERI) School of Data Science and Computational Thinking Stellenbosch University-
Descrição: dc.descriptionKwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) School of Laboratory Medicine and Medical Sciences University of KwaZulu–Natal-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG) Fundação Ezequiel Dias, Minas Gerais-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Bahia-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Salud Pública-
Descrição: dc.descriptionInstituto Regional de Investigación em Salud Universidad Nacional del Caaguazú-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Biología Molecular Hospital Regional de Coronel Oviedo Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Mato Grosso-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul (LACEN-MS), Mato Grosso do Sul-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Federal do Mato Grosso do Sul, Mato Grosso do Sul-
Descrição: dc.descriptionCentro de Genômica Funcional da ESALQ University of São Paulo, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionNGS Soluções Genômicas, São Paulo-
Descrição: dc.descriptionMendelics Análise Genômica-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Biologia Molecular Laboratório Antonello-
Descrição: dc.descriptionUniversidade Federal de Ciencias da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA) Universidade Feevale Grupo Exame Laboratórios-
Descrição: dc.descriptionVigilancia em Saúde do Estado de Mato Grosso, Mato Grosso-
Descrição: dc.descriptionSecretaria de Saude do Estado do Mato Grosso do Sul, Mato Grosso do Sul-
Descrição: dc.descriptionLaboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Paraná-
Descrição: dc.descriptionHospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná, Paraná-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Virologia Molecular Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Paraná-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Bioprocesses and Biotechnology School of Agricultural Sciences São Paulo State University (UNESP), São Paulo-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Veterinary Medicine School of Animal Science and Food Engineering University of São Paulo Pirassununga-
Descrição: dc.descriptionMedicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São Paulo-
Descrição: dc.descriptionMolecular Biology Laboratory Applied Biotechnology Laboratory Clinical Hospital of the Botucatu Medical School-
Descrição: dc.descriptionFundação Oswaldo Cruz Bio-Manguinhos Rio de Janeiro-
Descrição: dc.descriptionCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde Ministério da Saúde (CGLAB/SVS-MS), Distrito Federal-
Descrição: dc.descriptionCoordenação Geral das Arboviroses Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Distrito Federal-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Imunização e Doenças Transmissíveisa/Secretaria de Vigilancia em Saude Ministerio da Saude, Distrito Federal-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Zoology University of Oxford-
Descrição: dc.descriptionBiosystems and Integrative Sciences Institute Universidade de Lisboa-
Descrição: dc.descriptionCentre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA)-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Global Health University of Washington-
Descrição: dc.descriptionMarie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences University of Sydney-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Bioprocesses and Biotechnology School of Agricultural Sciences São Paulo State University (UNESP), São Paulo-
Descrição: dc.descriptionMolecular Biology Laboratory Applied Biotechnology Laboratory Clinical Hospital of the Botucatu Medical School-
Descrição: dc.descriptionPan American Health Organization: APO21-00010098-
Descrição: dc.descriptionInternational Centre for Genetic Engineering and Biotechnology: CRP/BRA20-03-
Descrição: dc.descriptionCenter for Information Technology: U01 AI151698-
Formato: dc.format1490-1500-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationNature Microbiology-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Título: dc.titleGenomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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