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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Barcelona Supercomputing Center (BSC) | - |
Autor(es): dc.contributor | Science and Technology of São Paulo (IFSP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Rice University | - |
Autor(es): dc.contributor | Facultad de Ciencias Exactas y Naturales | - |
Autor(es): dc.creator | Sanches, Murilo N. | - |
Autor(es): dc.creator | Parra, R. Gonzalo | - |
Autor(es): dc.creator | Viegas, Rafael G. | - |
Autor(es): dc.creator | Oliveira, Antonio B. | - |
Autor(es): dc.creator | Wolynes, Peter G. | - |
Autor(es): dc.creator | Ferreiro, Diego U. | - |
Autor(es): dc.creator | Leite, Vitor B.P. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T20:26:31Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T20:26:31Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-03-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-03-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-06-10 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1017/qrd.2022.4 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/240325 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/240325 | - |
Descrição: dc.description | Ankyrin (ANK) repeat proteins are coded by tandem occurrences of patterns with around 33 amino acids. They often mediate protein-protein interactions in a diversity of biological systems. These proteins have an elongated non-globular shape and often display complex folding mechanisms. This work investigates the energy landscape of representative proteins of this class made up of 3, 4 and 6 ANK repeats using the energy-landscape visualisation method (ELViM). By combining biased and unbiased coarse-grained molecular dynamics AWSEM simulations that sample conformations along the folding trajectories with the ELViM structure-based phase space, one finds a three-dimensional representation of the globally funnelled energy surface. In this representation, it is possible to delineate distinct folding pathways. We show that ELViMs can project, in a natural way, the intricacies of the highly dimensional energy landscapes encoded by the highly symmetric ankyrin repeat proteins into useful low-dimensional representations. These projections can discriminate between multiplicities of specific parallel folding mechanisms that otherwise can be hidden in oversimplified depictions. | - |
Descrição: dc.description | Department of Physics Institute of Biosciences Humanities and Exact Sciences São Paulo State University (UNESP) | - |
Descrição: dc.description | Barcelona Supercomputing Center (BSC) | - |
Descrição: dc.description | Federal Institute of Education Science and Technology of São Paulo (IFSP) | - |
Descrição: dc.description | Center for Theoretical Biological Physics Rice University | - |
Descrição: dc.description | Instituto de Química Biológica Facultad de Ciencias Exactas y Naturales | - |
Descrição: dc.description | Department of Physics Institute of Biosciences Humanities and Exact Sciences São Paulo State University (UNESP) | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | QRB Discovery | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Energy landscape visualisation | - |
Palavras-chave: dc.subject | Folding funnel | - |
Palavras-chave: dc.subject | Molecular dynamics | - |
Palavras-chave: dc.subject | Protein folding | - |
Título: dc.title | Resolving the fine structure in the energy landscapes of repeat proteins | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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