Atenção:
O eduCAPES é um repositório de objetos educacionais, não sendo responsável por materiais de terceiros submetidos na plataforma. O usuário assume ampla e total responsabilidade quanto à originalidade, à titularidade e ao conteúdo, citações de obras consultadas, referências e outros elementos que fazem parte do material que deseja submeter. Recomendamos que se reporte diretamente ao(s) autor(es), indicando qual parte do material foi considerada imprópria (cite página e parágrafo) e justificando sua denúncia.
Caso seja o autor original de algum material publicado indevidamente ou sem autorização, será necessário que se identifique informando nome completo, CPF e data de nascimento. Caso possua uma decisão judicial para retirada do material, solicitamos que informe o link de acesso ao documento, bem como quaisquer dados necessários ao acesso, no campo abaixo.
Todas as denúncias são sigilosas e sua identidade será preservada. Os campos nome e e-mail são de preenchimento opcional. Porém, ao deixar de informar seu e-mail, um possível retorno será inviabilizado e/ou sua denúncia poderá ser desconsiderada no caso de necessitar de informações complementares.
Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | UTFPR | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual de Londrina (UEL) | - |
Autor(es): dc.creator | Domingues, Douglas S. | - |
Autor(es): dc.creator | Oliveira, Liliane S. | - |
Autor(es): dc.creator | Lemos, Samara M. C. | - |
Autor(es): dc.creator | Barros, Gian C. C. | - |
Autor(es): dc.creator | Ivamoto-Suzuki, Suzana T. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T17:20:04Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T17:20:04Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-03-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2023-03-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-12-31 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-2185-1_4 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/239995 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/239995 | - |
Descrição: dc.description | Terpenoids are a class of compounds that are found in all living organisms. In plants, some terpenoids are part of primary metabolism, but most terpenes found in plants are classified as specialized metabolites, encoded by terpene synthases (TPS). It is not obvious how to assign the putative product of a given TPS using bioinformatics tools. Phylogenetic analyses easily assign TPS into families; however members of the same TPS family can synthetize more than one terpenoid—and, in many biotechnological applications, researchers are more interested in the product of a given TPS rather than its phylogenetic profile. Automated protein annotation can be used to classify TPS based on their products, despite the family they belong to. Here, we implement an automated bioinformatics method, search_TPS, to identify TPS proteins that synthesize mono, sesqui and diterpenes in Angiosperms. We verified the applicability of the method by classifying wet lab validated TPS and applying it to find TPS proteins in Coffea arabica, C. canephora, C. eugenioides, and Quillaja saponaria. Search_TPS is a computational tool based on PERL scripts that carries out a series of HMMER searches against a curated database of TPS profile hidden Markov models. The tool is freely available at https://github.com/liliane-sntn/TPS. | - |
Descrição: dc.description | Group of Genomics and Transcriptomes in Plants Institute of Biosciences São Paulo State University UNESP | - |
Descrição: dc.description | Graduate Program in Bioinformatics Federal University of Technology - Paraná UTFPR | - |
Descrição: dc.description | Graduate Program in Genetics Institute of Biosciences São Paulo State University UNESP | - |
Descrição: dc.description | Graduate Program in Plant Biology Institute of Biosciences São Paulo State University UNESP | - |
Descrição: dc.description | Department of Agronomy State University of Londrina UEL | - |
Descrição: dc.description | Group of Genomics and Transcriptomes in Plants Institute of Biosciences São Paulo State University UNESP | - |
Descrição: dc.description | Graduate Program in Genetics Institute of Biosciences São Paulo State University UNESP | - |
Descrição: dc.description | Graduate Program in Plant Biology Institute of Biosciences São Paulo State University UNESP | - |
Formato: dc.format | 43-53 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Methods in Molecular Biology | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Diterpene | - |
Palavras-chave: dc.subject | Monoterpene | - |
Palavras-chave: dc.subject | Profile HMMs | - |
Palavras-chave: dc.subject | Sesquiterpene | - |
Palavras-chave: dc.subject | Terpene synthase | - |
Título: dc.title | A Bioinformatics Tool for Efficient Retrieval of High-Confidence Terpene Synthases (TPS) and Application to the Identification of TPS in Coffea and Quillaja | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
O Portal eduCAPES é oferecido ao usuário, condicionado à aceitação dos termos, condições e avisos contidos aqui e sem modificações. A CAPES poderá modificar o conteúdo ou formato deste site ou acabar com a sua operação ou suas ferramentas a seu critério único e sem aviso prévio. Ao acessar este portal, você, usuário pessoa física ou jurídica, se declara compreender e aceitar as condições aqui estabelecidas, da seguinte forma: