Atenção:
O eduCAPES é um repositório de objetos educacionais, não sendo responsável por materiais de terceiros submetidos na plataforma. O usuário assume ampla e total responsabilidade quanto à originalidade, à titularidade e ao conteúdo, citações de obras consultadas, referências e outros elementos que fazem parte do material que deseja submeter. Recomendamos que se reporte diretamente ao(s) autor(es), indicando qual parte do material foi considerada imprópria (cite página e parágrafo) e justificando sua denúncia.
Caso seja o autor original de algum material publicado indevidamente ou sem autorização, será necessário que se identifique informando nome completo, CPF e data de nascimento. Caso possua uma decisão judicial para retirada do material, solicitamos que informe o link de acesso ao documento, bem como quaisquer dados necessários ao acesso, no campo abaixo.
Todas as denúncias são sigilosas e sua identidade será preservada. Os campos nome e e-mail são de preenchimento opcional. Porém, ao deixar de informar seu e-mail, um possível retorno será inviabilizado e/ou sua denúncia poderá ser desconsiderada no caso de necessitar de informações complementares.
Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | INIA | - |
Autor(es): dc.contributor | Instituto de Zootecnia | - |
Autor(es): dc.creator | Toro Ospina, Alejandra Maria | - |
Autor(es): dc.creator | Aguilar, Ignacio | - |
Autor(es): dc.creator | Vargas de Oliveira, Matheus Henrique | - |
Autor(es): dc.creator | Cruz Dos Santos Correia, Luiz Eduardo | - |
Autor(es): dc.creator | Vercesi Filho, Anibal Eugênio | - |
Autor(es): dc.creator | Albuquerque, Lucia Galvão | - |
Autor(es): dc.creator | de Vasconcelos Silva, Josineudson Augusto | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T20:58:51Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T20:58:51Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-05-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-05-01 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2020-12-31 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1139/gen-2020-0081 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/233619 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/233619 | - |
Descrição: dc.description | The aim of this study was to evaluate the accuracy of imputation in a Gyr population using two medium- density panels (Bos taurus - Bos indicus) and to test whether the inclusion of the Nellore breed increases the imputation accuracy in the Gyr population. The database consisted of 289 Gyr females from Brazil genotyped with the GGP Bovine LDv4 chip containing 30 000 SNPs and 158 Gyr females from Colombia genotyped with the GGP indicus chip containing 35 000 SNPs. A customized chip was created that contained the information of 9109 SNPs (9K) to test the imputation accuracy in Gyr populations; 604 Nellore animals with information of LD SNPs tested in the scenarios were included in the reference population. Four scenarios were tested: LD9K_30KGIR, LD9K_35INDGIR, LD9K_30KGIR_NEL, and LD9K_35INDGIR_NEL. Principal component analysis (PCA) was computed for the genomic matrix and sample-specific imputation accuracies were calculated using Pearson’s correlation (CS) and the concordance rate (CR) for imputed genotypes. The results of PCA of the Colombian and Brazilian Gyr populations demonstrated the genomic relationship between the two populations. The CS and CR ranged from 0.88 to 0.94 and from 0.93 to 0.96, respectively. Among the scenarios tested, the highest CS (0.94) was observed for the LD9K_30KGIR scenario. The present results highlight the importance of the choice of chip for imputation in the Gyr breed. However, the variation in SNPs may reduce the imputation accuracy even when the chip of the Bos indicus subspecies is used. | - |
Descrição: dc.description | Agence Universitaire de la Francophonie | - |
Descrição: dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | - |
Descrição: dc.description | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) | - |
Descrição: dc.description | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | - |
Descrição: dc.description | Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias-Unesp | - |
Descrição: dc.description | Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria INIA | - |
Descrição: dc.description | Instituto de Zootecnia | - |
Descrição: dc.description | Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia-Unesp | - |
Descrição: dc.description | Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias-Unesp | - |
Descrição: dc.description | Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia-Unesp | - |
Descrição: dc.description | CAPES: 001 | - |
Descrição: dc.description | FAPESP: 2015/06686-7 | - |
Descrição: dc.description | FAPESP: 2017/10630-2 | - |
Descrição: dc.description | CNPq: 304047/2017-1 | - |
Formato: dc.format | 893-899 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Genome | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Genomic analysis | - |
Palavras-chave: dc.subject | Imputation accuracy | - |
Palavras-chave: dc.subject | Tropical breeds | - |
Título: dc.title | Assessing the accuracy of imputation in the gyr breed using different SNP panels | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
O Portal eduCAPES é oferecido ao usuário, condicionado à aceitação dos termos, condições e avisos contidos aqui e sem modificações. A CAPES poderá modificar o conteúdo ou formato deste site ou acabar com a sua operação ou suas ferramentas a seu critério único e sem aviso prévio. Ao acessar este portal, você, usuário pessoa física ou jurídica, se declara compreender e aceitar as condições aqui estabelecidas, da seguinte forma: