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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Rice University | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Baylor College of Medicine | - |
Autor(es): dc.creator | Oliveira Junior, Antonio B. | - |
Autor(es): dc.creator | Estrada, Cynthia Perez | - |
Autor(es): dc.creator | Aiden, Erez Lieberman | - |
Autor(es): dc.creator | Contessoto, Vinícius G. | - |
Autor(es): dc.creator | Onuchic, José N. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T18:28:16Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T18:28:16Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-08-12 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c04174 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/229329 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/229329 | - |
Descrição: dc.description | The human genome is organized within a nucleus where chromosomes fold into an ensemble of different conformations. Chromosome conformation capture techniques such as Hi-C provide information about the genome architecture by creating a 2D heat map. Initially, Hi-C map experiments were performed in human interphase cell lines. Recently, efforts were expanded to several different organisms, cell lines, tissues, and cell cycle phases where obtaining high-quality maps is challenging. Poor sampled Hi-C maps present high sparse matrices where compartments located far from the main diagonal are difficult to observe. Aided by recently developed models for chromatin folding and dynamics investigation, we introduce a framework to enhance the compartments' information far from the diagonal observed in experimental sparse matrices. The simulations were performed using the Open-MiChroM platform aided by new trained parameters in the minimal chromatin model (MiChroM) energy function. The simulations optimized on a downsampled experimental map (10% of the original data) allow the prediction of a contact frequency similar to that of the complete (100%) experimental Hi-C. The modeling results open a discussion on how simulations and modeling can increase the statistics and help fill in some Hi-C regions not captured by poor sampling experiments. Open-MiChroM simulations allow us to explore the 3D genome organization of different organisms, cell lines, and cell phases that often do not produce high-quality Hi-C maps. | - |
Descrição: dc.description | Center for Theoretical Biological Physics Department of Physics & Astronomy Rice University | - |
Descrição: dc.description | Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas UNESP Univ. Estadual Paulista Departamento de Física | - |
Descrição: dc.description | The Center for Genome Architecture Department of Molecular and Human Genetics Baylor College of Medicine | - |
Descrição: dc.description | Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas UNESP Univ. Estadual Paulista Departamento de Física | - |
Formato: dc.format | 8757-8767 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Journal of Physical Chemistry B | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Título: dc.title | Chromosome Modeling on Downsampled Hi-C Maps Enhances the Compartmentalization Signal | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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