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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Education and Extension Organization (AREEO) | - |
Autor(es): dc.contributor | University of Kurdistan | - |
Autor(es): dc.contributor | Dalhousie University | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | University of Wisconsin-Madison | - |
Autor(es): dc.creator | Roudbar, Mahmoud Amiri | - |
Autor(es): dc.creator | Mousavi, Seyedeh Fatemeh | - |
Autor(es): dc.creator | Ardestani, Siavash Salek | - |
Autor(es): dc.creator | Lopes, Fernando Brito | - |
Autor(es): dc.creator | Momen, Mehdi | - |
Autor(es): dc.creator | Gianola, Daniel | - |
Autor(es): dc.creator | Khatib, Hasan | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T15:26:18Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T15:26:18Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-07-01 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1093/g3journal/jkab112 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/229232 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/229232 | - |
Descrição: dc.description | The use of DNA methylation signatures to predict chronological age and aging rate is of interest in many fields, including disease prevention and treatment, forensics, and anti-aging medicine. Although a large number of methylation markers are significantly associated with age, most age-prediction methods use a few markers selected based on either previously published studies or datasets containing methylation information. Here, we implemented reproducing kernel Hilbert spaces (RKHS) regression and a ridge regression model in a Bayesian framework that utilized phenotypic and methylation profiles simultaneously to predict chronological age. We used over 450,000 CpG sites from the whole blood of a large cohort of 4409 human individuals with a range of 10-101 years of age. Models were fitted using adjusted and un-adjusted methylation measurements for cell heterogeneity. Un-adjusted methylation scores delivered a significantly higher prediction accuracy than adjusted methylation data, with a correlation between age and predicted age of 0.98 and a root mean square error (RMSE) of 3.54 years in un-adjusted data, and 0.90 (correlation) and 7.16 (RMSE) years in adjusted data. Reducing the number of predictors (CpG sites) through subset selection improved predictive power with a correlation of 0.98 and an RMSE of 2.98 years in the RKHS model. We found distinct global methylation patterns, with a significant increase in the proportion of methylated cytosines in CpG islands and a decreased proportion in other CpG types, including CpG shore, shelf, and open sea (P < 5e-06). Epigenetic drift seemed to be a widespread phenomenon as more than 97% of the age-associated methylation sites had heteroscedasticity. Apparent methylomic aging rate (AMAR) had a sex-specific pattern, with an increase in AMAR in females with age related to males. | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Science Safiabad-Dezful Agricultural and Natural Resources Research and Education Center Agricultural Research Education and Extension Organization (AREEO) | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Science Faculty of Agriculture Engineering University of Kurdistan | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Science and Aquaculture Dalhousie University | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Sciences Sao Paulo State University Julio de Mesquita Filho (UNESP), Prof. Paulo Donato, Jaboticabal | - |
Descrição: dc.description | Department of Surgical Sciences School of Veterinary Medicine University of Wisconsin-Madison | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal and Dairy Sciences University of Wisconsin-Madison | - |
Descrição: dc.description | Department of Animal Sciences Sao Paulo State University Julio de Mesquita Filho (UNESP), Prof. Paulo Donato, Jaboticabal | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | G3: Genes, Genomes, Genetics | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Aging | - |
Palavras-chave: dc.subject | Bayesian ridge regression | - |
Palavras-chave: dc.subject | Reproducing kernel Hilbert spaces | - |
Palavras-chave: dc.subject | Whole-methylome prediction | - |
Título: dc.title | Prediction of biological age and evaluation of genome-wide dynamic methylomic changes throughout human aging | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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