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Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Institute of Medical Biochemistry Leopoldo de Meis and National Center for Structural Biology and Bioimaging | - |
Autor(es): dc.contributor | Federal University of Rio de Janeiro | - |
Autor(es): dc.creator | Caruso, Ícaro P. | - |
Autor(es): dc.creator | Sanches, Karoline | - |
Autor(es): dc.creator | Da Poian, Andrea T. | - |
Autor(es): dc.creator | Pinheiro, Anderson S. | - |
Autor(es): dc.creator | Almeida, Fabio C.L. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T16:24:23Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T16:24:23Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-29 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-07-20 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2021.06.003 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/229128 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/229128 | - |
Descrição: dc.description | The nucleocapsid (N) protein of betacoronaviruses is responsible for nucleocapsid assembly and other essential regulatory functions. The N protein N-terminal domain (N-NTD) interacts and melts the double-stranded transcriptional regulatory sequences (dsTRSs), regulating the discontinuous subgenome transcription process. Here, we used molecular dynamics (MD) simulations to study the binding of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 N-NTD to nonspecific (NS) and TRS dsRNAs. We probed dsRNAs’ Watson-Crick basepairing over 25 replicas of 100 ns MD simulations, showing that only one N-NTD of dimeric N is enough to destabilize dsRNAs, triggering melting initiation. dsRNA destabilization driven by N-NTD was more efficient for dsTRSs than dsNS. N-NTD dynamics, especially a tweezer-like motion of β2-β3 and Δ2-β5 loops, seems to play a key role in Watson-Crick basepairing destabilization. Based on experimental information available in the literature, we constructed kinetics models for N-NTD-mediated dsRNA melting. Our results support a 1:1 stoichiometry (N-NTD/dsRNA), matching MD simulations and raising different possibilities for N-NTD action: 1) two N-NTD arms of dimeric N would bind to two different RNA sites, either closely or spatially spaced in the viral genome, in a cooperative manner; and 2) monomeric N-NTD would be active, opening up the possibility of a regulatory dissociation event. | - |
Descrição: dc.description | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ) | - |
Descrição: dc.description | Multiuser Center for Biomolecular Innovation and Department of Physics Institute of Biosciences Letters and Exact Sciences São Paulo State University (UNESP), São José do Rio Preto | - |
Descrição: dc.description | Institute of Medical Biochemistry Leopoldo de Meis and National Center for Structural Biology and Bioimaging | - |
Descrição: dc.description | Department of Biochemistry Institute of Chemistry Federal University of Rio de Janeiro | - |
Descrição: dc.description | Multiuser Center for Biomolecular Innovation and Department of Physics Institute of Biosciences Letters and Exact Sciences São Paulo State University (UNESP), São José do Rio Preto | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 202.279/2018 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 204.432/2014 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 210.361/2015 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 239.229/2018 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 255.940/2020 | - |
Formato: dc.format | 2814-2827 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Biophysical Journal | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Título: dc.title | Dynamics of the SARS-CoV-2 nucleoprotein N-terminal domain triggers RNA duplex destabilization | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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